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1、-范文最新推荐-1 / 8TXNDC17 基因的进化分析 +文献综述摘要：本论文主要利用 NCBI,DNAman,Expasy 等相关软件，采用生物信息学方法对人类、袋獾、地山雀、斑马鱼、锦龟、热带爪蟾、黄金蟒、扬子鳄和腔棘鱼九种含有 TXNDC17 基因的物种进行了亲缘关系分析，并对人类的 TXNDC17 基因所编码蛋白质的氨基酸组成、理化性质、亚细胞定位、跨膜区、信号肽、二级结构和三级结构及功能域等多方面进行了分析和预测。结果表明，TXNDC17 基因在进化过程中不是很保守，九种生物的基因相似性仅达到 15.92%。基因进化过程中主要分化为两大支，一类分支为硬骨鱼类、两栖类和腔棘鱼类；另一
2、分支为哺乳动物（包括胎盘动物和有袋动物） 、鸟类、海蜥蜴和鳄目。对人类TXNDC17 基因编码的蛋白分析得出，该蛋白共含有124 个氨基酸，并存在 TRP14-like 保守结构域，其蛋白属于 Thiordoxin-like 超家族，具有多个不同的磷酸化位点，不存在跨膜区，以及 N 端序列不存在任何信号肽序列，说明该蛋白质定位在细胞质基质，且不属于膜蛋白或分泌蛋白。9244关键词：TXNDC17 ；生物信息学；进化树；蛋白分析The Evolution Analysis of TXNDC17 GeneAbstract: The genetic relationship of nine crea
3、tures were analyzed which are Homo sapiens, Sarcophilus harrisii, Pseudopodoces humilis, Danio rerio, Chrysemys picta, Xenopus tropicalis, Python bivittatus, Alligator sinensis and Latimeria chalumnae containing TXNDC17 gene and the protein encoded by TXNDC17Gene in human was analyzed and forecasted
4、 from the aspects of protein amino acid composition, physical and chemical properties, the subcellular localization, across the membrane area, signal peptide, secondary structure, tertiary structure and functional domains and so on through bioinformatics methods by softwares, such as NCBI, DNAman Ex
5、pasy and so on. The results show that TXNDC17 gene in the -范文最新推荐-3 / 8process of evolution is not very conservative and the genetic similarity of nine creatures is only 15.92%. TXNDC17 gene in the process of evolution is pided into two branch, one are bony fish, amphibians and cavity spines fish an
6、d another are mammals (including animal placenta and marsupials), birds, lizards and sea crocodilians. The results analyzing the protein encoded by TXNDC17gene in human show that the protein has 124 amino acids and exists TRP14-like conservative domain structure which belongs to Thiordoxin-like supe
7、r family and it has different phosphorylation sites and does not exist Transmembrane structure and signal peptide sequence in N-terminal sequence which indicate the protein is located in cytoplasmic matrix and does not belong to the membrane proteins or secreted proteins. 本文对含有 TXNDC17 基因的 9 种代表生物通过
8、生物信息学相关软件进行了基因结构的分析，并进行了同源序列比对和进化树的构建。通过分析来进一步了解 TXNDC17 基因的进化过程，以更深入的了解TXNDC17 基因的发展过程。此外，还对人类TXNDC17 基因所编码的蛋白进行多方面的生物信息学分析，在认识基因的基础上对其编码蛋白也有一定的认识。对 TXNDC17 基因的进化进行分析研究能使我们对 TXNDC17 基因进一步了解，有助于从分子水平上了解硫氧还蛋白在维持细胞氧化还原平衡中的作用机制，以及在细胞抗凋亡及促进细胞增殖中的作用等。1. 材料与方法1.1 分析物种经在 NCBI 数据库 Gene 上查询，TXNDC17 基因仅在脊椎动物中
9、普遍存在，为使此次分析更加具体更加全面，挑选了不同物种的代表生物种类进行基因进化分析。分析对象有人类、袋獾、地山雀、斑马鱼、锦龟、热带爪蟾、黄金蟒、扬子鳄和腔棘鱼（见表1） ，这些生物依次属于胎盘动物、有袋动物（胎盘动物和有袋动物共属于哺乳动物） 、鸟类、硬骨鱼类、海龟、两栖类、蜥蜴、鳄目和腔棘鱼类,共九大类。-范文最新推荐-5 / 8表 1 分析对象Table1 Analysis objects物种（Species）基因编号（GI）位置（Location ）人类（Homo sapiens）84817Chromosome 17, NC_00001711 (6640902 6644541)袋獾（
10、Sarcophilus harrisii）100920725NW_0038324331(123201 124258)地山雀（Pseudopodoces humilis）102106310NW_0050875801(163699 165882)斑马鱼（Danio rerio）445062Chromosome 15, NC_0071265 (15347465 15352005, complement)锦龟（Chrysemys picta）101367244NW_0044503511 在 NCBI 数据库 Gene 中经查询，得到九种生物基因结构图（图 1） ，通过分析基因结构图得到各种生物 TXN
11、DC17 基因内含子与外显子的个数均为 3 个和4 个，但九种生物的基因长度长短不等（表 2） ，其中基因序列最长的是热带爪蟾，但其并不是最高等的生物，最短的是袋獾（不是低等生物） ，这表明基因序列的长短与生物是高等还是低等没有直接的关系。人类基因结构图袋獾基因结构图地山雀基因结构图-范文最新推荐-7 / 8斑马鱼基因结构图锦龟基因结构图热带爪蟾基因结构图黄金蟒基因结构图扬子鳄基因结构图图 1 九种生物基因结构图Figure1 Genetic structure of nine creatures表 2 九种生物基因分析Table2 Genetic analysis of nine creat
12、ures物种内含子（个）外显子（个）Length (bp)Merged features人类（Homo sapiens）343,640NP_116120.1 and NM_032731.3袋獾（Sarcophilus harrisii）341,058XP_003766710.1 and XM_003766662.1地山雀（Pseudopodoces humilis）342,184XP_005525700.1 and XM_005525643.1斑马鱼（Danio rerio）344,541NP_001003456.1 and NM_001003456.1锦龟（Chrysemys picta）342,650XP_006031347.1 and XM_006031285.1热带爪蟾（Xenopus tropicalis）349,852XP_004911789.1 and XM_004911732.1黄金蟒（Python bivittatus）342,899XP_007420950.1 and XM_007420888.1
