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1、文献报道过的或者没报道过的分子对接软件有很多，很多最初都是由实验室开发，免费发布。当软件很完善，没有什么缺陷时，可能会被专门的商业软件公司购买，就变成了某个大型软件包中的模块。其实不止分子对接软件，其他还有药效团软件、定量构效关系软件、数据库筛选软件等，都是这样的发展历程。不过，其中还是有一些实验室，在商品化大潮的影响下屹立不倒，依旧免费给我们提供免费的强大的软件，甚至是源代码（source code）。很多软件我手中都有，如果那位朋友想要，可以给我发邮件。当然，要在版权要求的范围内使用。1、这里首先提到的是AutoDock，据官方数据显示，autodock是引用文献最多的软件（Sousa,
2、Fernandes & Ramos (2006) Protein-Ligand Docking: Current Status and Future Challenges Proteins, 65:15-26）。AutoDock向外提供源代码，只要下载协议单（license agreement），签名后传真发回，就可以获得下载链接和帐号信息。目前最新版本是4.0 beta，不过正在测试中，主要测试群体是商业制药公司。对于这个新版本，大家都拭目以待。这里有一些精美的小电影可以下载：http:/autodock.scripps.edu/movies官方主页：http:/autodock.scrip
3、ps.edu/2、接着说DOCK。DOCK也是以源代码发布，对学术用户免费。可以向官方发邮件申请，他们会返回一个下载链接和帐号，可以使用5次。我的运气很好，用信箱申请，居然申请到了下载机会。当5次用完后，又出了新的版本，我再次用信箱发邮件，声明想再多要一些登陆机会申请新版本，又获得5次机会。所以，大家如果对DOCK感兴趣，不妨发邮件，应该差不多，当然，如果用的信箱，成功的几率会更大。官方主页：http:/docking.org/3、3D-DOCK。免费以源代码发布，分为三个部分：FTDock, RPScore，MultiDock。官方主页：http:/www.bmm.icnet.uk/dock
4、ing/4、FRED，是Openeye软件包中的一个模块。Openeye软件包对学术用户免费1年，普通用户可以申请2个月的试用期。只要在线申请就可以，不需要下载申请表打印签字发传真。不过，我申请了好几次，才给了我一年的免费期。其他时间想用的时候，就只能每2个月申请一次。呵呵。不过FRED速度超快，在各种平台都可运行。可以从这里申请试用版： http:/ sorry that I cannot accommodate your request for Surflex. There are some complex issues with a number of countries having
5、to do with computer-related technology and intellectual property. Consequently, Surflex is only available at no cost to academic researchers in countries classified as Tier 1 by the US State Department, which include the following: Argentina, Australia, Austria, Belgium, Brazil, Czech Republic, Denm
6、ark, Finland, France, Germany, Greece, Hungary, Iceland, Ireland, Italy, Japan, Liechtenstein, Luxembourg, Mexico, Monaco, Netherlands, New Zealand, Norway, Poland, Portugal, San Marino, Spain, Sweden, Switzerland, Turkey, the United Kingdom, and Vatican City. Surflex may be licensed directly with a substantial academic discount from Tripos Inc. ().官方主页：http:/ Co. Ltd.)中的一个模块。 官方主页：www.biosolveit.de/FlexX/8、Glide。收费软件，是Maestro软件包中的一个模块。运算速度也很快。9、GOLD。收费软件，精度很好。以前可以申请2个月的试用版，不知现在是否还可以。10、ICM。不多说了，ICM-pro是很大型的软件包，收费，功能很强大，据说精度也很高。不过ICM-Browser是免费的，可以下载。下载链接 http:/
