primer-6.0-引物设计教程资料讲解

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1、primer 6.0 引物设计教程首先,需要知道基因序列,如,我们要设计rat的 CK18 mRNA检测的引物,我们先到http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/ 这个网站查找CK18 mRNA的基因序列,首先选择Nucleotide 然后在搜索栏输入基因序列号(如果不知道基因序列号则输入 rat CK18)如图然后点击搜索,就会出现rat CK18 mRNA的基因序列基因序列号现在,往下拉就会看到基因序列将这个序列复制到primer 6.0中就可以进行引物设计,我们先打开peimer 6.0破解版打开会出现这个对话框,关闭即可点击新建将序列复制至这个对话框点击 Add点击这个图标

2、出现下面对话框,这里可以选择引物在序列哪些地方设计引物,我一般不更改,也就是引物可以设计在整个序列,你也可查一下序列有几个区,一般引物应该跨两个区。之后点击 primer Parameters这里可以设置退火温度、引物长度、产物长度等,我一般只是更改产物长度,我一般设为100到300bp,因为如果产物太大,在染料法中会影响扩增效率,之后点击 Search 之后出现下面对话框点击OK 出现下面引物序列这个时候引物设计完成,我们需要对引物进行验证,我一般到NCBI(http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/)上验证,进去后点击最下面菜单中的BLAST点击这个图标点击这个图标之后点击Pr

3、imer-BLAST将前引物复制到图中位置在这输入前引物将后引物复制(注复制前引物用 Copy Sense Primer,复制后引物用Copy Anti-sence Primer 点击右键即出现复制菜单)后引物放到下图位置在这输入后引物之后将图中位置的homo sapiens 删除后输入rat出现上图对话框时选择Rattus(taxid:10114)之后点击Get Primers点这里这时会出现下图情况,因为服务器在国外,请耐心等待之后出现他能扩增很多大鼠基因,如CK18 产物为126bp,Ahsg 产物795bp,但是除了CK18 其他基因扩增是产物较大,而且有点突变,所以在PCR反应时这些

4、东西是扩增不出来的,也就是说这个引物的特异性不错,在扩增时只会扩增出我们需要的CK18这个基因,所以这个引物我们就可以订出去,找公司合成。有的时候这样的引物也不一定就可以用,所以当我们收到合成好的引物后,可以做一下预实验,看这个引物是否真的可以用,在需要引物时我们也可以到文献中查找,一般发表在全球著名杂志中的外文文献里的引物都是可以用的,查找是要注意文献中用的是染料法还是探针法,探针法的引物在染料法种效果不佳,应该舍弃,选择染料法的引物。版 权 所 有,侵 权 必 究 联 系Q Q68843242 本页为自动生成页,如不需要请删除!谢谢!如有侵权,请联系68843242删除!1,侵权必究 联系QQ68843242 1,版 权 所 有,侵 权 必 究 联 系Q Q68843242 本页为自动生成页,如不需要请删除!谢谢!如有侵权,请联系68843242删除!版 权 所 有,侵 权 必 究 联 系Q Q68843242 本页为自动生成页,如不需要请删除!谢谢!如有侵权,请联系68843242删除!侵权必究 联系QQ68843242 1

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