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1、GW-analysis: an introductionYong-Xiang LinGW 基本流程基本流程1. 获得相同基因家族的序列2. 获得保守domain3. 建库并使用已获得的保守domain进行同源 性搜索4. 根据搜索结果提取相应序列5. 使用pfam和smart进行验证并剔除不保守序 列6. 剔除重复序列7. 相似性比对构建进化树OsIBCD003925 MMGSGMPHMYFASSSHGTGAHYQSPGGAPITMAVPDMGFLVAGIGMAPSSFVMPEGALAASYSAMATVPVGVVVPQQQSSRFGGNNGNPGSFKGAWTRQEDEVLKQMVILHGDR
2、KWATIAKSLPGRIGKQCRERWTNHLRPDIKKDVWTEEDDRMLIEAHKTYGNRWSVIARCLPGRSENAVKNHWNATKRSLKSKRRMKKKSVQVVNSPPGQLSPLEEYIRSQYPSAVETTPLPPAVPAPPSDVIVHGAGSVSAGPTVATQEPTGTNPSEMGIYLGLGNPAGPTTQQLAAMNLNMSLAPDLNAYNDQREGYYLPFVPQGNLHYGMHVPAPPVQQQQQQGISVDQGLHSSCLSLYHPFPGTHPVSLDFGCQSSNHANAGGYYSEAGPSSGSGSGDPDDVD VIQMASRQFLMPS
3、EAEVTLDLTRFK 如何获得相同基因家族的序列？1.查文献，例如找做水稻或拟南芥相同家族 2. 的文献，使用文献中列出的序列3.2. 查网站，例如某网站已列出水稻或拟南芥相应家族的序列，便可下载使用如何获得保守domain序列？查pfam（http:/pfam.sanger.ac.uk/）复制保守domain序列保守domain名称搜索结果如何构建数据库？dnatools 软件的应用 构建蛋白数据库构建核酸数据库粘贴pfam得到的保守domain序列，并且格式化格式化如何进行同源性比对搜索？参数设置获得比对结果1.保存比对结果3. 如果所有得到的基 因数目数目是80且都 有保守domai
4、n，则要 删除这80个基因重新 建库，再次搜索以穷尽 所有可能基因2. 抽提相应的基因 序列，进一步验证 是否含有保守domain如何根据得到的gene名获得相应的序列？UltraEdit 软件的使用使用UltraEdit 打开库文件使用搜索功能并复制基因名将得到的每个序列分别存入文本文档如何验证搜到的基因是否具有保守domain？1.Search pfam database （ http:/pfam.sanger.ac.uk/）2. Search smart database （http:/smart.embl-heidelberg.de/）如何将候选基因进行基因组定位？染色体染色体起始位置
5、起始位置结束位置结束位置定位作图软件MapInspect的使用文件格式染色体长度（Mb）基因在染色体上的位置（Mb）几号染色体如何剔除重复序列？ 重复序列定位在基因组中相同的位置，并且序列同源性很高 看这些基因的起始和结束位置可一样（相差一百bp以内），使用同源性比对软件（Mega、ClusterX等）对所有序列进行比对，保留较长的并且domain保守的序列，剔除较短的序列。如何构建进化树？Mega 4.0 软件的使用首先进行序列比对ClusterW 同源性比对NJ法构建进化树如果同源性差不能用Mega软件构建进化树怎么办？可尝试使用ClusterX软件进行同源比对构建进化树基本界面导入序列序列比对构建进化树用Mega打开树文件 *.phb
