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1、并行环境下并行环境下VASP软软件的安装件的安装2008年年11月月1outlinesu硬盘安装fedora9uIFC安装u并行环境MPICH2uVASP安装2硬盘安装fedora9u获取安装介质BitTorrent 下载下载直接下载BitTorrent 下载下载ni386-安装DVDnx86_64-安装DVDnppc-安装DVDni386-安装光盘nx86_64-安装光盘nppc-安装光盘直接下载直接下载ni386-安装DVDnx86_64-安装DVDnppc-安装DVDni386-安装光盘nx86_64-安装光盘nppc-安装光盘3Fedoca9u光盘安装u硬盘安装把下载的Fedora-9
2、-x86_64-DVD.ISO拷贝到FAT32分区,最好是C盘根目录将Fedora镜像里isolinux目录下的vmlinuz和initrd.img两个文件解压到C盘根目录下4GRUB环境u升级Fedora系统选择时按系统选择时按Esc键键,按按”C”换到换到GRUB命令行模式命令行模式u系统无系统无FC系列操作系统系列操作系统虚拟虚拟DOS环境环境:虚拟软驱虚拟软驱vfloppyGRUB4DOS 5vFloppyu运行vFloppy6vFloppy7DOS环境已建立8grub4dosu解压下载的grub4dos-0.4.4-2008-08-08.zipu把得到的grub4dos-0.4.4-
3、2008-08-08改名为grub4dos,放在C盘根目录下u重启计算机9进入GRUB命令行u按键选择:由虚拟启动软盘启动,回车u选择2startcomputerwithoutcd-romsupportuA:C:uC:cdgrub4dosuC:GRUB4DOSgrubu进入GRUB命令选择界面,按”C”或且选择”commandline”命令到命令行模式uGRUB10加载内核,初始化uGRUBkernel(hd0,0)/vmlinuzuGRUBinitrd(hd0,0)/initrd.imguGRUBbootu初始化,按照提示选择u安装介质,选硬盘/dev/sda111LINUX磁盘分区u按Ne
4、xt(默认)到磁盘分区u选择自定义分区结构(不能默认,默认会删掉所有硬盘数据)建议分区结构/boot200-500MSWAP4G(内存比较小的话,建议会内存的二倍)/余下的所有分区.12IFC安装1）下载：到下载FreeNon-Commercial（非商业版）的ifort，icc以及MKL。很简单，只需要提供邮箱，然后按照步骤一步步来就行了，Intel会把序列号和一个licence文件发到你邮箱里。这里以64位版本l_fc_p_9.1.052.tar.gz，以及数学库l_mkl_p_9.0.018.tgz为例。可能的问题:操作系统跟编译器不兼容,下载compat-libstdc+-5.0.7-
5、86.x86_64.rpm13IFC安装安装安装：a)tar-zxvfl_fc_p_9.1.052.tar.gzb)cdl_fc_p_10.1.015./install.sh(建议用非ROOT用户)c)选择1，进入安装安装，然后有输入序列号的选择，如果直接输入序列号，就选1（推荐使用），然后输入序列号，如果不能上网，或网络认证太慢，可以提供licence文件的路径的话，选2，然后根据提示输入licence文件的全部路径及文件名（以.lic结尾）。d）选择Typicalinstall典型安装安装（推荐使用).e)阅读协议，一路回车，到最后根据提示输入accept。f)选择自己的安装路径比如:/h
6、ome/pub/intelg)然后都是默认安装安装，一路回车就安装安装完毕14IFCu3）配置：u进入自定义的用户目录查看/bin,确定路径后修改.bashrc/home/pub/intel/fce/9.1.052/bin/ifortvars.shu到此安装安装设置完毕。分别输入whichifort，如果能看到/home/pub/intel/fce/9.1.052/bin/ifort，那么就安装安装设置成功了，u写一个小程序,测试.15mpich2u下载u安装：tarzxvfmpich2-1.0.1.tar.gzcdmpich2-1.0.1exportF90=ifortF77=ifort./c
7、onfigure-prefix=/home/pub/program/mpich2-enable-f90-enable-f77makemakeinstallu通过编辑.bashrc文件修改环境变量vi.bashrcu加入exportPATH=/home/pub/program/mpich2/bin:$PATH16mpich2修改/etc/mpd.conf文件，内容为secretword=myword#vi/etc/mpd.conf设置文件读取权限和修改时间#touch/etc/mpd.conf#chmod600/etc/mpd.conf各人用户目录下需要设置这个文件，并设置权限为别人禁止读写，启
8、动mpi程序前要保证mpd已经运行，否则执行mpd&启动单机并行环境：17FFTW3u./configure-prefix=/home/pub/program/fftwCC=ifortF77=ifort-enable-mpiumakeumakeinstall18库文件路径uFFTW3u/home/pub/program/fftw/libuMKL/home/pub/intel/MKL/9.0/lib/em64tuIFORT/home/pub/intel/fce/9.1.052/bin19VASP安装uvasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gzTarzxvfvasp.4.6
9、.tar.gzTarzxvfvasp.4.lib.tar.gzCdvasp.4.lib.tar.gzCpmakemakefileVimakefile第19行IFC改为ifort第22行改为FFLAGS=-O3-FI20uCdvasp.4.6uCpmakemakefileuVimakefileu第五十行改为#FC=ifc(串行编译器)注释掉第80和81行(串行CPP选项),166行(串行FFTW选项)第201行改为FC=mpif90(并行编译器)把第211-213行前面的#号去掉,使其有效(并行CPP选项)21BLAS库文件以下内容#mkl.5.2requiresalsoto-lguidelib
10、rary#set-DRPROMU_DGEMV-DRACCMU_DGEMVintheCPPlines#BLAS=-L/opt/intel/mkl/lib/32-lmkl_p4-lguide-lpthread#evenfasterKazushigeGotosBLAS#BLAS=/opt/libs/libgoto/libgoto_p4_512-r0.6.sou改为#mkl.5.2requiresalsoto-lguidelibrary#set-DRPROMU_DGEMV-DRACCMU_DGEMVintheCPPlinesBLAS=-L/home/pub/intel/MKL/9.0/lib/em64
11、t-lmkl_em64t-lguide-lpthread#evenfasterKazushigeGotosBLAS#BLAS=/opt/libs/libgoto/libgoto_p4_512-r0.6.so22FFTW库文件u去掉214行前面的#号(并行FFTW库),改为FFT3D=fftmpiw.offtmpi_map.offt3dlib.ohome/pub/program/fftw/lib/libfftw3.aMake成功后,生成一个vasp可执行文件在用户目录建一个bin目录.把生成VASP拷入该目录23测试并行版VASPumpd&uMpdtraceu进入运算目录,执行mpirunnp4vaspuIntel酷睿2四核Q660024Thanksforyourattention!25
