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1、第七章 真核基因的表达调控,原核细胞环境因素对调控起到决定性的作用。群体中每一个细胞对环境变化的反应是直接的和一致的。 真核细胞基因表达调控最明显的特征是在特定时间，特定的细胞中特定的基因被激活，实现预定的、有序的、不可逆转的分化、发育，并使生物的组织和器官保持正常功能。这是生命活动规律决定的，环境因素在其中作用不大。,真核生物基因调控可分为两大类，第一类是瞬时调控或称可逆性调控，它相当于原核细胞对环境条件变化所做出的反应，包括某种底物或激素水平升降，或细胞周期不同阶段酶活性的调节；第二类是发育调控或称不可逆调控，是真核基因调控的精髓部分，它决定了真核细胞生长、分化、发育的进程。,根据基因调控
2、发生的先后次序，可将其分为转录水平调控及转录后水平调控。后者又进一步分为RNA加工成熟过程的调控、翻译水平的调控及蛋白质加工水平的调控。诱发基因转录的信号、基因调控在哪一步(模板DNA的转录、mRNA的成熟或蛋白质合成) 实现以及不同水平基因调控的分子机制是研究基因调控的三个主要内容。,1 真核生物的基因结构与转录活性,真核细胞与原核细胞在基因转录、翻译及DNA的空间结构方面存在的差异: (l)在真核细胞中，成熟mRNA为单顺反子mRNA，很少存在原核生物中常见的多基因操纵子形式。 (2)真核细胞DNA与组蛋白和大量非组蛋白相结合，只有一小部分DNA是裸露的。,(3)高等真核细胞DNA中很大部
3、分是不转录的，大部分真核细胞的基因中间存在不被翻译的内含子。 (4)真核生物能够有序地根据生长发育阶段的需要进行DNA片段重排，还能在需要时增加细胞内某些基因的拷贝数，这种能力在原核生物中是极为鲜见的。 5,(5)在原核生物中，转录的调节区很小，大都位于转录起始位点上游不远处；调控蛋白结合到调节位点上可直接促进或抑制RNA聚合酶对它的结合。 在真核生物中，基因转录的调节区则大得多，可能远离核心启动子达几百个甚至上千个碱基对。这些调节区也能与蛋白质结合，但并不直接影响启动子对RNA聚合酶的接受程度，而是通过改变整个基因5上游区DNA构型来影响它与RNA聚合酶的结合力。,(6)真核生物的RNA在细
4、胞核中合成，只有经转运穿过核膜，到达细胞质后，才能被翻译成蛋白质。原核生物中不存在这样严格的空间间隔。 (7)许多真核生物的基因只有经过复杂的成熟和剪接过程，才能被顺利地翻译成蛋白质。,1.1 外显子和内含子的可变调控,通常，一个基因的转录产物通过组成型剪接只能产生一种成熟mRNA。 由于选择性剪接，有一些真核生物基因的原始转录产物可通过不同的剪接方式，产生不同的mRNA。 一些核基因由于转录时选择不同的启动子，使mRNA表达水平发生极大的变化。,小鼠淀粉酶基因表达,由S外显子起始的转录物是由L外显子起始转录产物的100倍以上。,1.2 DNA水平上的基因表达调控,在个体发育过程中，DNA会发
5、生规律性变化，从而控制基因表达和生物的发育。 成熟红细胞能产生大量的可翻译成熟珠蛋白的mRNA，它的前体细胞是不产生珠蛋白的。这种变化是由于基因的拷贝数发生了永久性变化所调控的。这样的DNA水平的调控是真核生物发育调控的一种形式，这包括基因丢失、扩增、重排和移位。这种调控使基因组发生了改变。10,开放型活性染色质结构引起转录,真核基因的活跃转录是在染色质上进行的。准备转录时，染色质在特定区域被解旋松弛，引起核小体结构和DNA局部结构的变化，并导致结构基因暴露，促进转录因子与启动子区DNA的结合，诱发基因转录。,暴露的DNA易受核酶的攻击，活跃表达基因所在染色质上含有DNA酶I超敏感位点，这些超
6、敏感位点大多位于基因5端启动子区。 非活性状态基因5端相应位点不表现对DNA酶I的超敏感性。,基因扩增,基因扩增为了满足某个阶段生长发育的需要，基因的拷贝数专一性大量增加的现象，是基因活性调控的一种方式。例如，非洲爪蟾的卵母细胞中原有rRNA基因（rDNA）约500个拷贝。卵裂期和胚胎期，需要大量的rRNA，基因会大量复制rDNA，使拷贝数达到200万，扩增约4000倍。,13 DNA甲基化与基因活性的调控,DNA甲基化修饰途径存在于所有高等生物中并与基因表达调控密切相关。大量研究表明，DNA甲基化能关闭某些基因的活性。DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互
7、作用方式的改变，从而控制基因表达。,DNA的甲基化,DNA甲基化修饰过程通过改变基因的表达，参与细胞的生长、发育过程及X染色体失活等的调控。 DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基腺嘌呤(N6-mA)及7-甲基鸟嘌呤(7-mG)。 15,DNA甲基化抑制基因转录的机理,用组蛋白Hl与含CCGG序列的甲基化和非甲基化DNA实验后发现：甲基化达到一定程度时会发生从常规的B-DNA向Z-DNA的过渡。又由于Z-DNA结构收缩，螺旋加深，使许多蛋白质因子赖以结合的元件缩入大沟而不利于基因转录的起始。 DNA甲基化导致某些区域DNA构象变化，影响蛋白质与DNA的相互作用；抑制转
8、录因子与启动区DNA的结合效率。,用序列相同但甲基化水平不同的DNA为材料，比较其作为RNA聚合酶转录模板的活性，发现甲基的引入不利于模板与RNA聚合酶的结合，降低了其体外转录活性。 5-甲基胞嘧啶在DNA上并不是随机分布的，基因的5端和3端往往富含甲基化位点，而启动区DNA分子上的甲基化密度与基因转录受抑制的程度密切相关。17,72 真核基因的转录调控,真核基因的调控主要也是在转录水平上进行的。 具体方式是特定的反式作用因子(trans-acting factor，又称跨域作用因子)与顺式作用元件(cis-acting，element)相互作用而进行的。,7.2.1 顺式作用元件,真核生物启
9、动子和增强子。它们由若干DNA序列元件组成，它们常与特定的功能基因连锁在一起。,1.启动子(Promoter),真核基因启动子由核心启动子和上游启动子两个部分组成，是在基因转录起始位点(+1)及其5上游大约100200bp以内的一组具有独立功能的DNA序列，是决定RNA聚合酶转录起始点和转录频率的关键元件。20,(1)核心启动子(core promoter),是指保证RNA聚合酶转录正常起始所必需的、最少的DNA序列。包括转录起始位点及转录起始位点上游-25-30bp处的TATA盒。核心启动子单独起作用时，只能确定转录起始位点并产生基础水平的转录。,(2)上游启动子元件(upstream pr
10、omoter element，UPE),包括通常位于-7Obp附近的CAAT盒(CCAAT)和GC盒(GGGCGG)等，能通过TFD复合物调节转录起始的频率，提高转录效率。,2.增强子及其对转录的影响,增强子是指能使与它连锁的基因转录频率明显增加的DNA序列。病毒、植物、动物和人类正常细胞中都发现有增强子存在。作为基因表达的重要调节元件，增强子通常具有下列特性:,(1)增强效应十分明显 一般能使基因转录频率增加10200倍，有的可以增加上千倍。 (2)增强效应与其位置和取向无关 不论增强子以什么方向排列(53或35)，甚至与靶基因相距3000bp或在靶基因下游，均表现出增强效应。 (3)大多为
11、重复序列 一般长约50bp，适合与某些蛋白因子结合。其内部常含有一个产生增强效应时所必需的核心序列:(G)TGGA/TA/TA/T(G)。,(4)没有基因专一性，可以在不同的基因组合上表现增强效应。 (5)许多增强子受外部信号的调控，如金属硫蛋白基因启动区上游所带的增强子，就可以对环境中的锌、镐浓度做出反应。 25,增强子的功能受DNA双螺旋空间构象的影响。增强子有如下3种作用机制:1.影响模板附近的DNA双螺旋结构，导致DNA双螺旋弯折或在反式因子的参与下，以蛋白质之间的相互作用为媒介形成增强子与启动子之间成环连接，活化基因转录。2.将模板固定在细胞核内特定位置，如连接在核基质上，有利于DN
12、A拓扑异构酶改变DNA双螺旋结构的张力，促进RNA聚合酶在DNA链上的结合和滑动。3.增强子区可以作为反式作用因子或RNA聚合酶进入染色质结构的 入口。,722 反式作用因子,参与调控靶基因转录效率的蛋白质，它们能识别或者结合在各类顺式作用元件核心序列上(如:上游调控元件或增强子区域)。这些因子有两种独立的活性: 特异地与DNA结合位点相结合，然后激活转录。两种活性可以独立分配给特定的蛋白结构域，分别称作DNA结合结构域和激活结构域，两者是相分离的。它们在蛋白质的不同区域。,1 DNA结合结构域,1. 螺旋-转折-螺旋(helix-turn-helix， H-T-H)结构 这一类蛋白质分子中有
13、至少两个螺旋，中间由短侧链氨基酸残基形成“转折”，近竣基端的螺旋中氨基酸残基的替换会影响该蛋白质在DNA双螺旋大沟中的结合。与DNA相互作用时，同源域蛋白的第一、二两个螺旋往往靠在外侧，其第三个螺旋则与DNA大沟相结合，并通过其N-端的多余臂与DNA的小沟相结合。,2. 锌指结构域,这种结构域有两种形式，C2H2型锌指通过2个半胱氨酸和2个组氨酸残基固定，这四个残基与锌离子在空间上形成一个四面体结构。这种锌指折叠形成一个紧密的结构，由二条链和一个-螺旋组成，-螺旋与DNA大沟结合。该-螺旋区域上含有保守的碱性氨基酸，负责与DNA的结合。另一锌指结构是锌离子与4个半胱氨酸结合，它出现在一百多种类
14、固醇激素受体转录因子中。这些因子由同型或异型的二聚体组成，其中每一单体包含2个C4锌指结构。两个单体通过锌离子稳定折叠成更复杂的构象，再把每个单体的-螺旋插入到DNA的连续大沟中。30,3. 碱性结构域,在许多DNA结合蛋白中都发现了碱性结构域，它通常是与亮氨酸拉链或HLH基序中的一个联合在一起的，结果被称做碱性亮氨酸拉链(bZIP)或碱性HLH蛋白。蛋白的二聚作用使二个碱性结构城相邻，进而可与DNA发生作用。,2 二聚体结构域,1. 亮氨酸拉链 亮氨酸拉链的肽链上每相隔七个残基就会有一个疏水的亮氨酸残基，这些残基位于DNA结合域的C端-螺旋上，这样-螺旋的侧面每两圈就会出现一个亮氨酸，形成一
15、个疏水的表面。结果在-螺旋的疏水表面间就可以互相作用，形成二聚体。这种相互作用形成一个卷曲的卷曲结构 (coiled-coilstructure)。,bZIP转录因子包含一个碱性的DNA结合区域，其N端与亮氨酸拉链相连，这也可以被看作是-螺旋C端的延伸。每个-螺旋相连的碱性结构域形成一个对称的结构，沿DNA相反的方向延伸并与对称的DNA识别位点发生作用，最终像一个夹子夹在DNA上。亮氨酸拉链在一些利用DNA结合结构域的蛋白中也可以不通过碱性结构域而作为二聚体结构域使用，包括一些同源域蛋白。,2. 螺旋-环-螺旋（HLH）结构域,这一结构在总体上与亮氨酸拉链相似，只是它的二个-螺旋被一个非螺旋的
16、多肽环分成二个单体蛋白，C端-螺旋一侧的疏水残基可以二聚化。与亮氨酸拉链一样，HLH结构也经常与碱性结构域相邻，以形成DNA结合所需的二聚体。,7223 转录激活结构域,1. 酸性激活结构域 通过比较酵母Gcn4和Gal4的转录激活结构域、哺乳动物糖皮质激素受体以及疤疹病毒激活子VPl6发现它们都含有很高比例的酸性氨基酸，这样的结构域被称作酸性激活结构域，且是许多转录激活结构域的特征。,2. 富含谷氨酰胺结构域 富含谷氨酞胺的结构域是在转录因子SPl的二个激活区域上首次发现的。与酸性结构域一样，谷氨酰胺残基所占的比例很重要。 3. 富含脯氨酸结构域 在一些转录因子中所发现的富含脯氨酸结构域，与谷氨酰氨相似，有一个能激活转录的连续脯氨酸残基链。,7224 阻抑物结构域,转录的阻抑有可能是通过间接地对激活因子功能的干扰而实现的，有以下几种情况: 阻断了激活因子的DNA结合位点 (与原核生物的阻抑蛋白一样)。 并非阻碍DNA结合而是掩盖了激活结构域。,哺乳动物甲状腺激素受体的结构域在缺少甲状腺激素的情况下可以阻抑转录，而在与配体结合后又可激活转录。Wilms癌基因WT1的产物是一个抑癌蛋白，
