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1、周文琦 中南大学医药信息系2012.10.17英文医学数据库检索2主要内容主要内容重要外文检索系统及其获取重要外文检索系统及其获取Pubmed文献检索系统文献检索系统Elsevier: ScienceDirect引文检索引文检索一、一、重要外文检索系统及获取重要外文检索系统及获取5外文文摘数据库 MEDLINE/Pubmed、EMBASE、SciFinder Scholar、BioSIS Previews、Engineering Village、Dialog外文全文数据库 OVID Full Text、EBSCOhost、Elsevier:Sciencedirect 、SpringLink、P
2、roQues Medical Library、Kluwer Online Journals、OCLC FirstSearch外文检索系统6中南大学医学图书馆外文数据库资源7中南大学校本部图书馆外文数据库（部分）中南大学校本部图书馆外文数据库（部分）8公共网可获取外文文献数据库1.Pubmed文献检索系统 www.pubmed.gov (文摘，部分全文）2. Google学术论文检索：(文摘，中外文，部分全文）3. Scirus科学搜索引擎 (文摘）引文检索引文检索二、二、 PubmedPubmed文献检索系统文献检索系统PubMed概述概述1PubMed的基本检索的基本检索2PubMed的限
3、定检索的限定检索3PubMed的高级检索的高级检索4PubMed的主题词检索的主题词检索51.PubMed概述什么是PubMed？PubMed的收录范围PubMed的记录来源PubMed的常用字段PubMed的界面结构12什么是什么是PubMed? www.pubmed.gov PubMed的收录范围的收录范围MEDLINE收录全世界80多个国家5200多种生物医学期刊的文摘及题录数据。部分文献可直接获取全文，包括：PubMed Central (PMC，收录期刊780余种)：NLM开发的免费生物医学数字化期刊全文数据库开放获取（Open Access，OA）期刊部分出版商提供的免费文献 与出
4、版商的电子期刊文献同步发布，标注为Epub ahead of print（先于印刷版期刊发表的电子文献）或EpubPubMed的记录来源的记录来源Medline：PubMed主体部分主体部分。PubMed-indexed for MEDLINEPublisher supplied citations：出版商通过电子方式提交的且还出版商通过电子方式提交的且还没有进入到没有进入到In-process阶段的最新医学文献；阶段的最新医学文献；2003年底之前进入年底之前进入PubMed但没有被但没有被Medline收录的期刊文献或该篇文献出版之后其收录的期刊文献或该篇文献出版之后其期刊才被期刊才被Me
5、dline收录。收录。PubMed-as supplied by publisher In-process citationsIn-process citations： 尚未进行尚未进行MeSHMeSH主题词标引的最新文献主题词标引的最新文献；PubMed-in ProcessPubMed-in ProcessPubMed：受受NIH资助项目的作者因遵循资助项目的作者因遵循“NIH Public Access”向向PMC提交的论文手稿；其所在期刊未被提交的论文手稿；其所在期刊未被MEDLINE收录，但出收录，但出版商因该文献需遵循版商因该文献需遵循“NIH Public Access”而提交给
6、而提交给PMC的文献；的文献；选择性收录非选择性收录非MEDLINE收录的文献。收录的文献。PubMedPubMedOLDMEDLINE：部分：部分1966年以前出版且未被年以前出版且未被MEDLINE收收录录的文的文献献。PubMed-OLDMEDLINE PubMed-OLDMEDLINE 记录标识（记录标识（1）PubMed indexed for Medline PubMed - in process PubMed - as supplied by publisher 记录标识（记录标识（2）PubMed - OLDMEDLINE PubMed PubMed记录的主要字段记录的主要字段
7、字段标识：字段名称字段标识：字段名称 AB：Abstract AD：Affiliation ALL：All Field AU：Authors 1AU：First Author FAU：Full Author Name LASTAU：Last Author PMID：PubMed Unique Identifier CY：Country DP：Publication Date EDAT：Entrez Date GS：Gene Symbol GN：Grant Number 字段标识：字段名称字段标识：字段名称 IS：ISSN LA：Language MH：MeSH Terms MAJR：MeSH
8、Major Topic SH：MeSH Subheadings PT：Publication Type SO：Source TA：Journal Title TI：Title TW：Text Words UID：Unique Identifiers NM：Substance Number TIAB：Title/AbstractPubMed界面的结构界面的结构高级检索基本检索202.PubMed的基本检索的基本检索自动词语匹配功能:智能检索强制检索 使用 “ ”-截词检索 使用*字段限定检索主题检索作者检索期刊检索布尔逻辑检索检索索词MeshMesh转换表表期刊名期刊名转换表表作者索引表作者索引
9、表经过转换后的后的检索式索式PubmedPubmed系系统进行行检索索DetailsDetails分析分析21作者姓名作者姓名转换表表PubMed的基本检索之一的基本检索之一自动词语匹配功能自动词语匹配功能自动词语匹配应用自动词语匹配应用例例1检索“肝纤维化与P53基因关系的文献”分析相关概念：肝纤维 p53基因确定英文关键词：肝纤维化liver fibrosisP53基因p53 geneStep1: 输入提问式Step2:获取检索结果解读检索式解读检索式(liver cirrhosisMeSH Terms OR (liverAll Fields AND cirrhosisAll Fields
10、) OR liver cirrhosisAll Fields OR (liverAll Fields AND fibrosisAll Fields) OR liver fibrosisAll Fields) AND (genes, p53MeSH Terms OR (genesAll Fields AND p53All Fields) OR p53 genesAll Fields OR (p53All Fields AND geneAll Fields) OR p53 geneAll Fields)26细化检索式细化检索式(liver cirrhosisMeSH Terms) AND (gen
11、es, p53MeSH Terms) 调整后重新检索调整后重新检索28检索结果显示检索结果显示PubMed检索结果显示默认为Summary格式。题名作者出处相关文献链接相关文献链接按相关性排序检索结果显示格式转换检索结果保存及输出检索结果保存及输出自动词语匹配应用例235 Q：如何查找如何查找“治疗鼻咽癌的新突破治疗鼻咽癌的新突破”网页文章的原始文献来源？网页文章的原始文献来源？Yi-xin zengchromosome 4zeng yxAuthor AND (chromosomes, human, pair 4MeSH Terms OR chromosome 4All Fields)来源题名
12、作者作者单位获取全文40Search Details框详细显示自动词语匹配框详细显示自动词语匹配的实际检索式。的实际检索式。有较好的查全率，同时保证一定的查准率。有较好的查全率，同时保证一定的查准率。下列情形不进行自动词语匹配下列情形不进行自动词语匹配截词检索截词检索,如如bacter*短语检索短语检索,如如“kidney allograft”破折号时破折号时,如如kidney-allograftHistory检索检索,如如#1 AND #字段检索字段检索,如如toothacheti问题？ Q：是否可以完全依赖词语的自动词语匹配功能？ 例如：单细胞 Single cell41自动词语匹配42强
13、制检索 检索词加上“ ”, -进行强制检索系统不进行自动词语匹配，不扩展检索single cell 直接输入 “single cell“ 或者 single-cell43PubMed的基本检索之二的基本检索之二强制检索强制检索44PubMed的基本检索之三的基本检索之三截词检索截词检索 可可利利用用系系统统的的截截词词功功能能获获取取更更多多的的相相关关文文献献，提提高高查查全全率率：截截词词符符“*”“*”可可代代表表多多个个字字符符，将将* *加加在在检检索索词词后后可可以以表表示示对对所所有有以以该该词词开开头头的的词词进进行行检检索索；如如：bacter*，可可以以检检出出bacter
14、ia, bacteremia, bacteriophage等等词词。截截词词检检索索时时，系统会关闭自动词语匹配功能。系统会关闭自动词语匹配功能。45PubMed的基本检索之三：的基本检索之三：截词检索截词检索PubMed的基本检索之四的基本检索之四字段限定检索字段限定检索PubMed字段限定检索的格式是： 检索词字段标识符。字段限定检索可提高查准率。如：aspirinti ；brain stem infarctions/drug therapymajr；neoplasms mh:noexp ；Clin Infect Dista；smith abau；zhongshan hospitalad；
15、2008:2010 dp 。作者检索作者检索在检索框中输入著者姓名，PubMed自动执行著者检索。例如， 检索Bonnie W. Ramsey撰写的有关“囊性纤维化基因治疗”的文献，在输入框中输入： cystic fibrosis gene therapy ramsey bw一般姓在前名在后，姓用全称，名用首字母。例如，输入Smith SR可检索出姓为Smith，名的首字母为SR的所有著者的文献通过字段限定检索及组合检索可实现更精确的著者检索。例如，输入Smith SR 1AU可检索出第一著者为Smith SR的所有文献。 PubMed的基本检索之五的基本检索之五48为提高查准率，可将著者与著
16、者单位、主题等信息结合起来检索。2002年起，Medline在同时采用结合缩写与全称两种方式来处理作者姓名，作者姓名缩写放入AU字段，全称放入FAU字段。例如，输入Smith SR的姓名全称Steven R Smith，可检索出2002年以来该著者被PubMed收录的文献。西文检索工具对中国人名的处理较混乱。如Xia Jia-hui文献可能被分散在“Xia JH”及“ Xia J”下面，检索时需综合考虑，尽可能查全。也可利用高级检索中的下拉式菜单选择作者字段进行作者检索。如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加au，如“smith j”au。49PubMed的基本检索之五：的基
17、本检索之五：作者检索作者检索50PubMed的基本检索之五：的基本检索之五：作者检索作者检索期刊检索期刊检索在检索框中输入期刊信息，PubMed自动检索出该期刊的文献：刊名全称：如the American Journal of Pathology标准的Medline刊名缩写：如Am J Pathol期刊的ISSN号：如0002-9440， Am J Pathol ISSN号当刊名与MeSH词相同时，PubMed默认将其作为MeSH词检索。例如Gene Therapy、Science、Cell，为避免误检，可采用刊名字段限定检索。如Cell transplantationTA可检索出在期刊Cel
18、l transplantation 被PubMed收录的所有文献利用PubMed的Journals Database可查找期刊的详细信息 PubMed的基本检索之六的基本检索之六52PubMed的基本检索之六：的基本检索之六：期刊检索期刊检索53PubMed的基本检索之六：的基本检索之六：期刊检索期刊检索54PubMed的基本检索之七的基本检索之七 逻辑组配检索逻辑组配检索PubMed支持逻辑算符支持逻辑算符AND、OR、NOT的组配检索，的组配检索，逻辑运算符前后都要有一个空格。不输入默认为逻辑运算符前后都要有一个空格。不输入默认为AND，如，如 t regulatory cells sys
19、temic lupus erythematosus t regulatory cells and systemic lupus erythematosus56Find citations on DNA that were authored by Dr. Crick in 1993Find citations on the effects of heat or humidity on multiple sclerosisFind citations about arthritis excluding the Publication Type Letterdna mh AND crick au A
20、ND 1993 dp(heat OR humidity) AND multiple sclerosisarthritis NOT letter ptPubmed对检索式的运算自左至右 common cold AND (vitamin c OR zinc)vitamin c OR zinc AND common cold3.限定检索限定检索检索举例:某儿科医生欲了解临床核心期刊中最近5年关于儿童地中海贫血方面的随机对照临床试验（RCT）文献。604.高级检索高级检索Search builderSearch history限定字段检索浏览索引选词检索史（Search History）点击Searc
21、h History，显示检索史，包括检索式序号、检索提问式、检索时间及检索结果数保存检索策略，检索史最多保留8小时 修改检索策略例：查找例：查找“泰素治疗肺癌和肝癌泰素治疗肺癌和肝癌”的文献的文献查看并利用已有的检索策略进行检索675.使用主题词检索PubMed MeSH DatabaseMeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能之一，能保证较好的查全率和查准率主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范主题词可以组配相应的副主题词，使检索结果更加专指主题词的树状结构表：系统默认对含有下位概念的主题词进行扩展检索（点选Do Not Explode this term则不进行扩检）应用Maj
22、or Topic（主要主题词）检索，可以使检索结果更加准确注意：用MeSH词检索时，只检索来源于MEDLILNE的文献，不检索PubMed其他来源的文献（包括in-process， supplied by publisher, OLDMEDLINE等） 68例例1：查找：查找“泰素治疗肝癌泰素治疗肝癌”方面的文献方面的文献69方法 一 点击点击MeSH DatabaseMeSH Database，进入主题词检索界面，进入主题词检索界面在检索在检索提问框内输入提问框内输入liver cancer, liver cancer, 点击点击SearchSearch按钮按钮 71返回相应的主题词选项。返
23、回相应的主题词选项。反馈检索结果。反馈检索结果。找到了相匹配找到了相匹配的主题词的主题词该主题词引入年代选中Liver Neoplasms，选择逻辑符AND，点击Add to search builder.输入第二个检索词taxol，点击Search PubMed选中Paclitaxel，点击Add to search builder，再点击Search PubMed.系统返回检索结果系统返回检索结果思考：用基本检索呢？检索结果为什么会有区别呢？78方法 二 ?利用History功能。80例例2：近近5年年来来有有关关“空空气气污污染染与与肺肺癌癌流流行病学行病学”方面的文献。方面的文献。81
24、 点击点击MeSHMeSH Database Database，进入主题词检索界面，进入主题词检索界面在检索在检索提问框内输入提问框内输入air pollutionair pollution, , 点击点击SearchSearch按钮按钮 选中air pollution,点击Add to search builder，选择AND输入第二个检索词lung cancer，点击Search PubMed返回相应的主题词选项，点击Lung Neoplasms下的超链到达Lung Neoplasms的详细信息页面详细信息页面详细信息页面选择相应的副主题词epidemiology，选择逻辑符AND,点击A
25、dd to search builder，再点击Search PubMed系统返回检索结果系统返回检索结果作时间限定后，系统返回作时间限定后，系统返回125125条记录条记录 处于激活状态的检索限定92通过通过MeSHMeSH Database Database检索，要注意以下几点：检索，要注意以下几点：当一个课题含有多个主题词时，在当一个课题含有多个主题词时，在MeSHMeSH Database Database中的操作往中的操作往往需要重复多次。根据需要来选择正确的逻辑符，以便与下一往需要重复多次。根据需要来选择正确的逻辑符，以便与下一次的主题词进行相应的逻辑关系组配。也可以先用一个一个主
26、次的主题词进行相应的逻辑关系组配。也可以先用一个一个主题词单独检索，然后进入题词单独检索，然后进入HistoryHistory，利用检索式序号对多个主题，利用检索式序号对多个主题词进行逻辑组配；词进行逻辑组配；进入到主题词细节页面时，要多注意主题词的上位词和下位进入到主题词细节页面时，要多注意主题词的上位词和下位词情况，看看是否有更加合适的主题词；词情况，看看是否有更加合适的主题词；同时选多个副主题时，其间的逻辑关系是同时选多个副主题时，其间的逻辑关系是OROR；系统默认对下位主题词进行扩检，若不需要进行下位词扩检，系统默认对下位主题词进行扩检，若不需要进行下位词扩检，选选Do not inc
27、lude MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy；通过通过MeSHMeSH Database Database检索，查不到检索，查不到PreMedlinePreMedline和和OldMedlineOldMedline中中的记录。的记录。 6. PubMed个性化检索Journals in NCBI database：期刊检索Single Citation Matcher：查找某篇文献准确信息Batch Citation Matcher：批量核对文献信息Clinical Queries：专供查找临床信息Topic-Speci
28、fic Queries：供查找专题文献信息 (1)Journals in NCBI database例：查看例：查看JAMAJAMA的信息并检索的信息并检索JAMAJAMA中发表的论文情况。中发表的论文情况。97获取获取JAMA相关信息相关信息98检索检索JAMA期刊上的文献期刊上的文献99How do I find a specific citation? I have some information such as the author, journal name and the year the article was published. 举例查找夏家辉教授发表在“Nat Genet
29、，1998；20（4）：370-3”的关于神经性耳聋基因的论文及相关信息（2）Single Citation Matcher输入已知条件输入已知条件显示结果显示结果104（3）Batch Citation Matcher105（4）Clinical Queries临床文献查询 临床询问和系统综述。点击“Clinical Queries”进入。 是一个专门为临床医生和临床试验工作者设计的检索服务，按临床问题分类检索。有以下三个方面的检索：106Search by Clinical Study CategorySearch by Clinical Study Category： 供查询疾病的the
30、rapy(治疗)、diagnosis(诊断)、etiology(病因)、 prognosis (预后)和clinical prediction guides （临床预报指南）五个方面的文献。选项“broad, sensitive search” 和“narrow, specific search”称为检索过滤器(Search Filter)，用来表示倾向查全还是查准。Systematic ReviewsSystematic Reviews： 供检索疾病的systematic reviews(系统评论)、meta-analysis（meta分析）, reviews of clinical tri
31、als（临床试验评论）, evidence-based medicine（循证医学）等方面的文献。Medical Genetics SearchesMedical Genetics Searches： 供检索医学遗传学方面的文献。107110（5）Topic-Specific Queries特定主题查询：是针对不同的用户、不同的学特定主题查询：是针对不同的用户、不同的学科专题以及不同类型的期刊而设立的专项信息科专题以及不同类型的期刊而设立的专项信息的检索服务。例如特设了的检索服务。例如特设了AIDS（艾滋病）、（艾滋病）、Bioethics（生物伦理）、（生物伦理）、Cancer（癌症）、（癌
32、症）、Complementary Medicine（替代医学）、（替代医学）、health literacy（健康素养）等专题检索。（健康素养）等专题检索。 111临床试验数据库（Clinical Trials）点击PubMed主页More Resources栏目下的Clinical Trials，进入美国国立医学图书馆研制开发的临床试验数据库。http:/clinicaltrials.gov/Clinical Trials收录了美国及全世界180多个国家经注册登记的134，112个临床试验的详细信息，是十分重要的循证医学信息资源。 （2012.10.16 12：28）外部链接（LinkOut
33、）PubMed主页More Resources栏目下有LinkOut外部链接PubMed及NCBI的其他数据库通过LinkOut与其他外部资源与服务建立链接，包括在线全文数据库、生物学数据库、图书馆馆藏信息、消费者健康信息、研究工具等。如何一次检索多个数据库？选择：all databases统一检索界面医学图书馆：pubmed校园网PubMed链接1检索结果校园网PubMed链接2检索结果7.如何查到自己满意的文献 分析课题，选择最准确的提问词 选择最合适的检索功能 充分利用超链接功能获取丰富资源： Related Article、 Linkout、 Links 结果不理想时的调整方法选择最合
34、适的检索功能课题 1：查找苯丙酮尿（phenylketonuria，PKU) 最近五年的英文研究资料，要全文课题2：疯牛病的流行病学研究 Mesh Database课题3：皮质类固醇（corticosteroids）治疗早产儿（Infant, premature）的系统评价 Clinical Queries如何利用PubMed扩大检索u自动词语转换自动词语转换u截词检索截词检索u增加增加OROR组配面以增加相关词组配面以增加相关词u减少减少ANDAND组配面组配面u扩展检索扩展检索uRelated ArticlesRelated Articles如何利用PubMed缩小检索u字段限定检索字段限
35、定检索u主题词检索及组配特定副主题词检索主题词检索及组配特定副主题词检索u加权检索加权检索u增加增加ANDAND组配面，减少组配面，减少OROR组配面组配面u自由词检索加引号自由词检索加引号u用用NOTNOT排除次要概念排除次要概念PubMed的自动词语匹配检索一般适合检索经验有限的初级用户，也适合对课题做初步检索。检索经验丰富的用户，或者对查全率查准率有较高要求的检索课题，需要仔细分析课题，编制比较完备的检索策略，综合运用PubMed提供的各种高级检索功能主题词检索是PubMed最具特色的功能之一，能保证较好的查准率及查准率。主题词组配副主题词使检索结果更为专指，限定在主要主题词检索能使结果更准确。但是主题词检索也有一些固有的缺陷，比如很多专指的概念没有相应的主题词，一些新出现的概念要几年后才收录为主题词。这种情况下，采用字段限定检索等方法也能得到较好的查准率。此外，主题词检索还可能会漏掉一些最新的文献（in process citations）熟练运用PubMed 的检索限定、临床查询、引文匹配等工具，能大大提高检索效率。小结
