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1、1 产水菌门(Aquificae) 1.1 产水菌纲(Aquificae) 2 热袍菌门(Thermotogae) 2.1 热袍菌纲(Thermotogae) 3 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria) 3.1 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria) 4 恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 4.1 恐球菌纲(Deinococci) 5 产金菌门(Chrysiogenetes) 5.1 产金菌纲(Chrysiogenetes) 6 绿弯菌门(Chloroflexi) 6.1 绿弯菌纲(Chloroflexi) 6.2 厌氧绳菌纲(A
2、naerolineae) 7 热微菌门(Thermomicrobia) 7.1 热微菌纲(Thermomicrobia) 8 硝化螺旋菌门(Nitrospira) 8.1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira) 9 脱铁杆菌门(Deferribacteres) 9.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 10 蓝藻门(Cyanobacteria) 10.1 蓝藻纲(Cyanobacteria) 11 绿菌门(Chlorobi) 11.1 绿菌纲(Chlorobia) 12 变形菌门(Proteobacteria) 12.1 -变形菌纲(Alphaproteobacteria) 12.2
3、 -变形菌纲(Betaproteobacteria) 12.3 -变形菌纲(Gammaproteobacteria) 12.4 -变形菌纲(Deltaproteobacteria) 12.5 -变形菌纲(Epsilonproteobacteria) 13 厚壁菌门(Firmicutes)（低G+C革兰氏阳性菌） 13.1 梭菌纲(Clostridia) 13.2 柔膜菌纲(Mollicutes) 13.3 芽孢杆菌纲(Bacilli) 14 放线菌门(Actinobacteria)（高G+C革兰氏阳性菌） 14.1 放线菌纲(Actinobacteria) 15 浮霉菌门(Planctomyc
4、etes) 15.1 浮霉菌纲(Planctomycetacia) 16 衣原体门(Chlamydiae) 16.1 衣原体纲(Chlamydiae) 17 螺旋体门(Spirochaetes) 17.1 螺旋体纲(Spirochaetes) 18 纤维杆菌门(Fibrobacteres) 18.1 纤维杆菌纲(Fibrobacteres) 19 酸杆菌门(Acidobacteria) 19.1 酸杆菌纲(Acidobacteria) 20 拟杆菌门(Bacteroidetes) 20.1 拟杆菌纲(Bacteroidetes) 20.2 黄杆菌纲(Flavobacteria) 20.3 鞘脂
5、杆菌纲(Sphingobacteria) 21 梭杆菌门(Fusobacteria) 21.1 梭杆菌纲(Fusobacteria) 22 疣微菌门(Verrucomicrobia) 22.1 疣微菌纲(Verrucomicrobiae) 23 网团菌门(Dictyoglomi) 23.1 网团菌纲(Dictyoglomi) 24 芽单胞菌门(Gemmatimonadetes) 24.1 芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes) 产水菌门(Aquificae) 产水菌纲(Aquificae) 产水菌目(Aquificales) 产水菌科(Aquificaceae) 产水菌属(Aquife
6、x) (Calderobacterium) (Hydrogenobaculum) (Hydrogenobacter) (Hydrogenothermus) (Persephonella) (Sulfurihydrogenibium) (Thermocrinis) 科未定 (Balnearium) (Desulfurobacterium) (Thermovibrio) 热袍菌门(Thermotogae) 热袍菌纲(Thermotogae) 热袍菌目(Thermotogales) 热袍菌科(Thermotogaceae) 热袍菌属(Thermotoga) (Fervidobacterium) (G
7、eotoga) (Marinitoga) (Petrotoga) (Thermosipho) 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria) 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria) 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales) 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae) 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium) (Thermodesulfatator) 恐球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus) 恐球菌纲(Deinococci) 恐球菌目(Deinococcales) 恐球菌科(De
8、inococcaceae) 恐球菌属(Deinococcus) （注：依据希腊语 / deinos，与“恐龙”的dino-同源） 栖热菌目(Thermales) 栖热菌科(Thermaceae) 栖热菌属(Thermus) 海栖热菌属(Marinithermus) 亚栖热菌属(Meiothermus) 海洋栖热菌属(Oceanithermus) 火山栖热菌属(Vulcanithermus) 产金菌门(Chrysiogenetes) 产金菌纲(Chrysiogenetes) 产金菌目(Chrysiogenales) 产金菌科(Chrysiogenaceae) 产金菌属(Chrysiogenes)
9、 绿弯菌门(Chloroflexi) 绿弯菌纲(Chloroflexi) 绿弯菌目(Chloroflexales) 绿弯菌科(Chloroflexaceae) 绿弯菌属(Chloroflexus) 绿线菌属(Chloronema) 太阳发菌属(Heliothrix) 玫瑰弯菌属(Roseiflexus) 颤绿菌科(Oscillochloridaceae) 颤绿菌属(Oscilochloris) 爬管菌目(Herpetosiphonales) 爬管菌科(Herpetosiphonaceae) 爬管菌属(Herpetosiphon) 厌氧绳菌纲(Anaerolineae) 厌氧绳菌目(Anaero
10、lineales) 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae) 厌氧绳菌属(Anaerolinea) 暖绳菌属(Caldilinea) 热微菌门(Thermomicrobia) 热微菌纲(Thermomicrobia) 热微菌目(Thermomicrobiales) 热微菌科(Thermomicrobiaceae) 热微菌属(Thermomicrobium) 硝化螺旋菌门(Nitrospira) 硝化螺旋菌纲(Nitrospira) 硝化螺旋菌目(Nitrospirales) 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae) 硝化螺旋菌属(Nitrospira) 钩端螺菌属(Leptospiri
11、llum) 磁杆菌属(Magnetobacterium) 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio) 脱铁杆菌门(Deferribacteres) 脱铁杆菌纲(Deferribacteres) 脱铁杆菌目(Deferribacterales) 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae) 脱铁杆菌属(Deferribacter) (Denitrovibrio) (Flexistipes) (Geovibrio) 科未定 (Synergistes) (Caldithrix) 蓝藻门(Cyanobacteria) 蓝藻纲(Cyanobacteria) 注：本文采用的Bergeys
12、手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均为形态分类，其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称为习习用法，科不列名称；属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一为系统发育分类系统。 此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避
13、免与其余细菌重名。 色球藻目(Chroococcales) 第一科 管孢藻属(Chamaesiphon) 色球藻属(Chroococcus) (Cyanobacterium) (Cyanobium) (Cyanothece) 蓝纤维藻属(Dactylococcopsis) (Gloeobacter) 黏球藻属(Gloeocapsa) 黏杆藻属(Gloeothece) 微囊藻属(Microcystis) 原绿球藻属(Prochlorococcus) 原绿藻属(Prochloron) 聚球藻属(Synechococcus) 集胞藻属(Synechocystis) 宽球藻目(Pleurocapsal
14、es) 第一科 (Cyanocystis) (Dermocarpella) (Stanieria) 异球藻属(Xenococcus) 第二科 拟色球藻属(Chroococcidiopsis) 黏囊藻属(Myxosarcina) 宽球藻属(Pleurocapsa) 颤藻目(Oscillatoriales) 第一科 节螺藻属(Arthrospira) （包含商业化螺旋藻） (Borzia) (Crinalium) (Geitlerinema) 盐螺旋藻属(Halospirulina) (Leptolyngbya) (Limnothrix) 鞘丝藻属(Lyngbya) 微鞘藻属(Microcoleus) 颤藻属(Oscillatoria) (Planktothrix) 原绿发藻属(Prochlorothrix) (Pseudanabaena) 螺旋藻属(Spirulina) (Starria) 束藻属(Symploca) 束毛藻属(Trichodesmium) (Tychonema) 念珠藻目(Nostocales) 第一科 鱼腥藻属(Anabaena) 项圈藻属(Anabaenopsis) 束丝藻属(Aphanizomenon) (Cyanospira) (Cylindrospermopsis) 筒孢藻属(Cylindrosper
