《382新编lammps多机集群并行配置》由会员分享，可在线阅读，更多相关《382新编lammps多机集群并行配置（13页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、多机并行运算配置设置步骤第一步、安装Linux在WinXP存在的前提下安装Linux双系统在Win XP下右击“我的电脑”管理磁盘管理右击D右击删除磁盘分区是.（此部分硬盘将用于安装Linux）在Win XP开机状态下插入Red Hat光盘1、安装以四核计算机为例，在单一Linux系统的前提下，重装Linux系统。在Linux启动状态下，插入Linux安装光盘，点击菜单“系统”，点击“关机”，点击“重启”，重启机器，双核计算机需要按“F9”，出现Optical Drive后，按“回车”键，出现“Install or upgrade an existing system”后，按“回车”键，出现“
2、OK”和“Skip”后，用键盘上的方向键选中“Skip”，按“回车”键，点击右下角的“Next”按钮，选中“Chinese（Simipified）(中文（简体）)）”，点击右下角的“Next”按钮，选中“美国英语式”，点击右下角的“下一步”按钮，选中“基本存储设备”后，点击右下角的“下一步”按钮，选中“全新安装”， 点击右下角的“下一步”按钮，主机名（不改变），点击右下角的“下一步”按钮，时区（不改变），点击右下角的“下一步”按钮，“根密码”后输入：123456，敲“Tab”键“确认”后输入：123456，点击右下角的“下一步”按钮，弹出一个警告窗口，点击其中的“无论如何都使用”按钮，选中“使
3、用所有空间”，点击右下角的“下一步”按钮，出现“将存储配置写入磁盘”对话框，点击其中的“将修改写入磁盘”按钮，选中“软件开发工作站”，选中右侧的全部选项，选中“现在自定义”，点击右下角的“下一步”按钮，选中左边的“开发”，选中右侧的全部选项，依次选中右侧的每个选项，然后分别点击“可选软件包”按钮，选中其中的全部选项，点击“关闭”按钮，点击右下角的“下一步”按钮，开始安装，等待较长时间，光驱自动打开，屏幕上出现“祝贺您，您的”字样，取出光盘，点击右下角的“重新引导”按钮，机器重启后，屏幕上出现“欢迎”“您的系统就绪前还需要进行”等字样，点击“前进”按钮，选中“是的，我同意许可证协议”，点击“前进
4、”按钮，选中“不，以后再注册”，点击“前进”按钮，弹出一个窗口，点击其中的“不，谢谢，以后再连接”按钮，点击“前进”按钮，点击“前进”按钮，点击“前进”按钮，去掉“启用kdump”，点击“完成”按钮，弹出一个窗口，点击其中的“是”按钮，弹出一个窗口，点击其中的“确定”按钮，重启后，鼠标点击“其它”，在“用户名”后输入root回车，在“密码”后输入123456回车，弹出一个窗口，选中其中的“不要再显示此信息”，点击“关闭”按钮。鼠标点击菜单“系统”，选择其中的“管理”，选择其中的“添加/删除软件”，弹出一个“软件包安装程序 正以特权用户身份运行”窗口，点击其中的“确认继续”按钮，弹出一个 “组别
5、列表不合法”对话框，点击其中的“关闭”按钮，在“添加/删除软件”对话框左上角的查找框里输入“subscription”，鼠标点“查找”按钮，在其右侧出现三个组件，去掉这些组件前的三个勾，点击“应用”按钮，弹出一个窗口，点击其中的“删除”按钮，鼠标点击“添加/删除软件”窗口右上角的“关闭”。2、关闭防火墙鼠标点击菜单“系统”，选择其中的“管理”，选择其中的“防火墙”，点击“关闭”按钮，点击工具栏里最后一个“禁用”工具，点击工具栏里第二个“应用”工具，弹出一个窗口，点击其中的“是”按钮，点击“防火墙配置”窗口右上角的“关闭”。3、启用网络连接：确认网线已经连接到交换机上；鼠标右键单击右上方日期前“
6、网络连接”的图标，选中“启用通知”；鼠标右键单击右上方日期前“网络连接”的图标，左键单击“编辑连接”，双击“System eth0”，选中“自动连接”，选择“IPv4设置”选项卡，方法：“手动”，点击“添加”按钮，在“地址”栏内输入：211.64.31.141（第二台机子上的地址为211.64.31.142），单击“子网掩码”，输入：255.255.255.0，单击“网关”，输入：211.64.31.10，在“DNS服务器”处，输入：210.44.176.1。单击“应用”按钮，单击“关闭”按钮。第二步、准备安装文件配置之前需要下载四个压缩包：1、 下载Python http:/www.pyth
7、on.org/getit/选“Python 2.7.3 bzipped source tarball (for Linux, Unix or Mac OS X，more compressed)” 出现“正在打开Python-2.7.3.tar.bz2”窗口选中“保存文件”选项点击“确定”按钮下载的文件名称为：Python-2.7.3.tar.bz22、下载lammpshttp:/lammps.sandia.gov/download.html#git点击Download LAMMPS一栏中第二个this page链接，选择最新的lammps安装程序，如lammps-6Dec12.tar.gz，点
8、击lammps-6Dec12.tar.gz，选中“保存文件”选项，点击“确定”按钮下载的文件名称为：lammps-6Dec12.tar.gz3、下载mpich2http:/www.mpich.org/downloads/点击“mpich2-1.5（stable release） MPICH2 http 22MB”这一行中的“http”选中“保存文件”选项点击“确定”按钮下载的文件名称为：mpich2-1.5.tar.gz4、下载fftw http:/www.fftw.org/download.html点击“FFTW 2.1.5”目录下的“http：fftw-2.1.5.tar.gz (http
9、：fftw-2.1.5.tar.gz)(1.2MB)”中的“fftw-2.1.5.tar.gz”，即可打开下载链接选中“保存文件”选项点击“确定”按钮下载的文件名称为：fftw-2.1.5.tar.gz注意：下载的四个压缩包Python-2.7.3.tar.bz2lammps.tar.gzmpich2-1.5.tar.gzfftw-2.1.5.tar.gz将会保存到root里的“下载”文件夹中，将它们拷贝粘贴至桌面上的“root的主文件夹”下。第三步、更新Linux的Python在集群的每台机器上都需要完成本步骤的操作。如果不更新，将会使得mpd & 出错双击桌面上的“root的主文件夹”，在
10、文件夹内部单击鼠标右键，选择“在终端中打开”，tar xvf Python-2.7.3.tar.bz2回车 （输入文件名称时，先写开头几个字母，点击Tab键可以自动补全文件全称）cd Python-2.7.3回车./configure回车make回车sudo make install回车鼠标点击当前终端窗口右上角的“关闭”，关闭当前的终端，鼠标点击“root文件夹”窗口右上角的“关闭”，关闭“root文件夹”。第四步 设置环境变量在集群的每台机器上都需要完成本步骤的操作。1、双击桌面上的“root的主文件夹”鼠标点击菜单中的“查看”，选中“显示隐藏文件”在文件夹内部单击鼠标右键，选择“在终端中
11、打开”cd vi .bashrc回车敲Insert键2、.bashrc中的所有命令行用以下内容替换：# .bashrc# User specific aliases and functionsalias rm=rm -ialias cp=cp -ialias mv=rm -i#source global definitonsif -f /etc/bashrc ; then . /etc/bashrcfiexport PATH=/opt/mpich/bin:/opt/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD
12、_LIBRARY_PATHexport MPI_USEP4SSPORT=yes export MPI_P4SSPORT=22export P4_RSHCOMMAND=ssh3、Esc（保存），Shift+z+z（退出），鼠标点击当前终端窗口右上角的“关闭”，关闭当前的终端，鼠标点击“root文件夹”窗口右上角的“关闭”，关闭“root文件夹”。4、重要：点击菜单“系统”，点击“关机”，点击“重启”，重启计算机，使改动的环境变量生效。重启后，鼠标点击“其它”，在“用户名”后输入root回车，在“密码”后输入123456回车。第五步 ssh配置1、修改所有机器上的/etc/hosts文件，在里面添
13、加参与计算的ip地址和机器名，具体操作为：在桌面上鼠标双击“计算机”，双击“文件系统”，双击其中的“etc”文件夹，在文件夹内部单击鼠标右键，选择“在终端中打开”cd /cd etc当前路径是rootlocalhost etc，vi hosts回车，敲Insert键，删除原来的内容，如果有两台机器参与并行计算，hosts文件应当包含下面三行，127.0.0.1 localhost 211.64.31.141 node01211.64.31.142 node02Esc（保存），Shift+z+z（退出），表明主机名为node01的机器ip地址为211.64.31.141；主机名为node02的机
14、器ip地址为211.64.31.142。2、在所有的机器上创建密钥对：cd 回车ssh-keygen -t dsa回车，三个回车。3、给参与并行计算的两台机器进行授权，需在参与计算的两台机器上均执行以下命令，cd 当前路径是rootlocalhost ，cd .ssh回车，cp id_dsa.pub authorized_keys回车，chmod go-rwx authorized_keys回车，ssh-agent $SHELL回车，ssh-add回车，等待集群中所有计算机都完成上述步骤后，才能进行以下互访步骤，在node01机器终端中输入，（当前终端提示符为rootlocalhost .ss
15、h）ssh node01回车，输入yes回车，输入密码exit回车，当前终端提示符为rootlocalhost .ssh，ssh node02回车，输入yes回车，输入密码：123456回车，exit回车，当前终端提示符为rootlocalhost .ssh，exit回车，exit回车，关闭终端。在桌面上鼠标右键选择“在终端中打开”。ssh-copy-id node02回车，输入密码：123456回车，ssh node02回车，当前终端提示符为rootlocalhost ，exit回车，exit回车，关闭终端。在node02机器终端中输入ssh node02，yes，输入密码exitssh node01，yes，输入密码exit ssh-co
