检测晶体常出现的错误讲解

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1、问题:_diffrn_measured_fraction_theta_full Low .0.93 采集数据的完成度偏低,通常要在 0.97 以上。最好是重新收集数据。 解决方法:omit 0 50问题:No sus on H-atoms, but refinement reported as .mixed报告中显示对 H 原子的修正方法是混合模式但没有列出 H 原子相关的偏差。 解决方法:把.CIF 中的 mixed 改成 constr 就可以了。问题:CIF Contains no X-H Bonds .?CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles .?解决

2、方法:在 ins 文件中将 Bond 改为 Bond $h 命令,再在 XL 中精修一下就可以 了问题:PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error . 0.37 修正轮数不够多 Maximum Shift/Error 值应该接近于 0,至少要在 0.02 以下。 解决方法:增加修正轮数(L.S. 后的数值改大)问题:PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) . 7.95 Ratio PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min)

3、. 7.78 Ratio 这二条是指原子有较大的非正定,说明没有修正好。 解决方法:可以考虑将这个有较大无序的 O 进行分比(如占位率 0.5:0.5)再修。 如果是衍射数据质量不够好而无法得到好的修正结果,那只有重新采集数据了。问题:DENSX01_ALERT_1_A The ratio of the calculated to measured crystal density lies outside the range 0.80 1.20Calculated density =1.753Measured density=0.000PLAT093_ALERT_1_A No sus on H

4、-atoms, but refinement reported as .mixed 解决方法:在 cif 里将_exptl_crystal_density_meas0 改为:_exptl_crystal_density_meas?将_refine_ls_hydrogen_treatmentmixed改为:_refine_ls_hydrogen_treatmentconstrPLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3is NPD .? 解决方法:原子非正定,无序或者空间群错误, 或者数据不好。这个原子如果 在结构中不甚重要,可以按各向同性处理,一般不影响发表 。用 ISOR

5、 命令各 向同性,应该可以解决。问题:Hirshfeld Test Diff forC1-C2.7.53 su解决方法:ins 文件里加入 delu 0.02 c1 c2(delu限制所指定的原子具有接近指定范围内的位移参数)问题:PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing .? PLAT057_ALERT_3_C Correction for Absorption RequiredRT(exp) .1.11 解决方法:主要注意 cif 文件中的以下这几行,_exptl_absorpt_correction_t

6、ype 这 一项只要做了 xcif 就一般会自动填 Multi-scan,你也可根据自己的校正方法来 填。一般可能出的问题就是这几行填得串了行,或者 T_min 与 T_max 填反了。仔细 检查问题:PLAT220_ALERT_2_BLargeNon-SolventCUeq(max)/Ueq(min) .3.83 Ratio解决方法:simu 0.01 0.02 3.8 $c(simu限制在一定范围内的原子具有相同的位移参数)问题:解 完 晶 体 后checkcif出 现A类 错 误Nos.u.GivenforFlackParameter .? 不知道如何解决 解决方法:你这个结构是否有手性

7、?1. 如果有手性且有重原子,那在修正中加入 Flack 指令,修正后重新产生 CIF。2. 如果没有手性,或有手性但用 Mo 靶做小于 Si 元素的结构,则可在 CIF 的原 子信息这一栏的最后面添加一句话,如下所示:_chemical_formula_sumC10 H18 O5 _chemical_formula_moietyC10 H18 O5 _chemical_formula_weight218.25_chemical_melting_point?_chemical_absolute_configuration unk 这样就可以了问题:一个 B 类错误:Merging of Fri

8、edel Pairs is STRONGLY Indicated解决方法:在 ins 文件中加入 MERG 3 重新精修一轮即可。问题:ABSTM02_ALERT_3_ATest not performed as the _exptl_absorpt_correction_type has not been identified. See test ABSTY_01.解决方法:The absorption correction should be one of the following*none*analytical*integration*numerical*gaussian*empiri

9、cal*psi-scan*multi-scan*refdelf*sphere*cylinder问题:Alert level APLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range .0.00SigmaAlert level BPLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn- O1.21.64 suPLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn- O2.12.23 su 解决方法:第一个问题在 INS 文件中把 EXTI 这行命令删掉再修就

10、可以了 后两个 B 类错误可以在-lst 文件中 BOND 的下一行使用如写命令,然后精修:ELMU Zn O1 Zn O2SIMU 0.007 0.001 Zn O1 Zn O2附:关于 CIF 检测中出现的 A,B 等类错误的说明一般分为 8 类,分别为:# _0xx - general# _1xx - cell/symmetry# _2xx - adp-related# _3xx - intra geometry# _4xx - inter geometry# _5xx - coordination geometry# _6xx - void tests# _7xx various te

11、st下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家,希望能对您有所帮助!_201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子,各向同性在通常的精修中并不 常用,只是在处理无序是才用到。_202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子_211 检测主体分子的 NPD ADPs 。检测主体分子中各相异性参数中负值部分(NPD is non-positive displacement )_212 检测溶剂或阴离子分子的 NPD ADPs 。检测溶剂或阴离子分子中各相异性 参数中负值部_213 主体分子中 ADP maximum/minimum 比例检测,较大的值意味着无序没有 处理。_214 溶剂或阴离子

12、中 ADP maximum/minimum 比例检测,较大的值意味着无序 没有处理。_220 检测主体结构非氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出 警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)_221 检测非主体结构非氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发 出警报_222 检测主体结构氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警 报_223 检测非主体结构氢原子 Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出 警报_230, _233 : Hirschfiel

13、d 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各 相异性参数,无序或过度精修可能会导致大小不一。原子的错误判定也会有这样 的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重 原子的键有较大的 DELU 值_241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的 U(eq)值。原子的 U(eq) 值会被拿 去与所有非氢原子的平均 U(eq)去比较,如果值太大,可能是原子定错了。_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度_020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于 0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的R(int) 没什么意义_

14、021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单 元中的数目。对于中心对称的结构,期望币值为小于或等于 1.0;对于非中心对称 结构则小于 2。超过这些数据可能是:对称性消光没有从观测数据中消除或采用 过多的数据进行精修_022 :检测完整度,检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率_023 : Check max。检测分辨率。当 sin ()/ 0.6 时,发布警告。_024 : 检测优化的平均 Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的 MoKa 数据,平均Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用 MERG 4。_025 : 检查 h,k,l 范围_026 : 检查弱点,检查 2 以上的独立数据的衍射是否充分_030 检测精修的消光参数是否有意义,检测它的值是否明显大于相应的 s.u。如 果不是,这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为 3.33 s.u_032 检测 Flack 参数的 S.U._03

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