第八讲pubmed检索方法

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1、第八章 PUBMED检索系统 刘军凤 E-mail:liujf Office Phone:024-31207256 第一节 概述 一、医学文献分析与检索系统（MEDLARS） 医学文献分析与检索系统（Medical Literature Analysis and Retrieval System）简称MEDLARS，是 美国国立医学图书馆（National Library of Medicine，简称NLM）研制开发的一个医学文献数据 库检索系统。 MEDLARS拥有近40个数据库，各数据库收录 的学科范围涉及医学的各个领域，包括基础医学 、临床医学、生物学、药理学、毒理学、环境医 学、职业病

2、学、营养卫生、卫生保健、卫生管理 、情报学、心理学、医学伦理学、牙科学、护理 学、兽医学等。 其中，最大的数据库就是Medline数据库。 二、Medline数据库 MEDLINE（MEDLARS on Line）：医学文献联机 数据库，收录1966年以来70多个国家3900多种生物 医学期刊中的约1000万条文献题录。收入美国医 学索引（IM）、国际护理索引（INI）、牙 科索引（IDL）的全部文献题录。覆盖了临床医学 、预防医学、护理学、口腔医学、药理学、基础医 学等学科领域。 Internet网络上有三十多个站点提供Free Medline检索服务，如：PubMed, HealthGat

3、e， Medscape，Medical Matrix，BioMedNet等。但只 有PubMed是官方网站。 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 三、Pubmed检索系统 PubMed是美国立医学图书馆(NLM)下属的国立 生物技术信息中心(NCBI)开发的基于WWW的查询系 统，提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE及其他相关 数据库的链接与接入服务。 PubMed因和生物医学文献出版商联合，可连接这 些出版商网点获取期刊全文数据。 PubMed还提供与综合分子生物学数据库的链接 与接入服务，包括Protein、Nucleotide、 Structur

4、e、Genome、3D Domains、Gene、PopSet、 OMIM、Taxonomy等数据库。 第二节 检索方法 一、普通检索： 在检索输入框中可直接输入主题词、自由词、 著者姓名、期刊名等进行检索，也可输入逻辑表达 式进行检索或进行字段限定检索。 (1)主题检索： 须遵循医学主题词表(Medical Subject Headings 简称MeSH)中所收集的词汇进行检索。 如：lung neoplasms/radiographymh (2)自由词检索： 在检索框中输入一个或多个检索词，确定 即可。 如：输入braintw和输入brain,结果是不 一样的。 details: brai

5、nMeSH Terms OR brainAll Fields 注意词汇自动转换功能： PubMed按顺序使用如下4种表或索引，对检 索词进行转换后再检索。 MeSH转换表：包括MeSH词、参见词、副主题词 等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词 ，就会自动将其转换为相应的MeSH词和自由词进行 检索。 例如：键入Vitamin h，系统将其转换成 Biotin MeSH Tems OR Biotin All Fields OR Vitamin h All Fields后进行检索。 刊名转换表：包括刊名全称、MEDLINE形式的 缩写。该转换表能把键入的刊名全称转换为 “MEDLINE缩写

6、Journal Name”后进行检索。 例如：键入：new england journal of medicine, PubMed将其转换为N Engl J MedJournal OR new england journal of medicineAll Fields后进行检索。 短语表：如果PubMed 系统在MeSH和刊名转换 表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短语表 。 著者索引：如果键入的词语未在上述各表中 找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有 12个字母的短语，PubMed即查著者索引。 如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断 开后再重复上述自动词汇转换过程。或把单

7、个词用 AND联一起在全部字段中检索。 如：“single cell”，系统就会自动将其分 成两个词，按(single personMeSH Terms OR (singleAll Fields AND personAll Fields) OR single personAll Fields OR singleAll Fields) AND (cellsMeSH Terms OR cellsAll Fields OR cellAll Fields)进行检索。 (3)著者检索： 遵循“姓前名后”原则，姓用全称，名用缩写 。 如：Smith JR Smith J YangAU (4)刊名检索： 可

8、用期刊名全称，也可用MesH期刊名缩写检索。 如：Molecular biology of the cellta Mol biol cellta (5)文献类型检索： 文献类型标识符PT，如欲检索综述文献可使用 检索式reviewPT即可。 (6)出版年代检索： 如：1998dporedatormhda (7)地址检索： 如：JapanAD (8)语种检索： 如：ChineseLA (9)截词检索： 在词根或词尾上加上特定的符号（*），可扩大 检索范围，防止漏检。 如：Comput* computeer,computers,computed,computize,computi zed,comp

9、utization等词的文献全部检出。 (10)逻辑组配检索： 如：检索“儿童哮喘治疗原语种为英语的综述文献 ” asthma/therapymh AND reviewpt AND childmh AND englishla (11)词组检索： 当强迫PubMed检索一个词组时，将词组用引号 括起，系统关闭自动词语匹配和自动扩展功能。 Pubmed检索规则： Pubmed进行字段限定检索时，字段标识符加在 检索词之后；字段标识符必须用方括号括起来； 大小写以及检索词与方括号之间有无空格无关紧 要。 Pubmed处理布尔逻辑表达式是按从左到右的顺 序进行的。但可以通过括号来改变运算顺序。如 果P

10、ubmed发现检索式中有非限定的词组，它就自 动检索该词组，再将该集合与检索式的其它项进 行运算。 字段标识符 AD：机构、第一作者地址 ALL：所有字段 AU：作者姓名 TA：期刊名 LA：语种 MAJR：主要概念的医学主题词 MH：医学主题词 PT：出版类型 TW：文本词 TI：题名 DP: 出版日期 练习题： 1、查肺肿瘤放射疗法，任选题录、文摘、全 文各1篇，按Medline格式显示。 （lung neoplasms/radiographymh） 2、比较braintw和brain的检索结果 3、检索Vitamin h,查验检索词的转换情况 4、比较Smith JRAU和Smith J

11、R的检索结果 5、查期刊molecular biology of the cell上 的文章 6、检索肺肿瘤2002年综述文献 二、高级检索： 在首页或检索结果页面点击Advanced，即可进 入高级检索页面。 在高级检索页面可进行检索式的构建检索、可 浏览检索历史、还可选择其它更多检索方式检索。 1、Builder： 可进行检索式的构建，从索引表中选词检索 ；可编制及修改检索策略；可预览检索策略和检索 结果的记录数并对满意的检索策略进行检索。 2、History：可查看检索策略及检索结果记录 数；可将检索表达式重新组合检索；可保存检索策 略到“My NCBI”中做定题检索。 Search H

12、istory 仅保存检索式8个小时。 3、More Resources： 可链接进入Mesh Database、Journals Database、Single Citation Matcher、Clinical Queries、Topic-Specific Queries进行其它检索 方式的检索。即MeSH检索、期刊检索、单篇文章匹 配检索、临床文献查询、特殊主题查询等。 练习： 1.获得性免疫缺陷综合症(Acquired Immunodeficiency Syndrome)的综述性文献 。 2.肾衰动物实验文献(kidney failure)要带文摘 。 3.查2008年至今肿瘤方面的论文

13、,带免费全文。 4.查T.R.Gordon发表的论文。 5.高血压(hypertension)和糖尿病(diabetes mellitus)的关系方面的英文文献。 三、MeSH检索： 可进行主题词的查找并检索该主题词的文献； 可进行主题词与副主题词组配检索； 可进行主题词的加权检索； 可进行主题词的扩展检索。 五、保存检索结果（Saving） PubMed系统允许最多可保存5000条记录 选择保存格式，点击“send to”键 练习： 1.乙肝病毒(Hepatitis B Virus)遗传学(Genetics) 方面的文献。 2.过敏(Hypersensitivity)的病因学(Etiology)方面 的英文文献。 3.缺血性心脏病(ischemic heart disease)引起心力 衰竭(heart failure)老年人方面的文献。 4.白血病(LEUKEMIA)化疗(CHEMOTHERAPY)的文献。 5.再生性贫血(APLASTIC ANEMIA)方面的文献。 6.青霉素G(PENICILLIN G)副作用(adverse effects) 方面的文献。 思考题： 1、什么是MEDLARS？ 2、什么是MEDLINE？其收录特点是什么？ 3、什么是PubMed?其特点是什么？ 4、简述PubMed检索方法？ 5、MeSH检索的功能。