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1、Linux简介与简介与vasp 初步初步2011.05.091目录目录Linux 简介简介Vasp 初步初步1. 概述概述 2. 单个原子的计算（单个原子的计算（H原子）原子） 3. 晶格常数的优化晶格常数的优化 4. 计算前的验证计算前的验证 5. 能带计算能带计算(单层石墨单层石墨graphen)2Linux使用简介使用简介登陆方式登陆方式1. Windows 登录方式登录方式远程登录主要有SecureShell(SSH)的登陆方式。在Windows系统下需要安装支持SSH的终端模拟器软件（如SecureCRT、Mindterm等)。32. Linux 登录方式登录方式 若采用若采用Lin
2、ux终端，也可以登录远程主机，登录方式如下；终端，也可以登录远程主机，登录方式如下；4用法：ls选项例：ls#查看当前目录内容lsa#查看所有的文件lsl#查看文件详细信息，如显示了文件创建的日期、它的大小、所有者、权限等等.ls*.exe #显示扩展名为exe的文件ls：查看目录内容：查看目录内容5mkdir 创建目录创建目录 （文件夹）（文件夹）用法：mkdir路径+目录名例：mkdirmydir#在当前路径下创建mydirmkdir/tmp/dir#在/tmp目录下创建dirmkdir 创建目录创建目录 （文件夹）（文件夹）用法：mkdir路径+目录名例：mkdirmydir#在当前路径
3、下创建mydirmkdir/tmp/dir#在/tmp目录下创建dir6cd： 改变所在目录改变所在目录使用方式:cddirName例：cd/home/test#进入/home/test目录cd.#回到上一级目录cd#回到你的登录目录cdtest#进入当前目录下的test目录pwd：显示你的当前路径：显示你的当前路径用法：pwd例：cd/share/apps/vasppwd/share/apps/vasp7vi 建文件文与本编辑器建文件文与本编辑器用法：vi文件名进入vi后命令：i光标前插入文件操作按Esc，打“：”出现命令提示：q退出wq存盘退出q！不保存退出 cat：显示文件内容：显示文件
4、内容用法：cat文件名8cp 复制文件复制文件用法：cp源文件目标文件例：cpfile1file2#当前目录下复制file1到file2cpfile1/tmp #复制当前目录下的file1到/tmp目录下 mv 移动文件移动文件用法：mv源文件目标文件例：mvfile1file2#当前目录下将file1移动到file2cpfile1/tmp #移动当前目录下的file1/tmp目录下9rm 删除文件删除文件用法：rm文件名例：rmfile1#删除当前路径下file1rmrftest#强制删除test目录ps aux #查看进程查看进程kill进程编号#结束进程 10Sh脚本的写法详细请参见11
5、12Linux压缩与减压13数据传输数据传输1.与与windows主机的数据传输主机的数据传输sz：下载linux数据到windows主机下，默认目录SecureCRTdownloadrz：上传windows文件到linux主机下，自己选择目录2.Linux系统之间的数据传输系统之间的数据传输在普通用户下$scpr.*:direction/./141. 概述概述软件主要功能：l采用周期性边界条件（或超原胞模型）处理原子、分子、团簇、纳米线（或管）、薄膜、晶体、准晶和无定性材料，以及表面体系和固体l计算材料的结构参数（键长、键角、晶格常数、原子位置等）和构型l计算材料的状态方程和力学性质（体弹性
6、模量和弹性常数）l计算材料的电子结构（能级、电荷密度分布、能带、电子态密度和ELF）l计算材料的光学性质l计算材料的磁学性质l计算材料的晶格动力学性质（声子谱等）l表面体系的模拟（重构、表面态和STM模拟）l从头分子动力学模拟l计算材料的激发态（GW准粒子修正）Vasp初步15本服务器信息本服务器信息wangruiphy-clusterbin$catvasp-p#!/bin/shsource/opt/intel/impi/4.0.0.027/bin64/mpivars.shwhichmpdbootmpdbootmpiexec-n1/share/apps/vasp/bin/vasp52_impi
7、4.0.0.027_mkl10.2.5.03516在同一个目录下准备好四个文件：INCARPOSCAR(POSITION+CAR)KPOINTSPOTCAR(类似于分子动力学中势场文件，但信息更多)172. 单个原子能量计算（单个原子能量计算（H原子）原子）氢原子的能量为-13.6eV在这一节中，我们用VASP计算H原子的能量INCAR文件SYSTEM=H#注释行ISTART=0#表示新的计算ICHARG=2#表示原子ENCUT=300#切断能ISPIN=2#考虑自旋POSCAR文件Htom#注释行15#晶格常数1.00.00.00.01.00.00.00.01.0#晶格基矢量1#原胞内的原子
8、Cart#笛卡尔坐标0.00.00.0#原子的初始坐标18KPOINTS文件Atuo#注释行0#0表示自动产生Monk#产生方法111#1*1*1,网络尺寸0.00.00.0#k点相对于原点平移POTCAR文件路径：/share/apps/vasp/bin/pot/Foratomsandmolecules,theBlochtheoremdoesnotapply,hencethereisnoneedtousemorethanonesinglek-point.Whenmorek-pointsareused,onlytheinteractionbetweentheatoms(whichshouldb
9、ezero)isdescribedmoreaccurately.19zcat/share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/POTCAR.ZPOTCAR20已经有四个文件已经有四个文件执行执行VASP 前台运行：$vasp-p后台运行：nohupvasp-pout2&1&(推荐使用)21查看输出22输出文件OUTCAR中包含所有信息catOUTCAR氢原子基态能量EG=-1.11423109-12.48858249=-13.6028233. 计算前的验证计算前的验证K-POINT验证24KPOINTS用脚本loop代替2526截断能的验证截断能的验证27IN
10、CAR 用脚本用脚本loop代替代替28294. 晶格常数的计算晶格常数的计算 （以（以Fe为例子）为例子）INCARSYSTEM=FeENCUT=450ISTART=0;ICHARG=2ISMEAR=-5NSW=0;IBRION=-1ISIF=2ISPIN=2EDIFF=1.0E-5;PREC=AccurateLWAVE=.FALSE.LCHARG=.FALES.KPOINTSatuo0Monk1313130.00.00.0POTCARzcat/share/apps/vasp/bin/pot/paw/potpaw_PBE/H/POTCAR.ZPOTCAR30POSCAR 用这样一个循环脚本代
11、替用这样一个循环脚本代替chmod +x loop31nohup./loopout2&1&32a=Experimentalvalue:2.86A335.能带计算（单层石墨）能带计算（单层石墨）1).自洽计算产生正确的基态电子密度自洽计算产生正确的基态电子密度 INCAR文件SYSTEM=CPREC=accurat#medium,highlowISTART=0#job:0-new1-cont2-samecutICHARG=2#charge:1-10-constEDIFF=0.1E-03#stopping-criterionforELMNSW=0#numberofstepsforIOMIBRION
12、=2#ionicrelax:0-MD1-quasi-New2-CGISIF=2#stressandrelaxationKPOINTS文件:Auto0MonkhorstPack55500034POSCAR文件C2.45944#晶格常数1.0000.0000.0000.5000.8660.0000.0000.00015.000#层间距取得大2#表示复式格子Cartesian0.0000000.0000000.0000000.5000000.2886670.000000#第二个原子位置POTCAR文件zcat/share/apps/vasp/bin/pot/potpaw-gga/C/POTCAR.Z
13、POTCAR运行qsub/home/shfwang/queue.pbs2).在固定电子密度的情况下，得到选取在固定电子密度的情况下，得到选取K点的能量本征值。点的能量本征值。35修改INCARINCAR文件SYSTEM=CPREC=accuratISTART=0ICHARG=11EDIFF=0.1E-03NSW=0IBRION=2ISIF=2ICHARG = 11 #表示表示从从CHGCAR中读入电荷分布，中读入电荷分布，并且在计算中保持不变并且在计算中保持不变 k-pointsalonghighsymmetrylines40#K点的个数Line-mode#产生方法cart0.00.00.0#1.0000000.00.0表示沿kx方向产生40个K点运行程序36查看能带catEEIGENVAL37TightbindingByvasp38谢谢大家！39
