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1、文献信息分析软件RefViz的使用与实践,云南大学图书馆 陈 强 2011年11月16日,“金钥匙讲坛”文献管理软件系列之四,1,优选课讲,前言：科研工作者的四项信息修炼,文献检索,文献管理,信息分析,协作分享,图书馆资源 检索基本知识 常用数据库 RSS订阅 搜索引擎,EndNote X4 NoteExpress 2.6 Quosa,HistCite TDA Citespace RefViz OmniViz,Mendeley Zotero 共享协作平台 ,2,优选课讲,导入：数字化时代科研人员的“困扰”,传统的文献存储方式：遗忘丢失，重复下载 低效的文献阅读方式：耗力费时，无法整合 落后的论
2、文写作方式：手工编排，枯燥易错,3,优选课讲,“困扰”的根源和解决方案,4,优选课讲,内容提要,RefViz简介、作用、适用人群 RefViz工作原理 软件下载与安装 主界面介绍 从EndNote、Reference Manager无缝导入数据 关键词分析 其他功能（同义词定义工具） 上机实习 小结,5,优选课讲,1.1 RefViz简介,RefViz 是由 Thomson 公司和 ominiviz 公司合作开发用于文献信息分析的软件。 网络可以帮助我们获取大量的信息，当信息多到一定的程度的时候，我们不可能逐一阅读；另外，即使文献的数量不是太多，可以阅读，也会耗费大量的时间，同时也会大幅降低我
3、们获取信息的效率。 怎样从这些信息中快速找到相关的信息，怎样快速把握这些信息的主要内容，是当今每位科研工作者都面临的问题。,6,优选课讲,1.2 RefViz的作用,RefViz 可以帮助我们分析、组织和管理大量的文献。通过采取与我们阅读文献类似的方式：通读所有文献、找出关键信息，然后进行归类，并以可视化的图形方式将归类的结果展示出来。 可以帮助我们发现研究热点，找出文献间的相互关系，快速了解某一领域的整体情况等。 可以帮助我们确定研究方向，开拓研究思路，寻找新的解决方案和突破口等。 不管你是初涉科研的学生，还是一位资深的研究人员，我们都建议你去学习和掌握这款软件。它可以帮助你快速处理海量信息
4、，让你在竞争中领先一步。,7,优选课讲,1.3 RefViz的适用人群,第一次接触陌生课题 研究生撰写开题报告 老板突发奇想，让我们做一些“开创性的工作” 平时有文献管理需求的师生 想要读博或继续深造的师生 不想淹没在科研大军中，一辈子 “默默无闻”，如何出奇制胜，增加文章的被引次数，投稿到影响因子较高的期刊 ,8,优选课讲,2.1 RefViz工作原理,与平时阅读文献的过程类似，reading-finding-dividing 并不是单纯通过词频来统计，而是通过一种数学模式找出哪些词是最重要的，哪些是次重要的，哪些是无关紧要的，然后利用这两种词对每篇文章进行标识，再通过标准的聚类方法将这批文
5、献分成若干组(Group),9,优选课讲,2.2 RefViz的软件架构,10,优选课讲,2.3 RefViz能告诉我们什么？,通过图示的方式将这些组的文献根据相互间的关系呈现出来，每个文件夹图标表示一组文献，每组文献之间根据相互的类似程度进行排列 图标的大小代表文章数的多少，分布的位置靠得越近，内容越相似；文件夹越密集，说明这些方面的文献越多，是这批文献中研究的热点方向,11,优选课讲,Galaxy图示,12,优选课讲,Pop-up浮动窗口,13,优选课讲,3 软件下载与安装,EndNote X4超级试用版 RefViz 2.1超级试用版 安装运行比较简单，从网站(http:/www.Ref
6、V)下载试用版，或购买正式版，点击RVINSTALL.EXE即可进行安装。 第一次运行会提醒你输入序列号,14,优选课讲,4 RefViz主界面介绍,第一次运行软件，程序会自动打开sampleview的文件 主界面分为四部分： 1显示分析结果的窗口，有两种视图显示方式，Galaxy视图和Matrix视图 2topic区域，从左往右是major topic、minor topic、descriptive terms 3当前选择的所有文献列表 4软件的提示区域，帮助信息,15,优选课讲,16,优选课讲,5.1 三种来源文献的分析,执行联网检索 File-new view-create new vi
7、ew-searching datebase(s) using reference retriever 直接分析文献管理软件中的数据库(推荐) EndNote 7以上的版本、Reference Manager 11以上的版本 利用文件进行分析 File-new view-create new view- Using reference file(s)选择预存的文件,17,优选课讲,从EN或RM无缝导入数据,RefViz 可以实现与Endnote 和RM 的无缝连接，即我们可以将手头的 Endnote 数据库和RM 数据库直接导入。 RefViz 的PDF Help 中介绍了通过下载多种数据库文件
8、后建库的方法，不再赘述。,18,优选课讲,从EN或RM无缝导入数据,这里介绍一下与参考文献管理软件之间嵌入的方法。 在 RM 或Endnote 的安装目录下，均有一个文件Configure DataViz.exe，运行此文件后，按照Wizard 的提示，找到 RefViz 安装目录下的RefViz.exe 文件，然后按照提示就可建立链接。 打开RM，可以看到工具栏中已经出现RefViz 的链接工具，点击该工具栏，RefViz会开始自动建立相关数据库（注意此时新建的数据库自动保存在X:RefVizdatasets文件夹中）。 此外，可以通过导出RM 或Endnote 数据库为RIS 格式的文本文
9、档，然后在RefViz 中导入。,19,优选课讲,方法一：在EndNote(版本7以前)文件下，找到Configure DataViz.exe，然后按照提示建立链接,20,优选课讲,方法二：EndNote X4-Tools-Data Visualization,21,优选课讲,5.2 视图创建的过程,词库的创建 移除终止词(about/either/also/very/who/these等) 安装目录下stopwords文件夹，default.stop.txt是设置终止词的默认文件，一行一词 主词提取 计算不同词的权重，确定主词和辅词 分辨同义词，识别主词之间的相互关系 主词仅由标题和摘要中的
10、词决定，若无摘要则调用Notes中的内容 作者不会出现在主词中 创建文件组(根据标准聚类分析的方法创建文献组) 视图展示(根据文献亲近关系，排列在Galaxy视图和Matrix视图中),22,优选课讲,5.2.1 Galaxy视图,打开Galaxy视图 Galaxy视图中的信息 Galaxy视图中的操作 选择文献和文献组(Edit-Select All、Ctrl+A) 取消选择(Edit-Clear Selections、Ctrl) 显示文献和文献组信息 基本操作(移动、放大缩小、全窗口、复位到初始状态) 利用Galaxy视图挖掘信息 创建子视图(File-Create Subset View
11、) 反选除掉边缘文献(Edit-invert selections) 直接检索(topic窗口，search tool) 直接阅读文献信息(reference viewer窗口，双击打开详细信息) 个性化设置(Edit-Preferences，设置Galaxy视图的颜色),23,优选课讲,5.2.2 Matrix视图,Matrix视图显示的是文献组与主词或主词与主词之间的相互关系 列总是代表主词，而行既可以代表文献组也可以代表主词 可以快速了解到主词在不同组中被讨论的情况，快速发现哪些概念通常在一起讨论，哪些概念之间有相似性等,24,优选课讲,5.2.2 Matrix视图,当行代表文献组时(默
12、认设置)，Matrix视图提供的信息是每个概念会在哪些组中被讨论 可以选择颜色代表相关性，也可以用颜色代表文献的数量 默认设置用颜色代表相关性，即主词与每组所有文献之间或主词之间相关联的程度 红色表示关联性强，蓝色表示没有关联 如果用颜色表示数量，则白色表示零，黑色表示最大。白色表示没有相关性，黑色表示强相关性,25,优选课讲,5.2.2 Matrix视图,Matrix视图的排序 Matrix视图的操作 利用指示窗浏览Matrix视图 判断行列主题间的相关性,26,优选课讲,6.1 RefViz的其它功能,分类之后，还可以通过一系列的工具去影响它的分类，如通过调整major topic，或者定
13、义同义词thesaurus等，可实现交互式的分类。 也可以通过辅助工具找出某些概念之间的相互关系，以及与某篇文章相关的其它文献等。,27,优选课讲,6.2 RefViz的其它功能,主词工具(topic tool) 通过主词影响文献分类 搜索工具(search tool) 如何进行检索 快速检索(quick search) 同义词(tool-thesaurus) 终止词和其它词汇,28,优选课讲,同义词定义工具,29,优选课讲,例1：利用RefViz分析“转基因食品”的研究趋势,7.1 实例演示(I),30,优选课讲,1. 从EndNote中导入题录,31,优选课讲,Note：可能有部分文献因无
14、题名或无摘要而无法导入（默认设置，View Creation Preferences中可修改）,32,优选课讲,导入完成后，进入RefViz,33,优选课讲,1975-2011年转基因食品研究趋势,1975-1999年,1975-2009年,1975-2011年,34,优选课讲,例2：利用RefViz分析SELEX的发展趋势,7.2 实例演示(II),35,优选课讲,例2结果解读,由上图中可以看出，红色椭圆选中的区域是 2007 年明显占优势的区域，2007 年在该领域发表的文章远远超过了 1992-2006年文章的总和。 分别查看红色框中的主题词分布和所有文献的主题词分布，如下图所示：,36
15、,优选课讲,例2：利用RefViz分析SELEX的发展趋势,37,优选课讲,例2结果解读,比较排列在前面的主词，可以发现 2007 年排在 1、2 位的主词在所有文献中分列 3、1位，变化不大；2007 年排在 3、4 位的主词，在所有文献中列在 11、12 位，有较大提前；比较明显的变化是 2007 年排在第五位的 detection，在所有主词中排在很靠后的位置；这表明 detection 是 2007 年这些文献中的一个热点。进一步查看文献信息发现 2007 年发表的文章中有相当大的一部分是关于检测（detection）的。 可以通过以下途径验证以上判断，分别检索 2007 年发表的文章
16、共 181 篇，所有关于detection 的文章 81 篇，包含 detection 或2007 年发表的文章共计 215 篇，由此可以得出 2007年发表的关于 detection 的文章有 181+81-215=47 篇，占 47/81=58%，即关于 detection 的文章 2007 年发表的文章占总 detection文章数的 58%。 所以通过以上途径，我们可以很快把握科学发展的动向。知道哪些是当前比较热门的方向，从而为自己确定研究方向服务。,38,优选课讲,8 小结,RefViz简介、工作原理、软件下载与安装 主界面介绍 三种来源文献的分析及其视图创建的过程 RefViz其它功能 2个实例的演示 答疑 上机实习,39,优选课讲,谢谢！欢迎大家继续关注文献管理软件系列讲座,40,优选课讲,
