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1、Gaoyanimagej的使用(分析荧光图片)ImageJFeaturesn nRuns Everywhere:Runs Everywhere: n nImageJiswritteninJava,whichallowsittorunonLinux,MacOSXandImageJiswritteninJava,whichallowsittorunonLinux,MacOSXandWindows,inboth32-bitand64-bitmodes.Windows,inboth32-bitand64-bitmodes.n nOpen Source:Open Source: n nImageJand
2、itsImageJanditsJavasourcecodeJavasourcecodearefreelyavailableandinthearefreelyavailableandinthepublicdomainpublicdomain. .Nolicenseisrequired.Nolicenseisrequired.n nPlugins:Plugins: n nExtendImageJbydevelopingpluginsusingImageJsbuiltintexteditorandExtendImageJbydevelopingpluginsusingImageJsbuiltinte
3、xteditorandJavacompiler.Morethan500pluginsJavacompiler.Morethan500pluginsareavailableareavailable. .n nAnalysis:Analysis: n nMeasurearea,mean,standarddeviation,minandmaxofselectionorentireMeasurearea,mean,standarddeviation,minandmaxofselectionorentireimage.Measurelengthsandangles.Userealworldmeasure
4、mentunitssuchasimage.Measurelengthsandangles.Userealworldmeasurementunitssuchasmillimeters.Calibrateusingdensitystandards.Generatehistogramsandpro.millimeters.Calibrateusingdensitystandards.Generatehistogramsandpro.imagej的使用(分析荧光图片)Installationn nLinuxn nMacOSXn nMacOS9n nWindowsimagej的使用(分析荧光图片)Win
5、dowshttp:/Download ImageJ 1.44 bundled with 32-bit Java 1.6.0_20 (28MB), with 64-bit Java 1.6.0_20 (24MB; requires 64-bit Windows) or without Java (3MB). imagej的使用(分析荧光图片)OpenReads an image and displays it in a separate window. Files must be in TIFF, GIF, JPEG, DICOM, BMP, PGM or FITS format. Also o
6、pens ImageJ and NIH Image lookup tables (with .lut extension). Additional are supported via plugins installed in the Import submenu. imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)Subtract backgroundimagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析
7、荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)Merge channelimagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)Scalebarn nScalebarsshouldbepresentonallpublication/presentationimages/movies.Itsworthputtingtheminsoonerratherthanlater.Chooseas
8、tandardscalebarsizeforallyourimagesifpossibletoavoidconfusion.imagej的使用(分析荧光图片)n nIfyouknowthesizeofafeature(previouslyappliedscalebarforinstance)youcanusethiscommandtoapplyacalibration.n nUsingthelineselectiontool,drawalingalongthelengthofthefeature/scalebar.n nRunthemenucommand“Plugins/Spatial cal
9、ibration/Set scale”1.n nEnterthedimensionsoftheobject/scalebarinthe“known distance”boxandsettheunitsintheUnit of lengthbox.n nDonotcheckGlobal unlessyouwishallyourimagestohavethiscalibration!ClickOK.n nimagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧
10、光图片)Analyze Particles and count celln nThiscommandcountsandmeasuresobjectsinbinaryorthresholdedimages.Itworksbyscanningtheimageorselectionuntilitfindstheedgeofanobject.Itthenoutlinestheobjectusingthewandtool,measuresitusingtheMeasurecommand,fillsittomakeitinvisible,thenresumesscanninguntilitreachest
11、heendoftheimageorselection.Presstheesckeytoabortthisprocess.UseImageAdjustThresholdtothresholdanimage.imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)Selection and cropimagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)imagej的使用(分析荧光图片)Thankyou!2011-4-192011-4-19imagej的使用(分析荧光图片)
