《AutoDock-分子对接步骤》由会员分享,可在线阅读,更多相关《AutoDock-分子对接步骤(4页珍藏版)》请在金锄头文库上搜索。
1、Discovery studio: File - New - molecule window : 出现如下窗口,将所要处理的分子*.sdf 文件拖入,Chemistry - hydrogens - dele 去掉所有氢,选中质子化的氮原子选中质子化的氮原子,Chemistry - charge:+1.Chemistry - hydrogens - add.(加上所有氢,包括质子化的氢原子)Pdbqt 格式准备(pymol):4M48-DAT.pdb 用 pymol 读入:点右下方 S 键, 在左上方显示序列,选中 21B,右侧显示有 sele 后,file - save molecular:
2、sele - OK -重命名 ligand.pdbFile - open - Duloxetine_3d.sdf Save molecular : Duloxetine-3d.pdb受体准备:1. Pymol 软件:pymol 打开两个蛋白分子的 pdb 格式,将 SERT-model 叠合到 4M48-DAT上,保存叠合后的 SERT-model.pdb。 (此步骤是重新定义 SERT-model 的坐标)2. AutoDockTools: file - ReadMolecule: SERT-moldel-align.pdbEdit - Hydrogens : polar Only - Ok
3、Grid - Macromolecule - choose : SERT-moldel-align. 保存为:SERT-moldel-align.pdbqt配体准备: Ligand - input - open : (*.pdb) ligand.pdb | Duloxetine-3d.pdb Ligand - Output - Save as PDBQT: 保存为*.PDBQT 文件。找活性位点,计算格点:Grid - Macromolecule - open : SERT_model_align.pdbqt 弹出对话框:NO 、确定、确定Ligand - input - open :liga
4、nd.pdbqt 弹出对话框:确定Grid - set map types - choose ligand : ligandGrid - GridBox - center - center on ligand : 存图片或 output grid dimensions file | close saving currentLigand - input - open :Duloxetine_3d.pdbqt 弹出对话框:确定Grid - Macromolecule - choose : SERT_model_align 弹出对话框:NO 、确定、确定Grid - set map types -
5、choose ligand : Duloxetine-3dGrid - output -save GPF :SERT-Drug.gpf Run - AutoGrid 提交成功,呈现如下对话框:生成一系列*.map 文件和 SERT-Drug.glgDocking :Docking - Macromolecule -set rigid filename: SERT-moldel-alignDocking - Ligand - choose : Duloxetine_3d 弹出对话框: Accept Docking - Output - Genetic Algorithm (4.2) | Lamarckian GA(4.2): SERT-Drug-dock.dpfRun - AutoDock 提交后呈现:结果分析:Analyze - docking - open :*dlg (SERT-Drug-dock-GA.dlg |SERT-Drug-dock-lamarkianGA.dlg)Analyze -conformations play : 可看各个构型。(Ligand - input - open : ligand.pdbqt 两个相比,可以看到哪个构型与样本配体结构最相似)