1Life Technologies™ Proprietary |3500/xl遗传测序仪介绍遗传测序仪介绍肖怀东 Field Application ScientistTel: 400 820 8982 / 800 820 8982E-mail: CNAPMsupport@ 2Life Technologies™ Proprietary |AB遗传遗传分析分析仪发展历史仪发展历史370 373 3773100(A) , 3130（（xl））3103730(xl)平板胶电泳平板胶电泳毛细管电泳毛细管电泳3500 , 3500（（xl）） 3Life Technologies™ Proprietary |1986年 370型全世界第一台基因分析仪1991年 373型基因分析仪1995年 377 型基因分析仪，光栅+CCD1996年 310型毛细管基因分析仪,全世界第一台毛细管分析仪1997年 377-96基因分析仪1998年 3700型96道毛细管基因分析仪 2000年 3100 16道毛细管基因分析仪2002年 3100 Avant 4道毛细管基因分析仪2002年 3730 48道毛细管基因分析仪 3730xl 96道毛细管基因分析仪2004年 3130 4道毛细管基因分析仪 3130xl 16道毛细管基因分析仪2007年10月 新一代超高通量序列分析仪SOLID2009年 3500系列毛细管基因分析仪2010年 第三代测序仪Ion Torrent 4Life Technologies™ Proprietary |主要内容§测序仪工作原理§仪器的结构及DC软件应用 5Life Technologies™ Proprietary |测序仪工作原理测序仪工作原理 6Life Technologies™ Proprietary |●电进样●DNA在碱性环境下带负电荷●带负电荷的DNA在强电场作用下进入毛细管15 kv仪器工作原理仪器工作原理——电进样电进样TRIVIA:电进样意味着什么电进样意味着什么?只有带电分子能够进入毛细管. 7Life Technologies™ Proprietary |+仪器工作原理-通过毛细管电泳分离DNA片段H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+负极负极正极正极TRIVIA: 什么样的片段泳动的更快? -仪器能够区分带电的DNA和其他带电分子吗?小片段小片段不不 8Life Technologies™ Proprietary |仪器工作原理仪器工作原理 -荧光标记的荧光标记的DNA片段在检测窗口被检测片段在检测窗口被检测双向激发 9Life Technologies™ Proprietary |仪器工作原理仪器工作原理 -激发出的荧光由于波长不同而被分离，并被CCD相机收集TRIVIA: 什么是什么是CCD?Charged Coupled Device电荷耦合器件§CCD 相机收集波长范围520nm到650nm（发射波长）§虚拟的光栅设置§氩离子激光，激发波长488nm，514nm. 10Life Technologies™ Proprietary |仪器工作原理仪器工作原理•荧光标记的DNA在电场中由负极向正极移动,依次通过激光检测区,小片段在前,大片段在后•激光束在检测窗口同时激发16/4根毛细管,荧光分子被激发,产生荧光信号•发射的荧光信号被CCD相机收集•软件将光学信号转化为电信号Laser Energy :CCDElectrophoresis+-dye 11Life Technologies™ Proprietary |毛细管空间定位毛细管空间定位(Spatial Calibration)uက က什么是空间定位？什么是空间定位？ –空间定位将标记出每道毛细管空间定位将标记出每道毛细管在在CCD上的对应位置，使信号上的对应位置，使信号收集软件收集软件(Data Collection)能够能够找到它们找到它们。
12Life Technologies™ Proprietary |什么时候要做空间定位什么时候要做空间定位?•毛细管安装完成后,包括重新安装用过的旧毛细管•移动或调节了毛细管检测窗口的位置•仪器移动后•作为仪器日常维护的一部分怎么做怎么做? ?•当仪器正常启动，毛细管已经安装在仪器上，仪器上的相应位置已经放置了胶、缓冲液和水；•进入Data Collection软件，•点击窗口左边的Spatial Run Scheduler进入空间定位页面；•在左下角Protocol中选择一种运行模式，有不灌胶和灌胶两种模式 毛细管空间定位毛细管空间定位(Spatial Calibration) 13Life Technologies™ Proprietary |指标:•峰高大致相同•峰型尖锐、左右对称•橙色十字在峰顶端•间距:13 - 16空间定位空间定位——结果评估结果评估 14Life Technologies™ Proprietary |Click to save the calibration data to the database空间定位空间定位——结果评估结果评估 15Life Technologies™ Proprietary |Click for any failed calibration空间定位空间定位——结果评估结果评估 16Life Technologies™ Proprietary |如果空间定位失败怎么办如果空间定位失败怎么办?•重复做一次空间定位•若无效，观察系统中有无气泡，去除气泡后再定位•若无效，重新安装毛细管的检测窗口，进行空间定位•若无效，取下毛细管，用枪吸取无水甲醇冲洗毛细管检测窗口上的凹槽，待甲醇晾干后将毛细管装回，进行空间定位空间定位空间定位——结果评估结果评估 17Life Technologies™ Proprietary |问题问题可能的原因可能的原因改进措施改进措施杂信号杂信号检测窗口脏检测窗口脏毛细管位置不恰当毛细管位置不恰当清洁检测窗口清洁检测窗口重装毛细管重装毛细管间距不好间距不好检测窗口脏检测窗口脏清洁检测窗口清洁检测窗口没有峰图没有峰图毛细管里没有胶毛细管里没有胶灌胶灌胶肩膀峰肩膀峰检测窗口脏检测窗口脏清洁检测窗口清洁检测窗口空间定位空间定位——故障排除故障排除 18Life Technologies™ Proprietary |•让机器认识纯荧光。
•每个染料都有自己的最大发射波长，但是不同染料之间有相互重叠的部分，重叠的部分通过光谱校正来识别光谱校准光谱校准————目的目的 19Life Technologies™ Proprietary |光谱重叠结果:光谱校正后光谱校准光谱校准————目的目的 20Life Technologies™ Proprietary |多重颜色检测光谱校准光谱校准————目的目的 21Life Technologies™ Proprietary |什么时候做?•使用新的染料组合 •调整过仪器的光路系统•不同颜色的荧光间出现干扰(有拔起或下压峰) •参数改变(如毛细管长度改变)•作为每年一次的日常维护怎么做?•按照试剂盒说明书配制Matrix,对于8道或者24道的仪器,分别加第一个run的孔,每个孔加10µl配置好的混合物.•在Data Collection窗口中操作光谱校准光谱校准 22Life Technologies™ Proprietary |概要概要§仪器结构§仪器耗材§仪器开机§样品检测流程及DC软件介绍§仪器关机 23Life Technologies™ Proprietary |电源开关自动进样器按纽内部照明灯开关状态灯仪器结构仪器结构——外观外观网络插口断路开关电源插头 24Life Technologies™ Proprietary |§宽度：61cm§深度：61cm§高度：72cm§重量：82kg 3500/3500xl基因分析基因分析仪3130/3130xl基因分析基因分析仪•宽度：74cm•深度：54.8cm•高度：81cm•重量：130kg 总体体积3500是是3130系列的系列的82% （减少了（减少了18%） ） 总重量重量3500是是3130系列的系列的63% （减少了（减少了37%） ）仪器结构仪器结构 26Life Technologies™ Proprietary |胶块区胶块区 (Gel block region） ）检测区检测区 (Detection region） ）自自动进样区区(Autosampler region） ） 27Life Technologies™ Proprietary |胶块区胶块区 (Gel block region） ）胶袋胶袋 28Life Technologies™ Proprietary |胶袋胶袋 毛细管阵列毛细管阵列炉子炉子Oven检测窗口检测窗口电极电极electrodeselectrodes自动进样器自动进样器Autosampler阳极阳极bufferABCbufferABC阴极阴极buffer CBCbuffer CBC样品托盘样品托盘Sample tray风扇风扇Fan 29Life Technologies™ Proprietary |CBC – 阴极缓冲液槽阴极缓冲液槽ABC – 阳极缓冲液槽阳极缓冲液槽POP胶袋胶袋毛细管阵列毛细管阵列仪器耗材仪器耗材 30Life Technologies™ Proprietary |易于安装的毛细管结构易于安装的锁定装置易于存储过期日期•内壁无涂层•50 µm 内径•160 runs仪器耗材仪器耗材————毛细管毛细管 31Life Technologies™ Proprietary |仪器耗材仪器耗材————毛细管毛细管 32Life Technologies™ Proprietary |仪器耗材仪器耗材————胶胶Additional “free” volume to enable installation, wizards and proper pouch functionality (and may be left over at the end)Standard volumeFor running 960 or 384 samplesProvides:- Ease of use- Quality- Predictable cost per sample 33Life Technologies™ Proprietary |§保存在冰箱冷藏室的中央§使用前，放置在室温下 >1 hour§在仪器上可放置1周§不同仪器之间的胶袋不要交换使用，§胶袋中的胶包括安装和安装后维护使用的部分，如排气泡.§过量的维护操作会影响到跑样品使用的数量仪器耗材仪器耗材————胶的保存胶的保存 34Life Technologies™ Proprietary |Pull Lever DownPull Lever Up仪器耗材仪器耗材————胶的安装胶的安装 35Life Technologies™ Proprietary |仪器耗材仪器耗材————缓冲液缓冲液 36Life Technologies™ Proprietary |On instrument:Two unique SeptasBufferWashWaste• 一体化缓冲杯• 迷宫般设计分离洗涤池和废液池• 确保缓冲液达到Fill line • 两种独立的胶垫Septa (available in CBC septa kit)，注意胶垫安装 • 注意缓冲液放置的位置• 在仪器上放置有效期7天• 存储在冰箱冷藏，使用前恢复室温仪器耗材仪器耗材————阴极缓冲液阴极缓冲液 37Life Technologies™ Proprietary |•预装好的1 x running buffer•1个包装4个•易于安装•放置在仪器上的有效使用期限为7天•安装前确保溢杯中的缓冲液都流到主腔中•确保主腔中的缓冲液达到Fill line •存储在冰箱冷藏，使用前使之恢复室温Removable sealOverflow chamber仪器耗材仪器耗材————阳极缓冲液阳极缓冲液 38Life Technologies™ Proprietary |§用途−填充胶泵−换胶时冲洗胶泵使用−仪器长期关机时使用§可供一次使用，足量仪器耗材仪器耗材————Conditioning ReagentConditioning Reagent 39Life Technologies™ Proprietary |耗材在仪器上的放置有效期耗材在仪器上的放置有效期On-instrumentRFID tracked limitsConsumableShelf life (new) Life Sample UsageHard stop (cannot exceed)Warning(optionto proceed)POP™ Polymers - 960 sample sizeExpiry dateon label7 daysLower of 960 samplesOr 50 injections (24 cap)Or 120 injections (8 cap)Shelf life expiry,（DC2.0解除）Samples, injections7 day limit- 384 sample sizeExpiry date on label7 daysLower of 384 samplesOr 20 injections(24 cap)Or 60 injections (8 cap)Shelf life expiry（DC2.0解除）, Samples, injections7 day limitArraysExpiry dateon labelNA160 injections warrantyNoneShelf life expiry,160 injectionslimitBuffers (CBC &ABC)Expiry dateon label7 days50 injections (24 cap) or120 injections (8 cap)Shelf life, （DC2.0解除） On-instrumentNoneConditioning ReagentExpiry dateon label24 hoursSingle useShelf life expiry（DC2.0解除）24 hr limit 40Life Technologies™ Proprietary |仪器开机仪器开机§打开电脑，至打开电脑，至Ctrl+Alt+DelCtrl+Alt+Del界面界面§开启仪器，等待绿灯长亮开启仪器，等待绿灯长亮§Ctrl+Alt+DelCtrl+Alt+Del，点击，点击AdministratorAdministrator，输入密码，输入密码AdministratorAdministrator§电脑自动开启电脑自动开启DaemonDaemon（（DC2.0DC2.0隐藏）和隐藏）和Server MonitorServer Monitor打打开电脑开电脑§打开收集软件（打开收集软件（ Data Collection ）） 41Life Technologies™ Proprietary |快捷操作键快捷操作键耗材仪表盘耗材仪表盘————耗材量和有效期耗材量和有效期耗材详细信息耗材详细信息仪器运行状态及预热键仪器运行状态及预热键维护提示维护提示仪器开机仪器开机 42Life Technologies™ Proprietary |样品检测流程样品检测流程§实验前准备：检查耗材和仪器§设置/导入板子−命名板子−编板，完成信息选填§配制上样试剂和样品§链接样品盘§运行过程中的质控−Preview run−Monitor run−Review results 43Life Technologies™ Proprietary |样品检测流程样品检测流程————实验前准备实验前准备1. 准备仪器 ——耗材有没有过期 ——足够的buffer（在fill line上）2. 预热炉温 3. 查看仪器状态 ——胶泵及通路中有没有气泡 ——有无胶泄漏和析出的残胶 44Life Technologies™ Proprietary |样品检测流程样品检测流程————创建电泳板创建电泳板 45Life Technologies™ Proprietary |Plate Properties界面中给板命名 46Life Technologies™ Proprietary |Plate Contents界面中完成板内信息 47Life Technologies™ Proprietary |样品检测流程样品检测流程————链接样品盘链接样品盘 48Life Technologies™ Proprietary |样品检测流程样品检测流程————核查和编辑进样顺序表核查和编辑进样顺序表 49Life Technologies™ Proprietary |Injection DetailsSample DetailsRaw Data Display样品检测流程样品检测流程————实时监测实时监测 50Life Technologies™ Proprietary |结果可能有问题哦结果可能有问题哦样品检测流程样品检测流程————实时监测实时监测 51Life Technologies™ Proprietary |样品检测流程样品检测流程————查看电泳结果查看电泳结果View Fragement/HID ResultsView Fragement/HID Results 52Life Technologies™ Proprietary |仪器校准仪器校准————在哪里找在哪里找 53Life Technologies™ Proprietary |空间定位Perform QC Checks . 仪器校准仪器校准————空间定位空间定位 54Life Technologies™ Proprietary |仪器校准仪器校准————空间定位结果空间定位结果 55Life Technologies™ Proprietary |步骤：步骤：•配制光谱校正标准品：置于加样板第一个配制光谱校正标准品：置于加样板第一个RunRun（非常重要！）（非常重要！）•上机检测标准品：填写几个电泳参数上机检测标准品：填写几个电泳参数•对结果接受对结果接受oror拒绝拒绝仪器校准仪器校准————光谱校准光谱校准 56Life Technologies™ Proprietary |仪器校准仪器校准————光谱校准光谱校准 57Life Technologies™ Proprietary |仪器校准仪器校准————光谱校准结果光谱校准结果 58Life Technologies™ Proprietary |仪器校准仪器校准————光谱校准结果光谱校准结果 59Life Technologies™ Proprietary |Datacollection SoftwareDatacollection Software参数设置参数设置 60Life Technologies™ Proprietary |参数设置参数设置————LibraryLibrary是什么？是什么？ 61Life Technologies™ Proprietary |§包括以下管理设置: −Plates −Assays −File Naming Convention−Results Group§不同的标志:− 出厂设置—不能编辑/不能删除− 模板− 锁定§可以基于出厂设置、模板和锁定的文件，点击 DuplicateDuplicate, 编辑复制版then edit the copy参数设置参数设置————LibraryLibrary是什么？是什么？ 62Life Technologies™ Proprietary |§预置了HID相关文件:−Instrument Protocols−Dye Sets−Size Standards−QC Protocols−HID Analysis Protocols§用户可以自己创建对应的分析文件参数设置参数设置————LibraryLibrary是什么？是什么？ 63Life Technologies™ Proprietary |Result group library• Results Group Name• Assay Name• Injection Number• IP Name (instrument protocol)• Logged-in User Name • PA Protocol Name (primary analysis)• Plate Name• Prefix• Start Instrument Run Date/time Stamp• Suffix如何创建如何创建Result Group 64Life Technologies™ Proprietary |举例 65Life Technologies™ Proprietary |Result Group Defaults – Example 2§The factory-provided PN_RGPN_RG results group creates a folder for all samples in a plate §If two plates are included in a run, a separate folder is created for each plate 66Life Technologies™ Proprietary |Results Group Hierarchy§The folders and files generated by the results group, file name convention, run name, and injections shown below are outlined in the hierarchical fashion as it is set up in Data Collection§The numbers in the figure relate the elements in the file name convention with the files created by a run that uses this file name convention 67Life Technologies™ Proprietary |仪器关机仪器关机§关闭收集软件（关闭收集软件（ Data Collection ））§在在DaemonDaemon窗口中窗口中Ctrl+CCtrl+C，输入，输入Y Y，回车；在下一行的命，回车；在下一行的命令窗口中输入令窗口中输入exitexit，回车，关闭，回车，关闭DaemonDaemon（（DC2.0DC2.0没有这一没有这一步）步）§点击点击Server MonitorServer Monitor右键，选择右键，选择exitexit退出退出§关闭仪器关闭仪器§关闭电脑关闭电脑 68Life Technologies™ Proprietary |上机练习上机练习§空间校准 目的：能找到，会操作，会评估§光谱校准 目的：能找到，会操作，会评估§建立results group，可以使用§新建plate，可进行整个流程§维护仪器： 安装毛细管，安装ABC和CBC，安装胶 69Life Technologies™ Proprietary |Thanks for your attention! 。