《手把手教你使用Imagepro-Plus(12.免疫组化图片光密度测量》由会员分享,可在线阅读,更多相关《手把手教你使用Imagepro-Plus(12.免疫组化图片光密度测量(8页珍藏版)》请在金锄头文库上搜索。
1、自从写了 imagepro plus 教学系列帖子“手把手教你使用 IPP”以来,得到了不少好评。前两天这个帖子又被人翻了出来,发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多人看的。甚至把 Media Cybnetics 公司的工程师给招来了。他们才是真正的 IPP 高手,给了我很多指导,也教了我许多妙招。无论是经常使用 IPP 还是第一次使用,如果需要分析测量一大批图片的话,都免不了要花费大量时间。为了省时省力,最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在 IPP公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序,
2、macro 。Media Cybnetics 公司的软件工程师注意到了很多人都在使用 IPP 测量免疫组化图片的光密度,也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法,于是他们给大家编制了一个 macro,专门用来方便地进行免疫组化图片的分析,这可是专业水平的 macro,真管用呀。我近水楼台得到了一个试用版本,使用这个 macro 分析上百张免疫组化图片,不到一个小时就能全部搞定。好东西要大家分享,再写一篇“手把手教你使用 IPP。先把这个试用版本传给大家,正式版本则需到 Media Cybnetics 网站上下载。(待续) Pathology.scr (27.26k) 当然,如果你对 I
3、PP 一点也不了解,是使用不了这个 macro 的。希望你看过了以前的手把手教你使用 IPP 的系列帖子。 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖子(包括后面的跟帖)http:/ 。这个 macro 基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。下载了这个 macro 后,首先用记事本打开这个文件,在第三十几行上找到这句话:Shell(c:program filesmicrosoft officeoffice10excel.exe)然后到你自己的电脑上按照 这个路径看看。如果你安装的是 officeXP,则能找到这个excel.exe 文件。不同版本的 office,其 ex
4、cel.exe 文件的位置是不一样的。你需要在自己的电脑上找到 excel.exe 文件所在的路径,然后在记事本里修改这句命令,使它能正确地指到 excel.exe 文件。一般 office2000 的系统要把这句话改为Shell(c:program filesmicrosoft officeofficeexcel.exe)office2003 的系统要把这句话改为Shell(c:program filesmicrosoft officeoffice11excel.exe)改完后直接在记事本里点保存。把保存好的文件另存到 C 盘 IPP 文件夹下面的 scripts 目录里。启动 IPP 程序
5、,点 macro 菜单下的 macro 命令。在 macro 窗口里点 chang 按纽。在弹出的打开文件窗口中选择 pathology。再点 OK 关闭所有窗口。这个 macro 就安装好了。 screen.width-333)this.width=screen.width-333 width=640 height=369 title=Click to view full 未命名 1.JPG (867 X 501) border=0 align=absmiddle 再次点 macro 菜单,就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令:pathology 和filloutside。点击 patho
6、logy 来运行这个宏。测量免疫组化图片光密度,实际上测量的就是一个平均光密度 mean density。这就需要先测量一下有效测量区域的面积,再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。两者相除得到 mean density。作为一个特例,如果测量区域就是整张图片,可以直接测量 IOD 值。不必考虑面积区域。以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据图片情况有三种选择:1.测量整张图片黄色的 IOD,除以整张图片面积。2.测量整张图片黄色的 IOD,除以红线框住区域的面积。(这是扣除空白区域)3.测量蓝线所框区域的黄色 IOD,除以蓝线框住区域
7、的面积。(这是计算特定组织区域的染色平均光密度)在许多情况下,都需要选择测量区域,作为特例,在测量区域充满整个画面时不需要考虑测量区域。需要指出的是,使用 IPP 的 count/size 测量 IOD 及 area 时,测量出的面积 area 是选定的黄色染色区域的面积。用 IOD 除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色区域的平均光密度”。所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干:1.画出测量区域2.选择特定染色物的颜色。 (缩略图,点击图片链接看原图) 从手把手教你使用 IPP 第十一帖中可以知道,在测量时需要校正光密度、设置 count/size以及 segmentation
8、。这里也需要作这些事情的。可以在 IPP 里事先把这些设置好,并把设置文件保存到指定的文件夹中(别乱放,建议与待测量的图片保存在一起)。也可以在运行 macro 过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。点 macro 菜单下的 pathology。调出 macro 界面。再打开一张典型的待测量图片,应用 single measure 调试测量参数。方法是:1.在 image setting 中选择 measure active image2.在 measurement envirement setting 中点 OD calibration 按纽,在弹出的光密度较正窗口中作好光密度较正,
9、保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的 continue 按纽返回。3.选中 manually select color range 与 user define area。点 single measure 开始测量。 (缩略图,点击图片链接看原图) 如果选择了 manually select color range,测量时会弹出 segmentation 窗口,此时可以调试 HSI,然后保存这个颜色设置到指定的文件夹中,同时还要保存 count/size 的设置文件到同一个文件中。如果事先已经有保存的设置文件,可以把它调出来。完成后必须点一下 count/size 窗口的 co
10、unt 按纽,测个数看看 (必须点,否则后面的计算可能会出错) 。在保存了 count 与 segmentation 的设置文件后,点 setting folder 按纽,到保存设置文件的文件夹里随便找个文件点一下,再点 OK 返回,就可以看到指定文件夹的路径已经显示在界面上了,而且文件夹里设置文件的文件名也会出现在下拉框里。这些调试也可以另外单独进行,只要保存好设置文件就可以,但是必须要在 macro 运行之前或者运行中测量一次 IOD,看看效果。 (缩略图,点击图片链接看原图) 如果选择了 user define area,就还会弹出一个 area select 的对话框,此功能是方便选择
11、测量区域的。要使用手动选择 AOI 工具把图象上需要测量的区域一个个的圈出来。有两种选择方式,怎么方便怎么用。如果图片上大部分是需要测量的区域,只有一小块区域需要扣掉,就选择下面一项:填充AOI 内部为白色,测量 AOI 外面区域。此时只要用 irregular AOI 工具把需要扣除的小块区域给圈上就行了,程序在测量时会扣掉这一小块区域。有多个小区域要扣掉时则把这几个区域都圈出来。如果图片上需要测量的区域更容易圈出,就选择上面一项:fill outside of AOI and measure area inside of AOI.如果测量区域就是整张图片,就啥也不要选。下图是扣除小块区域的
12、例子。 (缩略图,点击图片链接看原图) 选择完测量区域后程序就会测量出这个区域的面积与 IOD,并且把测量数据送入 excel。可以到 excel 中看测量结果了:Optical desity measurements report Macro started at Date/Time: 06-10-31 / 9:04:25 Image Name / Folder IOD(SUM) AREA(SUM) Mean DensityA-24-2.tif/Active 5785.524 290570 0.019911 在 excel 中的数据,第一列为图片文件名,第二列为 IOD 测量值,第三列是选择
13、区域的面积(单位为象素)。第四列就是 IOD/area。此时一定要检查一下测量值是不是正确。常见的错误是:光密度较正没有应用上,导致 IOD 测量值特别大。选色文件没有调用上,测量出的 IOD 值几乎等于 0 甚至就等于 0。测量单幅图片是一定要先作一次的,主要是检查一下整个测量过程是否正确,各个测量设置文件是否正常应用了。当然如果需要测量的图片很少,就这样一幅幅测下去也是可以的。在 analysis and report 框中还有两个选项,一个是在测量时创建一幅带有标记的图片,需要的话就可以选上。另一个是调试程序时需要看看中间过渡图片的,一般不必选它。 调试好各项设置文件之后,下面就可以对所
14、有图片进行批量处理了。不过有一件事是没法自动处理的,就是每张图片的测量区域都不一样。还是需要一张张地画。可以这样作,在 photoshop 中或者在 IPP 里先把所有图片中测量区域以外的地方都填上白色。然后再回到这个 macro 里进行批量测量。在批量测量时,程序会自动把测量区域定为非白色的区域。如果测量区域就是整张图片,就不必进行测量区域的选择。在 image setting 框中选择 measure all images in forlder。再点旁边的 image folder 按纽,到保存图片的文件夹中随便找个文件点一下。返回。再到下面的 analysis and report 框中
15、,可以看到 single measure 点不动了,而另一个batch measure 却变黑了,点这个按纽,程序就开始一幅幅地测量指定文件夹中的所有图片文件了。上百张图片一会就能测完。真省事呀。批量测量图片时如果把 segmentation 与 count 的设置文件中所有的预览选项都设为none。那么测量的速度就会飞飞地快。我试过测量了 300 张图片,点了一支烟还没抽完,它就结束了。测量的数据都保存在 excel 表格中。 这个 macro 是试用版,适用于 IPP4.0 到 IPP5.1 的各版本,不能用于 IPP6。也许里面会有一些 bug。如果你也试用了,请回帖说说效果。特别是使用
16、不成功的情况,一定要提出来。能让工程师进行修改。正式版本,包括适用于 IPP6 的版本很快就能在 IPP 的网站上下载了。 学习中,谢谢 hbchendl ! 安装出现问题,我的是 OFFICE2003,IPP5 。1 ,在 D 盘,按照上面的装后,运行出现了下面的显示: screen.width-333)this.width=screen.width-333 width=591 height=288 title=Click to view full Image00000.gif (591 X 288) border=0 align=absmiddle 就是 excel.exe 文件的位置需要调整。一个方法是用记事本打开 pathology.scr 文件,把第三十四行的命令:Shell(c:program filesmicrosoft offi