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1、1定义：单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每5001000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。单核苷酸多态性（SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、
2、颠换、缺失和插入。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的替换;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶(A2T、A2C、C2G、G2T) 之间的替换。从理论上来看每一个SNP 位点都可以有4 种不同的变异形式，但实际上发生的只有两种，即转换和颠换，二者之比为2：1。SNP 在CG序列上出现最为频繁，而且多是C转换为T ，原因是CG中的C 常为甲基化的，自发地脱氨后即成为胸腺嘧啶。一般而言，SNP 是指变异频率大于1 %的单核苷酸变异。在人类基因组中大概每1000 个碱基就有一个SNP ，人类基因组上的SNP 总量大概是3 106 个。依据排列组合原理,SN
3、P 一共可以有6种替换情况,即A/ G、A/ T、A/ C、C/ G、C/ T 和G/ T ,但事实上,转换的发生频率占多数,而且是C2T 转换为主,其原因是Cp G的C 是甲基化的,容易自发脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也因此变为突变热点。理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换（C T，在其互补链上则为G A），也可能是颠换（C A，G T，C G，A T）。转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。
4、Wang等的研究也证明了这一点。转换的几率高，可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。SNP 在动物基因组中分布广泛,每一个核苷酸发生突变的概率大约为10 - 9 。由于选择压力,SNP在单个基因、整个基因组中以及种群间的分布是不均匀的。SNP 在非编码区中要多于编码区,而且在编码区也是非同义突变(有氨基酸序列的改变) 的频率比其他方式突变的频率低得多4 。而基因间,同一种基因中的编码SNP (coding SNP ,cSNP) 的数目也不相同,可从029 个不等。多项研究同时发现不同种族间SNPs 的数目也
5、是不同的,非洲人群及非裔种族中SNPs 数量最多,而其他种群的SNPs 要少得多,因此通过比较亚群间等位基因的频率将有助于阐明种族的结构和进化。在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。总的来说，位于编码区内的SNP（coding SNP,cSNP）比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的1/5.但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此cSNP的研究更受关注。从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种：一种是同义cSNP（synonymous cSNP），即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的
6、氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同；另一种是非同义cSNP（non-synonymous cSNP），指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。cSNP中约有一半为非同义cSNP。先形成的SNP在人群中常有更高的频率，后形成的SNP所占的比率较低。各地各民族人群中特定SNP并非一定都存在，其所占比率也不尽相同，但大约有85%应是共通的。2.SNP自身的特性：1）SNP数量多，分布广泛。据估计，人类基因组中每1000个核苷酸就有一个SNP，人类30亿碱基中共有300万以上的SNPs.SNP 遍布于整个人类基因组
7、中，根据SNP在基因中的位置，可分为基因编码区SNPs（Coding-region SNPs，cSNPs）、基因周边SNPs（Perigenic SNPs，pSNPs）以及基因间SNPs（Intergenic SNPs，iSNPs）等三类。2） SNP适于快速、规模化筛查。组成DNA的碱基虽然有4种，但SNP一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态的标记，即二等位基因（biallelic）。 由于SNP的二态性，非此即彼，在基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，这就利于发展自动化技术筛选或检测SNPs。3） SNP等位基因频率的容易估计。采用混和样本估算等位基因的频率是
8、种高效快速的策略。该策略的原理是：首先选择参考样本制作标准曲线，然后将待测的混和样本与标准曲线进行比较，根据所得信号的比例确定混和样本中各种等位基因的频率。4） 易于基因分型。SNPs 的二态性，也有利于对其进行基因分型。对SNP进行基因分型包括三方面的内容：（1）鉴别基因型所采用的化学反应，常用的技术手段包括：DNA分子杂交、引物延伸、等位基因特异的寡核苷酸连接反应、侧翼探针切割反应以及基于这些方法的变通技术；（2）完成这些化学反应所采用的模式，包括液相反应、固相支持物上进行的反应以及二者皆有的反应。（3）化学反应结束后，需要应用生物技术系统检测反应结果。绝大多数疾病的发生与环境因素和遗传因
9、素的综合作用有关，通常认为是在个体具有遗传易感性的基础上，环境有害因素作用而导致疾病。不同群体和个体对疾病的易感性、抵抗性以及其他生物学性状（如对药物的反应性等）有差别，其遗传学基础是人类基因组DNA 序列的变异性， 其中最常见的是SNP.易感基因的特点是基因的变异本身并不直接导致疾病的发生，而只造成机体患病的潜在危险性增加，一旦外界有害因素介入， 即可导致疾病发生。另外在药物治疗中，易感基因的变异造成药物对机体的疗效和副作用不同。随着人类基因组计划的进展，人们愈来愈相信基因组中的SNP 有助于解释个体的表型差异、不同群体和个体对疾病，特别是对复杂疾病的易感性以及对各种药物的耐受性和对环境因子
10、的反应。因此， 寻找和研究SNP 已成为人类基因组计划的内容和目标之一。多态性与突变的区别1、多态性是一个群体概念，多态性指这个差异占群体的1%以上。否则就叫突变（小于1%）2、SNP是多态性中的一种，只是进一步限定了差异只是单碱基。3、SNP一般来说，是全部体细胞一样的基因型（除开嵌合体）。4、突变一般不是一个个体全部细胞的变化。5、如果突变发生在生殖细胞，则可以遗传，但是只要这个突变群没有达到总群体的1%，它就只是一个突变株/系。达到了1%就是多态性了。常用数据库：Human Gene Mutation Database (HGMD) / http:/www.uwcm.ac.uk/uwcm
11、/mg/hgmd0.html / The Genome Database (GD) /http:/www.gdb.org /Database of Single Nuleotide Polymorphisms (dbSNP) / http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/ /Human Genome Variation Database (HGVbase) /http:/hgvbase.cgb.ki.se/ /The Snp Consortium， LTD.（TSC） /http:/snp.cshl.org/ /www.hapmap.org3.SNP现有检测技术人们对SNP
12、 的研究方法进行了许多探索和改进。SNP 分析技术按其研究对象主要分为两大类,即: 对未知SNP 进行分析,即找寻未知的SNP 或确定某一未知SNP 与某遗传病的关系。检测未知SNP 有许多种方法可以使用,如温度梯度凝胶电泳( TGGE) 、变性梯度凝胶电泳(DGGE) 、单链构象多态性(SSCP) 、变性的高效液相色谱检测(DHPLC) 、限制性片段长度多态性(RFL P) 、随机扩增多态性DNA(RAPD) 等,但这些方法只能发现含有SNP 的DNA 链,不能确知突变的位置和碱基类别,要想做到这一点,必须对那些含有SNP 的DNA 链进行测序。对已知SNP 进行分析,即对不同群体SNP遗传
13、多样性检测或在临床上对已知致病基因的遗传病进行基因诊断。筛查已知SNP 的方法有等位基因特异寡核苷酸片段分析(ASO) 、突变错配扩增检验(MAMA) 、基因芯片技术(gene chips) 等。由于人类基因工程的带动,许多物种都已开始了基因组的项目,并建立了大量数据库,比较这些来自不同实验室不同个体的序列, 就可以检测到SNP。SNP位点信息已知的情况下， 选择SNP的GENOTYPING的方法，主要根据你的经费情况设计，我分别给你分析一下现状：A、一般实验室： 经费一般， 仪器不具备时， 最多用的是以下两种方法：1、 基于PCR的方法，也叫AS-PCR， (ALLELE-SPECIFIC
14、PCR)的办法。 主要原理是利用引物在扩增时3端相对高的BASE要求，进行设计。这个方法是最便宜的， 不需要酶切， 一次PCR就可以得到GENOTYPING的信息。缺点： PCR对于3端的特异性在不同退火温度时有出入， 所以退火温度的摸索很关键，否则假阳性扩增是很容易的。另外， 内参照的设置也很重要，这个东西还是很有意思的。 而且，所使用的引物位置无法人为调整，只能放在SNP的5段。2、基于酶切分型。 依靠限制性内切酶的忠贞性进行单SNP的分型。 SNP突变与否， 可能影响某个酶识别位点的存在或消失。 通过酶切产物的电泳条带，判断SNP的突变的情况， 即纯和， 野生纯和，和杂和子。当没有直接可
15、利用的酶切位点时，可以采用突变引物中个别BASE，从而凑成切点的设计，也叫做RG-PCR， restriction site generation PCR。B、有经费的实验室的方法：这里我写几个自己曾经涉足过的方法，可行性比较强， 但是需要相应的经费支持和相应的仪器，但是通量相对更高， 效率更好：1、直接测序， 基于PCR产物的直接sequencing的方法， 比对序列结果， 就可以进行SNP的识别和分析。2、分型质谱， 华大生物信息平台那边可以外接服务， 提供PCR产物即可。3、pyro-sequencing， 微测序， 中科院遗传所 王沥研究员那里有可以联系的外接服务。4、D-HPLC，
16、变性高效液相色谱法。 北京可以去联系做的地方不少， 北京大学生科院有机器， 另外北京大学肿瘤研究所也有机器， 国家人类基因组陈标那里也有一台， 需要做的话， 拿着经费和他们联系就可以， 这个方法也很不错， 价钱可以商量。5、还有些方法，如DNA芯片技术适合对于large scale 的SNP的筛查， 一般用于组学领域， 可能不适用与您的情况。 还有许多如荧光共振能量转移等方法/探针杂交法等，并未在本领域中国内推广， 就不一一介绍了。1）测序 主要发现新的SNP位点和比较集中的SNP位点，如hla区域，但成本较高，工作量大，不适合大样本做疾病关联分析。2）taqman探针结果比较可靠，国外文章也大量应用，不过对于国内成本偏高，同类还有snpshot技术，abi和贝克曼都相应试剂盒。成本和成功率都比taqman要低。3）snp芯片国外大规模筛查疾病关联分
