单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,单击此处编辑母版标题样式,单击此处编辑母版文本样式,第二级,第三级,第四级,第五级,*,基因启动子序列的查找,一、基因序列查找,NCBI,选择“,Gene,”,输入基因的名字(,eg.p53,),-Search,基因序列查找,选择特定物种的,p53,基因,eg.TP53(human),基因序列查找,获得,TP53,基因的详细信息:基因名称、全称、别名、类型等下拉获得更多详细信息,基因序列查找,基因组结构:不同版本中,此基因在染色体中的位置、转录方向等基因序列查找,基因组区域,转录,产出:,p53,基因在不同转录本中的信息,点击,GenBank,GenBank:,获得基因详细信息:位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等基因序列查找,FASTA:,获得基因的全部序列(包括非转录区序列)启动子序列的查找,1,、在,NCBI,中查找所需的基因(以,p53,为例),查找,P53,的基因序列;,启动子序列的查找,1,、在,NCBI,中查找所需的基因(以,p53,为例),选择特定物种的,P53,基因,例如,human.,启动子序列的查找,1,、在,NCBI,中查找所需的基因(以,p53,为例),获得,human p53,基因的详细信息,启动子序列的查找,2,、确定此基因在染色体上的位置和转录方向(正向,/,反向);,在染色体上的位置:Chromosome 17-NC_000017.11,转录方向:从右向左,反向转录,说明启动子区与第一外显子区位于此段基因的右侧。
启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度;,获得,FASTA,格式的序列信息,右侧为此段基因的长度:,7668402-7687550bp.,启动子区位于基因,5,端,2000bp,,即,7687550-7689550bp,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度;,查找第一外显子的位置:在,p53,基因的详细信息页面中查找,mRNA,的详细信息,确定其在基因序列中的位置启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度;,进入,P53,基因,mRNA,的详细信息界面,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度;,进入,P53,基因,mRNA,的详细信息界面,找到,exon,(第一外显子)的位置:,1-174bp,启动子序列的查找,3,、确定启动子区与第一外显子区的长度;,进入,P53,基因,FASTA,信息的界面,确定第一外显子的长度:,第一外显子位于基因,5,端,1-174bp,的位置,由于基因为从右向左反向转录,第一外显子位于启动子(,7687550-7689550bp,)的左侧,174bp,:,7687376-7687550bp,;,第一外显子,+,启动子:,7687376-7689550bp,启动子序列的查找,4,、下载启动子区与第一外显子区的序列;,数据保存为,FASTA,格式,启动子序列的查找,4,、下载启动子区与第一外显子区的序列;,数据保存为,FASTA,格式,用,word,打开。
启动子序列的查找,4,、下载启动子区与第一外显子区的序列;,去除序列中的段落标记:,Word-,查找替换,-,特殊格式,-,段落标记,-,全部替换,THE END!,。