微生物鉴定PPT课件

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1、微生物的分类鉴微生物的分类鉴定定微生物的分类鉴定 目前所知道的微生物种类已超过目前所知道的微生物种类已超过10万种，而且这个数字正在急万种，而且这个数字正在急剧扩大。微生物工作者只有在掌握了分类学知识的基础上，才能剧扩大。微生物工作者只有在掌握了分类学知识的基础上，才能对纷繁的微生物类群有一个清晰的轮廓，并对它们进行分类。对纷繁的微生物类群有一个清晰的轮廓，并对它们进行分类。 微生物分类学是一门按微生物的亲缘关系把它们成条理清楚的微生物分类学是一门按微生物的亲缘关系把它们成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。它的具体任务有三，即各种分类单元或分类群的科学。它的具体任务有三，即分类分类、命命名

2、名和和鉴定鉴定。 分类：指的是根据相似性或亲缘关系，将一个有机体放在一单分类：指的是根据相似性或亲缘关系，将一个有机体放在一单元中。元中。 命名：是按照国际命名规则给有机体一个科学名称。命名：是按照国际命名规则给有机体一个科学名称。 鉴定：则是确定一个新的分离物是否属于已命名的分类单元的鉴定：则是确定一个新的分离物是否属于已命名的分类单元的过程。过程。第一节 通用分类单元一、种以上的系统分类单元一、种以上的系统分类单元 1、7级分类单元又称分类单位、分类、分类群。种以上的系统分级分类单元又称分类单位、分类、分类群。种以上的系统分类单元自上而下可依次分成类单元自上而下可依次分成7级：级： 界界

3、Kingdom（拉：（拉：Regnum） 门门Phylum（拉：（拉： Phylum ）或或Division (拉：拉： Divisio ） 纲纲Class （拉：（拉： Classis） 目目Order（拉：（拉：Ordo） 科科Family（拉：（拉： Familia ） 属属Genus（拉：（拉： Genus ） 种种Species（拉：（拉： Species ） 必要时可在两级之间添加补充若干辅助单元，包括加上必要时可在两级之间添加补充若干辅助单元，包括加上“亚亚” 、“超超”或添上或添上“族族”等。等。第一节 通用分类单元2 、种的概念、种的概念 微生物与高等生物不同，在高等生物中微

4、生物与高等生物不同，在高等生物中可用于定义种的几个主要性状，在微生物中是可用于定义种的几个主要性状，在微生物中是无法使用的。无法使用的。 微生物的微生物的种种 ：是一个基本分类单元，：是一个基本分类单元，它是一个大群表性特征高度相似、亲缘它是一个大群表性特征高度相似、亲缘关系及其接近、与同属关系及其接近、与同属 内的其他物种有内的其他物种有着明显差异的一大群菌株的总称。着明显差异的一大群菌株的总称。第一节 通用分类单元二、亚种以下的几个分类单元二、亚种以下的几个分类单元 亚种以下的几个分类单元很多，它们的提出和使用不受亚种以下的几个分类单元很多，它们的提出和使用不受“国际命名规则国际命名规则”

5、的限制。的限制。 1 、亚种（亚种（subspecies）：）：是进一步细分种时所用的单元，一是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明般指除某一明 显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种。模式种相同的种。 2 、变种（变种（variety）：）：是亚种的同义词，故在是亚种的同义词，故在国际细菌命国际细菌命名法规名法规中已不主张再用这一名词。中已不主张再用这一名词。第一节 通用分类单元 3 、型（型（form）：）：曾用作的同义词，现已废除，紧作若干变异型的曾用作的同义词，现已废除，紧作若干变异型的后缀，如后缀，如:生物变异型生物变异型、形态变异型形

6、态变异型、致病变异型致病变异型、噬菌变异型噬菌变异型和血清变异型等。和血清变异型等。 4、菌株（菌株（strain）：）：又称品系，它表示任何由一个独立的单细胞又称品系，它表示任何由一个独立的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。因此，（或单个病毒粒）繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代。因此，一种微生物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为菌种一种微生物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均可称为菌种的一个菌株。的一个菌株。 如：大肠埃及氏菌的两个菌株如：大肠埃及氏菌的两个菌株 Escherichia coli K12 (最常用的菌株；基因组已于最常用的菌株；基因组已于1

7、997年发表年发表) O-157:H7 (致病性，致病性，O与与H代表其抗原特征；基因组已于代表其抗原特征；基因组已于1997年发表年发表)第一节 通用分类单元三、种名三、种名 每一种微生物都有一个自己的专门名称，名称分每一种微生物都有一个自己的专门名称，名称分为两类：为两类： 1 、俗名、俗名 ：具有大众化和简明等优点，但往往涵义不够：具有大众化和简明等优点，但往往涵义不够确切易于重复，尤其不便于国际间的学术交流。如：确切易于重复，尤其不便于国际间的学术交流。如：“结核杆结核杆菌菌”是结核分歧杆菌的俗名。是结核分歧杆菌的俗名。 2 、学名：它是某一菌种的科学名称，是按、学名：它是某一菌种的科

8、学名称，是按“国际命名法国际命名法则则”进行命名并受国际学术界公认的正式名称。进行命名并受国际学术界公认的正式名称。 第一节 通用分单元学名的表示方法分学名的表示方法分双名法双名法与与三名法三名法两种。两种。1 、双名法双名法 指一个物种的学名由前面一个属名（指一个物种的学名由前面一个属名（generic name）和后）和后面一个种名加词（面一个种名加词（specific epithet）两部分组成。）两部分组成。 学名学名=属名属名（词首须大写，排斜体字）（词首须大写，排斜体字）+种名加词种名加词（字首须小写，（字首须小写，排斜排斜 体字）体字）+首次定名人首次定名人（排正体字，一般省略）

9、（排正体字，一般省略）+现名定名现名定名人人（排正体字，一般省略）（排正体字，一般省略） +现名定名年份现名定名年份（排正体字，一般（排正体字，一般省略）省略） 如：大肠杆菌如：大肠杆菌大肠埃及氏菌大肠埃及氏菌 Escherichia coli Escherichia (属名属名); coli (种名加词种名加词);省略了首次定名人省略了首次定名人、现现名定名人和现名定名年份。名定名人和现名定名年份。第一节 通用分单元2 、三名法三名法 学名学名=属名属名（排斜体字）（排斜体字）+种名加词种名加词（排斜体字）（排斜体字）+符号符号subsp或或var（排正体字，一般省略）（排正体字，一般省略）

10、 +亚种或变种的加词亚种或变种的加词（排斜体字（排斜体字,不可省略）不可省略） 如如:苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis (subsp) galleria Bacillus(属名属名); thuringiensis(种名加词种名加词); subsp(符号符号) ; galleria(亚种的加词亚种的加词) 第一节 通用分单元 3 、有关学名的其他知识、有关学名的其他知识 （1）属名：是一个表示该微生物主要特征的名词和用作名词的）属名：是一个表示该微生物主要特征的名词和用作名词的形容词，单数，第一个字母应大写，当前后又两个或更多的学名形容词

11、，单数，第一个字母应大写，当前后又两个或更多的学名连排在一起时，若它们的属名相同，则后面的一个或几个属名可连排在一起时，若它们的属名相同，则后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个或三个字母，在其后加一个点。缩写成一个、两个或三个字母，在其后加一个点。例如：例如： Bacillus可缩写成可缩写成“B”或或“Bac ” 。 （2）种的加名词：又称种加词，它代表一个物种的次要特征。）种的加名词：又称种加词，它代表一个物种的次要特征。 （3）字母的发音：按规定，学名均按拉丁字母发音规则发音）字母的发音：按规定，学名均按拉丁字母发音规则发音。第二节 微生物分类系统一、一、Bergey 氏原核生物分类系

12、统氏原核生物分类系统 该分类系统把原核生物分为古生菌和细菌界，它们相当于该分类系统把原核生物分为古生菌和细菌界，它们相当于三域学说中的两个域，古生菌界包括三域学说中的两个域，古生菌界包括2门、门、 5组、组、8纲、纲、11目目 、17科和科和63属，共有属，共有208个种；而细菌界则包括个种；而细菌界则包括16门门 、26组组 、27纲纲 、62目目 、163科和科和814属，共有属，共有4727个种个种 。因此至今所记载。因此至今所记载过的整个原核生物共有过的整个原核生物共有4935种。种。二、二、Ainsworth等人的菌种分类系统等人的菌种分类系统 Ainsworth系统的每一个版本是有

13、变化的；系统的每一个版本是有变化的； 第七版（第七版（1983年）年） 第二节 微生物分类系统第二节 微生物分类系统 第八版第八版（1995年）年）第三节 微生物分类鉴定的方法一、微生物分类鉴定中的经典方法一、微生物分类鉴定中的经典方法 微生物经典分类鉴定方法的指标依据微生物经典分类鉴定方法的指标依据第三节 微生物分类鉴定的方法二、微生物分类鉴定中的现代方法二、微生物分类鉴定中的现代方法数值分类法数值分类法 数值分类法又称阿德逊氏分类法，是通过广泛比数值分类法又称阿德逊氏分类法，是通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相

14、似性的数值划分类群的一种分类方法。再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法。第三节 微生物分类鉴定的方法数值分类可大致分为五个步骤：数值分类可大致分为五个步骤： 确定分类单位和选择分类特征。数值分类最低级的分类单位确定分类单位和选择分类特征。数值分类最低级的分类单位称操作分类单位（简称称操作分类单位（简称OUT），），OUT可以是菌株，也可以是种或可以是菌株，也可以是种或属等。属等。OUT确定后即选择分类特征，数值分类要求特征涵盖面广、确定后即选择分类特征，数值分类要求特征涵盖面广、项目数不少于十项乃至一百多项；项目数不少于十项乃至一百多项； 进行特征测定或从文献中收集有关进行特征测定或从文献

15、中收集有关OUT的各项特征资料；的各项特征资料； 根据所编制的计算机程序要求，将特征资料进行编码、标根据所编制的计算机程序要求，将特征资料进行编码、标准化并输入计算机；准化并输入计算机； 由计算机计算各由计算机计算各OUT之间的相似性并根据相似性的数值进之间的相似性并根据相似性的数值进行聚类分析、分群归类；行聚类分析、分群归类； 输出分类结果输出分类结果。第三节 微生物分类鉴定的方法化学分类法化学分类法 微生物分类中，根据微生物细胞的特征微生物分类中，根据微生物细胞的特征性化学组分对微生物进行分类的方法称性化学组分对微生物进行分类的方法称为化学为化学分类法分类法。第三节 微生物分类鉴定的方法 细菌的化学组分分析及其在分类水平上的应用细菌的化学组分分析及其在分类水平上的应用第三节 微生物分类鉴定的方法遗传学分类法遗传学分类法 分子遗传学分类法是以微生物的遗传性（基因型）分子遗传学分类法是以微生物的遗传性（基因型）特征为依据，判断微生物间的亲缘关系，排列出一个特征为依据，判断微生物间的亲缘关系，排列出一个个的分类群。个的分类群。目前较常用目前较常用 的方法有：的方法有：DNA中中 G+C mol%分析分析DNA-DNA杂交杂交DNA-rRNA杂交杂交16S rRNA(16S rDNA)寡核苷酸的序列分析寡核苷酸的序列分析