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1、1/21,环境科学高级建模方法(计算机在环境化学中的应用),教师：王遵尧 南大科学楼603室,第5节 Chemoffice使用,2/21,2,2D-QSAR方法,活性数据,分子结构、热力学参数,实验方法,量子化学计算,建立模型,预测相关活性,SPSS 12.0 for Windows,交叉验证,F检验,VIF 评价,3/21,3,五、ChemOffice程序的使用,1、内容简介 2、ChemDraw的使用 3、Chem-3D的使用 4、在ChemDraw中画出分子的结构 5、在WORD文档中画出分子的结构 6、第四次作业,4/21,4,五、ChemOffice程序的使用,1、内容简介：,在信息
2、技术日益发展的今天，化学化工软件已成为相关专业工作者日常工作中不可或缺的基本工具。它不仅可以解决化学计算中的复杂问题，而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构，并可以将微观结构的光谱形态等形象直观地展示出来，因此熟悉常用化学化工软件并掌握其使用方法便成为相关专业工作者必备的技能之一。 ChemOffice Ultra是美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业应用软件，是目前世界上最优秀的桌面化学软件之一。它集强大的应用功能于一身，提供了优秀的化学辅助系统，可使化学工作者的日常工作更加便捷。经过多年的发展，ChemOffice系列软件已经成为国内、外化学化工领域的常用软件。迄今为止，该软件已
3、经发布了11个版本，目前最新版本为CambridgeSoft ChemOffice Ultra 2008（简称ChemOffice 2008）。,5/21,5,五、ChemOffice程序的使用,1、内容简介：,ChemOffice 主要包括三个模块: ChemDraw（化学结构绘图） Chem3D（分子模拟分析绘图） ChemFinder（化学信息搜寻整合系统） 此外还加入了E-Notebook、BioAssay Pro、量化软件MOPAC、Gaussian和GAMESS的界面，ChemSAR、Server Excel、ClogP、BioViz、CombiChem/Excel等一系列完整的软
4、件。,6/21,6,五、ChemOffice程序的使用,1、内容简介：,ChemDraw 是世界上最受欢迎的纯粹化学结构绘图软件，是各论文期刊指定的格式； Chem3D模块是提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道的特性分析，并能和数种量子化学软件结合在一起的软件； ChemFinder模块是进行化学信息搜寻整合系统的软件，它既可以建立、储存及搜索化学数据库，也可以与ChemDraw、Chem3D联合使用，还可以使用现成的化学数据库。,7/21,7,五、ChemOffice程序的使用,2、ChemDraw的使用：,公具栏的使用 网格的显示 选定，旋转，质量分裂 化学键：单，双，叁等等 箭头，轨道
5、，括号，电荷 常用特殊结构,8/21,8,ChemDraw的使用,9/21,9,ChemDraw的工具,工具栏,10/21,10,ChemDraw的工具,11/21,11,ChemDraw的工具,12/21,12,ChemDraw的工具,13/21,13,ChemDraw的工具,14/21,14,ChemDraw的工具,15/21,15,ChemDraw的使用,元素周期表,16/21,16,ChemDraw的使用,17/21,17,ChemDraw的使用,文档设置,18/21,18,ChemDraw的使用,页面规划,页眉页脚,绘图,标题,原子标记,颜色,19/21,19,ChemDraw的使用
6、,国外化学期刊默认文档格式,20/21,20,五、ChemOffice程序的使用,2、ChemDraw的使用：,画出-萘磺酸的分子结构图。 画出乙酸乙酯的分子结构图。,21/21,21,五、ChemOffice程序的使用,2、ChemDraw的使用：,画出-萘磺酸的分子结构图。 画出乙酸乙酯的分子结构图。 查找资料，画出维生素D的结构式。,22/21,22,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,原子的更改 半经验方法等设置 输出文件位置的指定 根据计算结果画分子结构图,23/21,23,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,原子更改: 双击原
7、子,出现长条框,输入需要的元素符号后,回车。,24/21,24,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,显示元素符号,25/21,25,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,显示棒球形状,26/21,26,五、ChemOffice程序的使用,27/21,27,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,半经验方法等设置:计算类型,理论,参数,输出文件的位置。,28/21,28,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,输出文件的格式：标准生成热，键长，键角，二面角，原子电荷。,文件名.log,29/21
8、,29,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,文件名.log,GEOMETRY OPTIMISED USING EIGENVECTOR FOLLOWING (EF). SCF FIELD WAS ACHIEVED HEAT OF FORMATION = -24.909748 KCAL = -104.22238 KJ ELECTRONIC ENERGY = -397.685089 EV CORE-CORE REPULSION = -97.320236 EV DIPOLE = 0.00653 DEBYE SYMMETRY: C2v NO. OF FILLED LEVELS
9、 = 10 IONIZATION POTENTIAL = 11.385862 EV HOMO LUMO ENERGIES (EV) = -11.386 3.858 MOLECULAR WEIGHT = 44.096 SCF CALCULATIONS = 21 COMPUTATION TIME = 3.47 SECONDS FINAL GEOMETRY OBTAINED EF GNORM=0.100 MMOK GEO-OK AM1 MULLIK EPS= ESP EPS=78.501 GRAPH ESR HYPERFINE + POLAR C 0.000000 0 0.000000 0 0.00
10、0000 0 -0.2335 C 1.507276 1 0.000000 0 0.000000 0 1 -0.1741 C 1.507206 1 111.755521 1 0.000000 0 2 1 -0.2332 H 1.117221 1 110.647659 1 59.803080 1 1 2 3 0.0784 H 1.117261 1 110.657892 1 -60.110184 1 1 2 3 0.0785 H 1.117003 1 110.430125 1 179.846305 1 1 2 3 0.0799 H 1.122730 1 109.463757 1 -178.70516
11、0 1 2 1 4 0.0836 H 1.122701 1 109.484864 1 -61.687374 1 2 1 4 0.0837 H 1.117023 1 110.443655 1 179.154683 1 3 2 1 0.0798 H 1.117290 1 110.634962 1 59.083858 1 3 2 1 0.0789 H 1.117234 1 110.627981 1 -60.808264 1 3 2 1 0.0780,30/21,30,五、ChemOffice程序的使用,3、Chem-3D的使用：,请同学根据log文件，画出分子在空间的结构。 注意：1、二面角0和18
12、0的定义。 2、二面角正负的定义。,文件名.log,31/21,31,五、ChemOffice程序的使用,4、在ChemDraw中画出分子的结构：,32/21,32,五、ChemOffice程序的使用,4、在ChemDraw中画出分子的结构：,33/21,33,五、ChemOffice程序的使用,4、在ChemDraw中画出分子的结构：,更改化学键和圆的粗细：右键，选“ Object Settings for 文件名”,34/21,34,五、ChemOffice程序的使用,4、在ChemDraw中画出分子的结构：,更改化学键和圆的粗细：右键，选“ Object Settings for 文件名
13、”，“Line Width”加上键角等,35/21,35,五、ChemOffice程序的使用,5、在WORD文档中画出分子的结构：,点击”插入”-“对象”,36/21,36,五、ChemOffice程序的使用,5、在WORD文档中画出分子的结构：,选择“Microsoft Word 图片”,37/21,37,五、ChemOffice程序的使用,5、在WORD文档中画出分子的结构：,38/21,38,五、ChemOffice程序的使用,5、在WORD文档中画出分子的结构：,注意：原子、化学键、键长、键角、叠放次序,39/21,39,6、第四次作业,第四次设模作业 1、熟悉ChemDraw的下拉菜单。 2、画出-萘磺酸的分子结构图。 3、画出乙酸乙酯的分子结构图。 4、查找资料，采用ChemDraw画出维生素D的结构式。 5、使用Chem3D中的AM1方法，计算一个有机分子，将输出文献发给教师。,40/21,40,五、ChemOffice程序的使用,41/21,Thank You !,
