《手把手教你使用Imagepro-Plus(12.免疫组化图片光密度测量》由会员分享，可在线阅读，更多相关《手把手教你使用Imagepro-Plus(12.免疫组化图片光密度测量（8页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、自从写了 imagepro plus 教学系列帖子“手把手教你使用 IPP”以来，得到了不少好评。前两天这个帖子又被人翻了出来，发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多人看的。甚至把 Media Cybnetics 公司的工程师给招来了。他们才是真正的 IPP 高手，给了我很多指导，也教了我许多妙招。无论是经常使用 IPP 还是第一次使用，如果需要分析测量一大批图片的话，都免不了要花费大量时间。为了省时省力，最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在 IPP公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序，
2、macro 。Media Cybnetics 公司的软件工程师注意到了很多人都在使用 IPP 测量免疫组化图片的光密度，也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法，于是他们给大家编制了一个 macro，专门用来方便地进行免疫组化图片的分析，这可是专业水平的 macro，真管用呀。我近水楼台得到了一个试用版本，使用这个 macro 分析上百张免疫组化图片，不到一个小时就能全部搞定。好东西要大家分享，再写一篇“手把手教你使用 IPP。先把这个试用版本传给大家，正式版本则需到 Media Cybnetics 网站上下载。(待续) Pathology.scr (27.26k) 当然，如果你对 I
3、PP 一点也不了解，是使用不了这个 macro 的。希望你看过了以前的手把手教你使用 IPP 的系列帖子。 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖子（包括后面的跟帖）http:/ 。这个 macro 基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。下载了这个 macro 后，首先用记事本打开这个文件，在第三十几行上找到这句话：Shell(c:program filesmicrosoft officeoffice10excel.exe)然后到你自己的电脑上按照 这个路径看看。如果你安装的是 officeXP,则能找到这个excel.exe 文件。不同版本的 office，其 ex
4、cel.exe 文件的位置是不一样的。你需要在自己的电脑上找到 excel.exe 文件所在的路径，然后在记事本里修改这句命令，使它能正确地指到 excel.exe 文件。一般 office2000 的系统要把这句话改为Shell(c:program filesmicrosoft officeofficeexcel.exe)office2003 的系统要把这句话改为Shell(c:program filesmicrosoft officeoffice11excel.exe)改完后直接在记事本里点保存。把保存好的文件另存到 C 盘 IPP 文件夹下面的 scripts 目录里。启动 IPP 程序
5、，点 macro 菜单下的 macro 命令。在 macro 窗口里点 chang 按纽。在弹出的打开文件窗口中选择 pathology。再点 OK 关闭所有窗口。这个 macro 就安装好了。 screen.width-333)this.width=screen.width-333 width=640 height=369 title=Click to view full 未命名 1.JPG (867 X 501) border=0 align=absmiddle 再次点 macro 菜单，就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令：pathology 和filloutside。点击 patho
6、logy 来运行这个宏。测量免疫组化图片光密度，实际上测量的就是一个平均光密度 mean density。这就需要先测量一下有效测量区域的面积，再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。两者相除得到 mean density。作为一个特例，如果测量区域就是整张图片，可以直接测量 IOD 值。不必考虑面积区域。以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据图片情况有三种选择：1.测量整张图片黄色的 IOD，除以整张图片面积。2.测量整张图片黄色的 IOD，除以红线框住区域的面积。（这是扣除空白区域）3.测量蓝线所框区域的黄色 IOD，除以蓝线框住区域
7、的面积。（这是计算特定组织区域的染色平均光密度）在许多情况下，都需要选择测量区域，作为特例，在测量区域充满整个画面时不需要考虑测量区域。需要指出的是，使用 IPP 的 count/size 测量 IOD 及 area 时，测量出的面积 area 是选定的黄色染色区域的面积。用 IOD 除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色区域的平均光密度”。所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干：1.画出测量区域2.选择特定染色物的颜色。 （缩略图，点击图片链接看原图） 从手把手教你使用 IPP 第十一帖中可以知道，在测量时需要校正光密度、设置 count/size以及 segmentation
8、。这里也需要作这些事情的。可以在 IPP 里事先把这些设置好，并把设置文件保存到指定的文件夹中（别乱放，建议与待测量的图片保存在一起）。也可以在运行 macro 过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。点 macro 菜单下的 pathology。调出 macro 界面。再打开一张典型的待测量图片，应用 single measure 调试测量参数。方法是：1.在 image setting 中选择 measure active image2.在 measurement envirement setting 中点 OD calibration 按纽，在弹出的光密度较正窗口中作好光密度较正，
9、保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的 continue 按纽返回。3.选中 manually select color range 与 user define area。点 single measure 开始测量。 （缩略图，点击图片链接看原图） 如果选择了 manually select color range，测量时会弹出 segmentation 窗口，此时可以调试 HSI，然后保存这个颜色设置到指定的文件夹中，同时还要保存 count/size 的设置文件到同一个文件中。如果事先已经有保存的设置文件，可以把它调出来。完成后必须点一下 count/size 窗口的 co
10、unt 按纽，测个数看看 (必须点，否则后面的计算可能会出错) 。在保存了 count 与 segmentation 的设置文件后，点 setting folder 按纽，到保存设置文件的文件夹里随便找个文件点一下，再点 OK 返回，就可以看到指定文件夹的路径已经显示在界面上了，而且文件夹里设置文件的文件名也会出现在下拉框里。这些调试也可以另外单独进行，只要保存好设置文件就可以，但是必须要在 macro 运行之前或者运行中测量一次 IOD，看看效果。 （缩略图，点击图片链接看原图） 如果选择了 user define area，就还会弹出一个 area select 的对话框，此功能是方便选择
11、测量区域的。要使用手动选择 AOI 工具把图象上需要测量的区域一个个的圈出来。有两种选择方式，怎么方便怎么用。如果图片上大部分是需要测量的区域，只有一小块区域需要扣掉，就选择下面一项：填充AOI 内部为白色，测量 AOI 外面区域。此时只要用 irregular AOI 工具把需要扣除的小块区域给圈上就行了，程序在测量时会扣掉这一小块区域。有多个小区域要扣掉时则把这几个区域都圈出来。如果图片上需要测量的区域更容易圈出，就选择上面一项：fill outside of AOI and measure area inside of AOI.如果测量区域就是整张图片，就啥也不要选。下图是扣除小块区域的
12、例子。 （缩略图，点击图片链接看原图） 选择完测量区域后程序就会测量出这个区域的面积与 IOD，并且把测量数据送入 excel。可以到 excel 中看测量结果了：Optical desity measurements report Macro started at Date/Time: 06-10-31 / 9:04:25 Image Name / Folder IOD(SUM) AREA(SUM) Mean DensityA-24-2.tif/Active 5785.524 290570 0.019911 在 excel 中的数据，第一列为图片文件名，第二列为 IOD 测量值，第三列是选择
13、区域的面积（单位为象素）。第四列就是 IOD/area。此时一定要检查一下测量值是不是正确。常见的错误是：光密度较正没有应用上，导致 IOD 测量值特别大。选色文件没有调用上，测量出的 IOD 值几乎等于 0 甚至就等于 0。测量单幅图片是一定要先作一次的，主要是检查一下整个测量过程是否正确，各个测量设置文件是否正常应用了。当然如果需要测量的图片很少，就这样一幅幅测下去也是可以的。在 analysis and report 框中还有两个选项，一个是在测量时创建一幅带有标记的图片，需要的话就可以选上。另一个是调试程序时需要看看中间过渡图片的，一般不必选它。 调试好各项设置文件之后，下面就可以对所
14、有图片进行批量处理了。不过有一件事是没法自动处理的，就是每张图片的测量区域都不一样。还是需要一张张地画。可以这样作，在 photoshop 中或者在 IPP 里先把所有图片中测量区域以外的地方都填上白色。然后再回到这个 macro 里进行批量测量。在批量测量时，程序会自动把测量区域定为非白色的区域。如果测量区域就是整张图片，就不必进行测量区域的选择。在 image setting 框中选择 measure all images in forlder。再点旁边的 image folder 按纽，到保存图片的文件夹中随便找个文件点一下。返回。再到下面的 analysis and report 框中
15、，可以看到 single measure 点不动了，而另一个batch measure 却变黑了，点这个按纽，程序就开始一幅幅地测量指定文件夹中的所有图片文件了。上百张图片一会就能测完。真省事呀。批量测量图片时如果把 segmentation 与 count 的设置文件中所有的预览选项都设为none。那么测量的速度就会飞飞地快。我试过测量了 300 张图片，点了一支烟还没抽完，它就结束了。测量的数据都保存在 excel 表格中。 这个 macro 是试用版，适用于 IPP4.0 到 IPP5.1 的各版本，不能用于 IPP6。也许里面会有一些 bug。如果你也试用了，请回帖说说效果。特别是使用
16、不成功的情况，一定要提出来。能让工程师进行修改。正式版本，包括适用于 IPP6 的版本很快就能在 IPP 的网站上下载了。 学习中，谢谢 hbchendl ！ 安装出现问题，我的是 OFFICE2003，IPP5 。1 ，在 D 盘，按照上面的装后，运行出现了下面的显示： screen.width-333)this.width=screen.width-333 width=591 height=288 title=Click to view full Image00000.gif (591 X 288) border=0 align=absmiddle 就是 excel.exe 文件的位置需要调整。一个方法是用记事本打开 pathology.scr 文件，把第三十四行的命令：Shell(c:program filesmicrosoft offi
