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1、第四章 核酸序列分析本章相关软件和其他上机资料，请在下周上机前从 下载，提前做好上机准备。4.1 常规分析4.1.1 序列检索 （Entrez on NCBI, SRS on EMBL)4.1.2 组分分析（碱基组成、分布，分子量）4.1.3 序列变换（互补序列，反向序列，反向互补序列）4.1.4 限制性酶切分析（寻找酶切位点）核酸序列组分分析实例Bioedit 载入序列输出结果DNASTARDNASTAR的EditSeq复制粘贴载入序列转换为反向序列反向序列反向互补序列用DNAMAN对RGDV S8片段编码区进行限制性酶切分析搜索查询序列选择CDS从文件载入序列复制粘贴载入序列限制性酶切进行
2、参数设置酶选择结果分析在线限制性酶切分析工具（例如NEBcutter）NEBcutter序列提交界面分析结果4.2比对分析序列比对（sequence alignment)BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)BLAST子程序：BLASTN， BLASTP，BLASTX， tBLASTN，tBLASTX相关数据库BLAST主页（NCBI)输入查询序列双序列比对BLAST2sequences (NCBI)实例分析 比较RGDV S8广西分离物与泰国分离物序列（互补/重复/转作 现象）提交序列Bl2seq参数设置比对结果多序列比对提取序列打开Clustal
3、X载入序列界面（序列文件应放在全英文目录下）比对参数设置双序列比对参数设置Aln文件可用Bioedit软件打开4.3 基因结构识别4.3.1 ORF识别及其可靠性验证1. ORF (open reading frame)2.验证依据（1，第三位碱基2，密码子使用的一致性3，序列比对）3. 真核生物边界序列的识别4.Kozak规则5.ORF分析工具（如ORF finder）实例分析（page 94）4.3.2 启动子及转录因子结合位点分析1启动子：原核生物：（转录起始位点+1，-10序列，-35序列，CAP序列-70-40），真核生物（核心启动子元件，起始位点，TATAbox，上游启动子元件UPE，CAAT框，GC框）常用工具Promoter Scan4.3.3 重复序列分析哺乳动物基因组存在大量重复序列：高度重复序列，中度重复序列，单拷贝序列。分析工具RepeatMasker4.3.4 CpG island4.3.5 UTR区
