药物定量构效关系算法研究

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1、切 。擎徘审萃拱爵素拦移非具申鬲草地孝¥妊掣期谚萃拱珥去拦珏非髟 斗固辫蕈詈苦函( ;: 丝箪一) 氢静晕勤甲。革砚珥毒明千班千斟肇组明士藩骅雏甘娶锋砰群章:嚣 钮 茸砚妊移非紧歌徘显哥 譬 :瑕母 I 黔V 喜锥询勺串象¥- I z _ 尊掣i :( 嘴卿) 弭骈兽觐 叩、- 忡u 治m f 秒钿帅g 留m 办力毛口9 , - - j 的典范。 在攻读硕士的这三年里,导师不仅为我创造了优越的科研和学 - - j 环境,使 我得以在这里认真的学 - - j 和钻研,同时在人生观和价值观等方面给予了谆谆教 诲,这为我今后的人生道路指明了方向。 真诚感谢实验室的李婷师姐、管鑫师兄、宋端磊、王正、田

2、素霞以及师弟 师妹们,你们不仅在学术上给我指引及建议,而且在生活上予以帮助,使我的 研究生生活充满了温暖和欢乐。实验室是一个整体,是一个团队,这里充满了 温馨与快乐,将在我心中留下永远美好的回忆。 衷心的感谢我的父母、哥嫂、爱人以及其他亲朋好友对我的关心、支持和 理解,是他们让我在这里安心的学 - j ,如果没有他们,我将无法完成现在的硕 士学业。 感谢曾经教育和帮助过我的所有老师,谢谢你们对我的教导,正是你们无 私的教诲,才有了我的今天。 衷心地感谢为评阅本论文而付出宝贵时间和辛勤劳动的各位老师,谢谢你 们陪伴我走过硕士的最后阶段。 最后怀着一颗感恩的心,感谢我生命中的每一个人。 附录 附录

3、 函数名称、编号以及功能对照表 函数编号 函数名称 功能 le x tv a l 外部验证 2 A I C P L S 计算P L S R 模型的A I C B I C 3 s t e p M P S逐步回归法( S R ) 4 v e c t o p s 计算指示向量 5 O P S 指示向量选择法( O P S ) 6 S T E P 0 P S 逐步回归法改进的指示向量选择法( S R O P S ) 7 G AO P S 遗传算法改进的指示向量选择法( G A O P S ) 函数1 e x t _ v a l f i x n v l )n c o m p i = f i x n v

4、l ; ) d a t ai n c r e m e n t = n e w d a t a ,1 :( N v a l i 】+ 1 ) 】; d a t ai n c r e m e n t - a s m a t r i x ( d a t ai n c r e m e n t ) p l s r c v - m v r C v ( d a t a i n c r e m e n t 【,一1 】,d a t a i n c r e m e n t ,1 】,n c o m p i , m e t h o d = p l s o p t i o n s ( ) S m v r a l g

5、 ,s c a l e2F A L S E , s e g m e n t s ,s e g m e n t t y p e = c o n s e c u t i v e ”, J a c k k n i f e = F A L S E ,t r a c e = F A L S E ) p r e s s 一p l s r c V $ P R E S S R M S E C V - s q r t ( p r e s s d i m ( X o r ) 1 】) Y p r e d 一p l s r c V $ p r e d ,】 c o r r 一c o r ( Y ,Y p r e d

6、 ) c o r r - a s m a t r i x ( c o r r ) ;c o r r 一t ( c o r r ) ; R M S E C V - a s m a t r i x ( R M S E C V ) ;R M S E C V 一t ( R M S E C V ) q 一c o r r R M S E C V n c o m p _ b e s t 一w h i c h m i n ( R M S E C V ) R M S E c v i 】= R M S E C V n c o m p _ b e s t 】 附录 r c v i = c o r r n c o m

7、 p _ b e s t N c o m p i 1 = n c o m p _ b e s t y p r e d ,i 】= Y p r e d ,n c o m p _ b e s t 】 r e s u l t = c b i n d ( N o ,N v a l ,N c o m p ,R M S E c v ,r _ c v ) , r e s u l t = a s d a t a f r a m e ( r e s u l t ) n a m e s ( r e s u l t ) = c ( ”N o ”,”N v a l ”,”N c o m p ”,”R M S E c

8、v ”,”r C V ”) o p a r 一p a r ( m f r o w = c ( 1 ,2 ) ) p l o t ( r e s u l t ,4 】一r e s u l t ,1 】,t y p e 2 ”o ”, x l a b = ”S e to fv a r i b l e s ”,y l a b = ”R M S E c v ”) p l o t ( r e s u l t ,5 一r e s u l t ,1 】,t y p e _ o ”, x l a b = ”S e t o fv a r i b l e s ”,y l a b = ”r _ c v ”) p a

9、 r ( o p a r ) R M S E c v 一r e s u l t 【,4 】 N O b e s t 一w h i c h m i n ( R M S E c v ) S u g g e s t e d _ r e s u l t 一r e s u l t N O _ b e s t ,】 l i s t ( r e s u l t = r e s u l t ,S u g g e s t e d r e s u l t = S u g g e s t e dr e s u l t ) 函数6 S T E P O P S 一f u n c t i o n ( d a t a rn

10、 _ t r a i nrn t e s trp r e p rI C A fm o d e l t y p e t q 2 ,C V ,F U N ,d i r e c t i o n = ”b o t h ”,k ) # nt r a i n 为训练集样本数,nt e s t 为测试集样本数 d a t a ,一1 】 - s c a l e ( d a t a ,一1 】) ;d a t a 一a s d a t a f r a m e ( d a t a ) ; n a m e s ( d a t a ) 1 】 2 0 ) f n o = 2 0e l s ef n o = d i

11、m ( X ) 2 】 h o p s = H o p s ( x ,Y ,n r e t ,p r e p ,h m o d ,i n o ,f n o ,Ja n ,i n c r ) S h o p s n v l = c ( h m o d ,h o p s ) 拌计算指示向量 v e c t o r s 一v e c t o p s ( X ,Y ,n r e t ,p r e p ,n v l ,N A S ) 根据指示向量对变量进行排序 附录 o r d e r v e c t o r s = o r d e r V e c t o r ( X ,v e c t o r s ,o

12、 p t i o n ) ; X o r = o r d e r v e c t o r s $ X o r ;i n d = o r d e r V e c t o r s $ i n d 利用前H M O D 个自变量建立初始模型,并进行逐步回归自变量选择 xl a b e lo - n a m e s ( d a t a ) 【一l 】 f m l a 一a s f o r m u l a ( p a s t e ( ”一”,p a s t e ( x _ l a b e l o ,c o l l a p s e 2 ”+ ”) ) ) s c o p e 一l i s t ( u p

13、p e r = f m l a ,l o w e r = 一1 ) x _ d r o p 一x _ l a b e l o i n d 【1 :h m o d 】 x a d d 一x l a b e l oli n d 卜1 :一h m o d f o r m u - p a s t e ( c ( Y ,p a s t e ( x _ d r o p ,c o l l a p s e 2 + ) ) ,c o l l a p s e 5 ) o b je c t 一i m ( f o r m u ,d a t a = d a t a ) S T E P O P S - s t e p M

14、 P S ( o b j e c t 。s c o p e fI C A | m o d e l t y p e tq 2 | C V lF U N f d i r e c t i o n = ”b o t h ”,k ) l i s t ( S T E P O P S = S T E P O P S ) 函数7 G AO P S - f u n c t i o n ( d a t aF n _ t r a i n f n j e s t f p r e p , S e l e c t = c ( ”r m s e ”,”c o r r ”,”b o t h ”) ) 4 # s e l e

15、c t 是G 进择的标准,有模型交叉验证的R M S E 并H R 2 d a t a ,一1 - s c a l e d ( a t a ,一1 ) ;n a m e s ( d a t a ) 1 】 一”Y ” d a t a 2 0 ) f n o = 2 0e l s ef n o = d i m ( X ) 2 】 h o p s = H o p s ( x ,Y ,n r e t ,p r e p ,h m o d ,i n o ,f n o ,J a n ,i n c r ) S h o p s n v l = c ( h m o d ,h o p s ) 替辑计算指示向量 v

16、 e c t o r s 一v e c t o p s ( X ,Y ,n r e t ,p r e p ,n v l ,N A S ) 特根据指示向量对变量进行排序 o r d e r v e c t o r s = o r d e r v e c t o r ( X ,v e c t o r s ,o p t i o n ) 歹 X o r = o r d e r v e c t o r s S X o r ;i n d = o r d e r v e c t o r s $ i n d 得到自变量的排序后,将其分成两部分,然后进行G A 自变量选择 附录 X _ p r e p r o c e s s 一p r e

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