Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University计算材料学materials studio1 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University1.创建创建CH3F分子模型分子模型3.创建反应物和生成物分子模型创建反应物和生成物分子模型2.模型几何优化计算模型几何优化计算4.动画演示反应过程动画演示反应过程5.使用使用LST/QST计算分子的过渡状态计算分子的过渡状态6.振动分析振动分析2 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University1、创建创建CH3F分子模型分子模型（（1）创建新文件）创建新文件在菜单上选择File / New Project，新建文件，设置文件名为LSTQST后单击OK此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中3 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University单击工具栏中的 按钮，选择3D Atomistic 然后点击确定。
此时文件名称出现在左侧的Project Explorer 中，名称为3D Atomistic.xsd2）设置球棍模型为默认显示方式）设置球棍模型为默认显示方式 从菜单栏中选择 Modify / Default Atom Style ，打开 Default Atom Style 对话框在Display Style中中选择Ball and stick 点击 关闭对话框 这样在本project 中，默认显示方式被设置为 ball and stick4 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University（（3）绘制）绘制CH3F分子分子点击工具栏中的 ，选择C原子 ，并绘制单个C原子，然后点击 ，自动添加H原子，然后点击 ，并选中任意一个H原子，选择Modify / Modify Element / Periodic Table，选择F元素这样就把选中的H原子换成了F原子， CH3F分子绘制成功点击 ，得到合理的初始配置。
5 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University（（4）文件重命名）文件重命名选中Project Explorer 中的3D Atomistic.xsd，，在其上单击鼠标右键，选择Rename ，将名称改为methylfluoride，其文件名变为methylfluoride.xsd2、模型几何优化计算、模型几何优化计算点击工具栏中的 ，选择Calculation，在setup选项中，将Task由Energy设置为Geometry Optimization ，Quality由Medium设置为Coarse，Function保留系统默认值： LDA 和PWC，然后点击Run6 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University3、创建反应物和生成物分子模型、创建反应物和生成物分子模型 双击打开methylfluoride DMol3 GeomOpt文件夹中的methylfluoride.xsd，利用CTRL + A 和CTRL + C全选并复制所有原子。
然后右击文件名，选择New/3D Atomistic Document，创建新文件后， CTRL + V 复制所有原子到该文件，并重命名为SN2reactant.xsd 1）添加第二个）添加第二个F原子原子 点击 按钮，选择Periodic Table中的F原子，选中已有C原子，添加一个与已有C-F键位置相对的C-F键然后点击 ，选择Distance，选中C原子，左键拖拽新添加的F原子，调节C-F键的键长为3 Å7 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University（（2）删除新）删除新C-F键键 点击 按钮，按住Ctrl键，选中C-F键和标注的键长，然后按Delete键选择File / Save Project保存文件，然后选择Window / Close All，关闭所有Project Explorer窗口3）创建生成物）创建生成物 跟前面一样，创建新的文件，取名为SN2Product.xsd，然后复制SN2reactant.xsd的模型到该文件。
8 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University4、动画演示反应过程、动画演示反应过程 在菜单栏选择Window/Tile Horizontally，把两个分子模型放在同一窗口，旋转两个分子，使没有键结构的两个F原子一个在左边，一个在右边 9 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University（（1）反应物、生成物原子匹配）反应物、生成物原子匹配 在菜单栏选择Tools / Reaction Preview，打开Reaction Preview 对话框，分别选SN2reactant.xsd 和SN2product.xsd 作为反应物和生成物点击Match按钮，将反应物和生成物的六个原子的分别相匹配10 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University（（2）参数设置）参数设置 将Number of frames 设置为25，勾选Superimpose structures，点击Preview，预览后关闭窗口。
11 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University（（3）生成动画）生成动画 点击 按钮，选择Bounce，然后点击 按钮，播放动画，点击 ，动画停止播放 选择菜单栏的Build / Bonds ，打开对话框，在键和形式中勾选Monitor bonding然后关闭对话框12 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University5、使用、使用LST/QST计算分子的过渡状态计算分子的过渡状态 点击 ，选择Calculation，打开对话框，在Setup选项中，Task选TS Search，Functional为默认值，Charge值设为-1；在Electronic选项中，点击More，进入另一个对话框13 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University 在SCF选项中，勾选Use smearing；在Orbital Cutoff选项中，勾选Custom，设置Global orbital cutoff的值为5.0 Å。
然后点击Assign并关闭窗口14 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University 在计算对话框的Properties选项中勾选Frequency，点击Run，开始计算得到计算结果15 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University6、振动分析、振动分析 打开SN2reactant-SN2product DMol3 TS Search文件夹里的SN2reactant-SN2product.xsd 文件，在菜单栏选择Tools / Vibrational Analysis，打开对话框，点击Calculate，开始计算16 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University 选择频率为负数的一行，点击Animation，关闭窗口此时播放动画，按 ，停止然后保存文件，关闭所有Project Explorer窗口。
17 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University 打开SN2reactant-SN2product.xtd，然后打开DMol3 Calculation对话框，选择Task选项的TS Confirmation；点开More，打开DMo13 TS Confirmation对话框，选择Path quality选项的Coarse并关闭该窗口；在Properties选项中，取消选择Frequency，最后点击Run18 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University 打开SN2reactant-SN2product DMol3 TSConf文件夹中的SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd文件，保存并关闭所有窗口19 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong University打开SN2reactant-SN2product.xtd 和SN2reactant-SN2product TSConfirmation.xcd 选择则菜单栏的Window/Tile Vertically，把分子结构和计算结果放在同一窗口。
20 Xi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityXi’an Jiaotong UniversityThank you21 。