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1、第一节 PubMed,2,3,4.1.1 PubMed概述,4,PubMed概述,什么是PubMed？ PubMed的发展过程 PubMed的收录范围 PubMed的记录来源 PubMed的常用字段,5,什么是PubMed?,生物医学研究领域应用最广泛也最重要的数据库，由美国国立卫生研究院（NIH）下属的美国国立医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心（NCBI）开发、维护 面向全世界免费提供最新的生物医学信息 每周5天更新数据，检索功能完善，使用方便 整合在NCBI的统一检索平台Entrez上，与该平台其他数据库建立无缝链接，可实现跨库检索 http:/www.ncbi.nlm.nih.g
2、ov/PubMed,6,6,PubMed发展过程,1997-,1983-,1971-,1879-,7,PubMed的收录范围,收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据 绝大部分可回溯至1948年，最早回溯至1865年 累积了1900多万条文献记录 部分文献可直接获取全文，包括： PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库 开放获取（Open Access，OA）期刊 部分出版商提供的免费文献 与出版商的电子期刊文献同步发布，标注为Epub ahead of print（先于印刷版期刊发表的电子文献）或Epub
3、,8,PubMed的记录来源,Medline：PubMed主体部分 PubMed-indexed for MEDLINE In-process citations： 尚未进行MeSH主题词标引的最新文献 PubMed-in Process Publisher supplied citations：出版商提供，但不被Medline收录的文献 PubMed - as supplied by publisher OLDMEDLINE：部分1966年以前出版且未被MEDLINE收录的文献 PubMed-OLDMEDLINE,9,PubMed记录的主要字段,字段标识：字段名称 AB：Abstract A
4、D：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name LASTAU：Last Author PMID：PubMed Unique Identifier CY：Country DP：Publication Date EDAT：Entrez Date GS：Gene Symbol GN：Grant Number,字段标识：字段名称 IS：ISSN LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Public
5、ation Type SO：Source TA：Journal Title TI：Title TW：Text Words UID：Unique Identifiers NM：Substance Number TIAB：Title/Abstract,10,4.1.2 PubMed的检索方法,11,4.1.2 PubMed的检索方法,基本检索 自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 短语精确检索 截词检索 字段限定检索 布尔逻辑检索,高级检索 检索史 组合检索 检索限定 索引检索 主题词检索 期刊数据库检索 单篇引文匹配器 临床查询 专类查询,12,PubMed主页面,基本检索,高级检索,登录 My
6、 NCBI,13,自动词语匹配检索(Automatic Terms Mapping),输入有实际意义的检索词，点击“Search”，系统按照自动词语匹配的原理进行检索 PubMed最具特色的检索功能之一 智能化的检索过程 基本原理：对输入的检索词，首先在多个索引词表进行搜索、比对，并自动转换为相应的MeSH主题词、著者或刊名，再将检索词在all fields（所有字段）中检索，并执行“OR”逻辑运算。如有多个检索词或短语词组，则继续将其拆分为单词后分别在all fields（所有字段）中检索，单词之间的逻辑关系为“AND” Search Details框详细显示自动词语匹配的实际检索式 有较好
7、的查全率，同时保证一定的查准率,14,例如，查找阿司匹林防治心肌梗死的文献，最简单的方法是在检索框中直接输入heart attack aspirin三个词，系统即进行自动词语匹配检索，Detail栏目显示PubMed实际执行的检索式为 (myocardial infarctionMeSH Terms OR (myocardialAll Fields AND infarctionAll Fields) OR myocardial infarctionAll Fields OR (heartAll Fields AND attackAll Fields) OR heart attackAll Fi
8、elds) AND (aspirinMeSH Terms OR aspirinAll Fields),15,著者检索,在检索框中输入著者姓名，PubMed自动执行著者检索 一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母 例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献 为提高查准率，可将著者与著者单位、主题等信息结合起来检索 2002年以后的文献，PubMed可实现对姓名全称的检索，而且姓名排列顺序不限 例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。 通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者
9、检索 例如，输入Smith SR 1AU可检索出第一著者为Smith SR的所有文献。,16,期刊检索,在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该期刊的文献： 刊名全称：如the American Journal of Pathology 标准的Medline刊名缩写：如Am J Pathol 期刊的ISSN号：如0002-9440， Am J Pathol ISSN号 当刊名与MeSH词相同时，PubMed默认将其作为MeSH词检索。为避免误检，可采用刊名字段限定检索 例如，Cell TA可检索出在期刊Cell被PubMed收录的所有文献 利用PubMed的Journals Datab
10、ase可查找期刊的详细信息,17,短语精确检索,短语精确检索是将检索词加上双引号进行强制检索 短语精确检索时，PubMed关闭自动词语匹配功能，直接将该短语作为一个检索词进行检索，避免了自动词语匹配时将短语拆分可能造成的误检，可提高查准率 例如，输入“metabolic syndrome”, PubMed在所有可检索字段中查找含有短语词组metabolic syndrome的文献,18,截词检索,在检索词后加“*”可实现截词检索，以提高查全率 截词检索时，PubMed关闭自动词语匹配功能 例如，输入immun*可检索出immun开头的所有词语，如immunity, immunology, im
11、mune, immunological等,19,字段限定检索,字段限定检索的形式：检索词 字段标识 例如，leukemia TI可检索出篇名中含有leukemia的文献 myocarditis MAJR可检索出MeSH Major Topic为myocarditis的文献 字段限定检索可提高查准率,20,布尔逻辑检索,支持AND，OR，NOT布尔逻辑运算 逻辑运算符要大写 直接输入几个检索词，系统默认词之间是AND的逻辑组配关系 可以输入检索式的序号进行布尔逻辑运算，如#1 AND #3,21,PubMed高级检索页面,检索史,组合检索,检索限定,索引检索,临床咨询、专题咨询、主题词检索、期刊
12、检索、单篇引文匹配器,22,检索史（Search History）,点击Search History，显示检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数 单击检索式序号，显示Options选项，可执行AND, OR, NOT、Delete（删除检索式）、Go（直接检索）、Details（显示检索式详情）、Save in My NCBI（把检索式保存在My NCBI）等不同操作 检索史最多保留8小时,23,PubMed高级检索的检索史,点击检索式序号，显示Options选项,24,组合检索（Search by Author，Journal，Publication Date，and mo
13、re）,组合检索可以实现多个字段的逻辑组配检索 默认在最近一次检索式的基础上进行字段限定检索，以提高查准率 检索时，先选择检索字段，输入检索词（点击Index显示该检索词的索引，帮助选词），再确定检索词的逻辑关系，默认为All of these（AND），也可以选Any of these （OR），点击Search，完成检索,25,举例：通过组合检索查找2000年以来美国路易斯安州Pennington Biomedical Research Center的Smith SR在Diabetes上发表的文献,多个字段的组合检索，提高查准率,点击Index可帮助选词,26,检索限定（Limit by
14、Topics，Languages, and Journal Groups）,检索限定可以对检索结果进行精确的限定，包括： Full Text, Free Full Text, and Abstracts（限定检索结果含全文链接、免费全文或摘要） Human or Animals（研究对象） Gender（性别） Language（语种） Type of Article（文献类型） Ages（年龄） Subsets（子集，可以按Journal Groups、Topics等划分） 注意：检索限定一经选定，会保持激活状态而在此后的检索中持续起作用,27,举例：检索“罗格列酮治疗老年人糖尿病的随机对照
15、临床试验的英文文献”，可输入 diabetes mellitus rosiglitazone，再进行检索限定,文献类型选“随机对照试验（RCT）”,语种选“英语”,年龄选“老年人”,28,索引检索（Index of Fields and Field Values）,索引检索主要用于正确选择检索词 先选择检索字段，输入检索词后点击Index，可显示该词的相关索引词，选定检索词后点击AND、OR或NOT，可以与最近一次的检索式进行布尔逻辑运算,29,PubMed的索引检索,Myocardial Infarction的所有索引词,选定检索词后进行布尔逻辑运算,30,MeSH主题词检索（MeSH）,M
16、eSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一，能保证较好的查全率和查准率 主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范 主题词可以组配相应的副主题词，使检索结果更加专指 主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索（点选Do Not Explode this term则不进行扩检） 应用Major Topic（主要主题词）检索，可以使检索结果更加准确 注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLILNE的文献，不检索PubMed其他来源的文献（包括in-process， supplied by publisher, OLDMEDLINE等）,31,举例：用MeSH主题词检索有关艾滋病流行病学的文献,检索步骤 进入MeSH Database主页面，在检索框中输入AIDS，点击Go，系统提供与AIDS相关的所有主题词及其含义 浏览选词，确定AIDS的规范化MeSH主
