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1、王志全 技术总监 致病性细菌致病突变的鉴定致病性细菌致病突变的鉴定 一、基本研究思路一、基本研究思路 二、分析结果展示二、分析结果展示 三、分析内容讲解三、分析内容讲解 四、候选致病突变的挖掘四、候选致病突变的挖掘 一、基本研究思路一、基本研究思路 细菌重测序 参考基因组-致病菌-非致病 菌株 Case-control 比较分析 细菌de novo 致病菌株-非致病菌株 基因组共线性分析 致病菌株 致病菌特有的基因或致病菌特异的突变 基于三代测 序组装 基于二代测 序的重测序 二、重测序分析结果展示二、重测序分析结果展示 三、分析内容讲解三、分析内容讲解 框架图精细图完成图 基因组组分分析 重
2、复序列 CRISPR非编码RNA 基因岛 前噬菌体基因预测 ORF 基因功能注释 基本功能注释 KEGG Swiss-protGO COG NR 致病性分析 分泌蛋白预测PHI ARDBVFDBCAZy 参考基因组 比较基因组学 共线性分析 共有特有基因分析 基因家族分析 重测序变异分析 SNP检测及注释 InDel检测及注释 SV检测及注释 个性化分析 个性化分析1 个性化分析2 个性化分析3 进化分析 系统发育树 Ka/Ks分析 重测序 四、致病突变挖掘四、致病突变挖掘 信息分析-基因功能注释-专用数据库 在常用数据库之外，研究者们还建立了众多的专用数据库，用以 专门收集致病性、耐药性等基
3、因的注释。 植物致病菌碳水化合物酶数据库 动物致病细菌毒力因子数据库 耐药基因数据库 宿主互作数据库 致病菌株 基因组组成和功能 毒力因子 KEGG毒力相关通路 分泌蛋白 VFDB或CAZy数据库 宿主互作 PHI数据库 免疫机制 CRISPR 获得机制 基因岛 前噬菌体 重复序列 耐药机制 ARDB数据库 粘附素 菌毛外毒素 内毒素鞭毛 荚膜 蛋白水解酶 毒力岛 耐药岛 主动流出系统 灭活酶 阶段一：菌株基因组信息的深入挖掘 细菌/真菌基因组测序研究思路 阶段二：比较基因组学 M株致病（耐药）株+M株非致病（非耐药）株 染色体层面：染色体层面：共线性分析 基因层面：基因层面：基因家族分析，Core-Pan基因分析 点突变层面：点突变层面：SNP，InDel 致病菌株 非致病菌株 基因组序列 转录组信息 数 据 库 注 释 信 息 共线性分析 基因家族分析 Core-Pan基因分析 差异片段 差异基因富集分析 扩张收缩基因家族 基因表达差异富集分析 SNP&InDel突变分析 毒力相关分析 耐药相关分析 宿主互作相关分析 相关通路 深度挖掘 细菌/真菌基因组测序研究思路
