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1、 FASTQ文件，每条reads记录有四行: HWI-EAS255_4_FC2010Y_1_43_110_790 TTAATCTACAGAATAGATAGCTAGCATATATTT + IIIIIIIIIIIIIIIIAIIIIIIIII&;II=-=9;= XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:37 19:20389:F:275+18M2D19M 99 1 17644 0 37M = 17919 314 TATGACTGCTAATAATACCTACACATGTTAGAACCAT :9 XT:A
2、:R NM:i:2 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:5 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:3 基因组重测序reads回帖结果文件解读 （SAM/BAM 格式） Flag 解释地址：http:/broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html 基因组重测序reads回帖结果文件解读（SAM/BAM 格式） 第二列的Flag是什么意思？ 基因组重测序reads回帖结果文件解读（SAM/BAM 格式） 第六列的CIGAR string 是什么意思？ 基因组变异鉴定路线 (M. R. S.,et al.,natu
3、re,2009) Germline variant：与生俱来的与 参考基因组不同的基因组位点； Somatic variant：后天环境中新产 生的基因组变异位点； Reference site Germline site Somatic mutation site LOH site Unknown site Hg19_genomeNormalTumor Normal等于Tumor Normal不等于Tumor 几种类型的位点解释示意图 概念：Allele frequency，变异位点等位基因频率 1.根据bam文件生成pileup文件； $ samtools mpileup -q 1 -f
4、hg19_gemome normal_bam normal_pileup $ samtools mpileup -q 1 -f hg19_genome tumor_bam tumor_pileup 2. 根据normal和tumor的pileup文件，鉴定somatic mutation； $ java -Xmx8g -jar VarScan.jar somatic normal.pileup tumor.pileup - output-snp somatic.snp.output -output-indel Somatic.indel.output 3. 对somatic mutation结
5、果进行分类： $java -jarVarScan.jar processSomatic somatic.snp.output This will produce 4 output files: output.snp.Somatic.hc (high-confidence Somatic mutations) output.snp.Somatic.lc (low-confidence Somatic mutations) output.snp.Germline (sites called Germline) output.snp.LOH (sites called loss-of-heteroz
6、ygosity, or LOH) 肿瘤组织中Somatic mutation 鉴定主程序 Pileup 文件格式解读 变异结果文件格式解读 $ samtools mpileup -q 1 -DSuf hg19_gemome $normal_bam $tumor_bam |bcftools view -bcvgT pair - Somatic.bcf $ bcftools view somatic.bcf |vcfutils.pl varFilter -D100 Somatic.vcf Pindel: a pattern growth approach to detect break point
7、s of large deletions and medium sized insertions from paired-end short reads Samtools 方法鉴定方法鉴定somatic varients 其他鉴定体细胞变异方法举例：其他鉴定体细胞变异方法举例： VCF结果文件格式解读 http:/sift.jcvi.org/www/SIFT_chr_coords_submit.html 体细胞变异结果的注释 体细胞变异结果的注释 体细胞变异结果的注释 体细胞变异结果的注释 谢谢！ 测序中国“橙色星期三”“橙色星期三”第一期，2014平安夜正式上线！ 什么是“橙色星期三”？什么是“橙色星期三”？ 2014.12.24起，每每周三晚8:00到9:00，针对指定主题，会员们可将任意问 题发布到测序中国论坛区。届时会有各路高手前来集中扫光所有问题！ 微信测序讨论群
