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1、TCGA数据库介绍专题上海尔云上海尔云-云生信团队云生信团队2015.9.20http:/ 1. 前言前言2. 数据数据产生生历程程5. 目前已有的癌症种目前已有的癌症种类3. barcode4. Data types and data levels6. 数据下数据下载解解读目录前言01http:/ TCGA- THE CANCER GENOME ATLAScancerGenomeTranscriptomeClinicEpigenomeProteome癌症种类丰富，样本量大癌症种类丰富，样本量大34 kinds of cancer325 samples on averagehttp:/canc
2、ergenome.nih.gov/数据产生历程02http:/ TCGA数据的产生历程：1. 组织样本和临床数据来源网站(TSS)收集的数据发送到Biospecimen核心资源(BCRs)。2. BCRs提交临床数据和元数据到数据协调中心(DCC)和测序中心(GSCs),获取组织变异数据,然后提交给DCC。3. GSCs提交跟踪文件,序列比对后文件到癌症基因组学中心(CGHub)。4. 提交给DCC和CGHub的数据可供研究团队和基因组数据分析中心(GDACs)使用。5. 分析pipeline以及由GDACs产生的数据结果通过DCC保存到研究社区（community）中。http:/cance
3、rgenome.nih.gov/abouttcga/overviewBARCODE解读03http:/ 详细请见：详细请见：https:/wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcodeDATA TYPES AND LEVELS04http:/ DATA TYPESData LevelLevel TypeDescription1RawLow-level data for single sample单个样本的低级数据Not normalized未标准化2ProcessedNormalized single sample data标准化的单个样本Interpre
4、ted for presence or absence of specific molecular abnormalities解释异常的个体3Segmented/ InterpretedAggregate of processed data from single sample单个样本整合在了一起Grouped by probed loci to form larger contiguous regions (in some cases) 根据probe的位置分组4Summary/Regions of Interest (ROI)Quantified association across cl
5、asses of samples量化关联类的样本Associations based on two or more两个或多个的关联Molecular abnormalities分子水平的异常Sample characteristics样本特性Clinical variables临床变异DATA LEVLES注意：低水平的测序数据存储在CGHub https:/cghub.ucsc.edu/, 申请下载时需要DUNS number. The Cancer Genomics Hub (CGHub) is a secure repository for storing, cataloging, an
6、d accessing cancer genome sequences, alignments, and mutation information from the Cancer Genome Atlas (TCGA) consortium and related projects.目前已有的癌症种类05癌症种类丰富，样本量大癌症种类丰富，样本量大34 kinds of cancer325 samples on average详细见：详细见：TCGA publication guideline, http:/cancergenome.nih.gov/publications/publicationguidelines数据下载及解读06http:/ 最简单的方法：最简单的方法：https:/tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaHome2.jsp 第第1封邮件通知下载申请已经提交封邮件通知下载申请已经提交第第2封给出下载链接封给出下载链接Step4Step 4 文件内容文件内容File_manifest.txt，对所下载文件的说明，对所下载文件的说明l 临床数据解读临床数据解读CDE：Common Data Elements https:/tcga-data.nci.nih.gov/docs/dictionary/THANKShttp:/
