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1、微生物分类和鉴定微生物分类和鉴定第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类微生物的分类和鉴定微生物的分类和鉴定定义：定义：按微生物的亲缘把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学。任务：任务：分类、鉴定、命名第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类 亚亚种种(subspecies）或变种）或变种(variety)：为种内的再分类。当某一个
2、种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传形状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元亚种。变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不在使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株，称之为亚种。如：E.coli k12（野生型）是不需要特殊aa的，而实验室变异后，可从k12获得某aa的缺陷型，此即称为E.coli k12的亚种。 型型(form):常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如：按抗原特征的差异分为不同的血清型；微生物的分类单位微生物的分类单位微生物的分
3、类单位微生物的分类单位-2-2-2-2第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类（二）微生物的命名（二）微生物的命名（二）微生物的命名（二）微生物的命名微生物的名字有俗名和学名两种。如： 红色面包霉红色面包霉粗糙脉孢霉粗糙脉孢霉 绿脓杆菌绿脓杆菌铜绿假单胞菌铜绿假单胞菌v学名学名是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。双名法：双名法： 学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份 必要，用斜体表示 可省略，用正体字v属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特
4、征，由微生物构造，形状或由科学家命名。 v种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征， 如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类例：大肠埃希氏杆菌大肠埃希氏杆菌 Escherichia coli （Migula）Castellani et Chalmers 1919 金黄色葡萄球菌金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884v 当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或ssp.（分别代表species 缩写的单数和复数形式） 例如：Saccharomyces sp. 表
5、示酵母菌属中的一个种。（二）微生物的命名（续）（二）微生物的命名（续）（二）微生物的命名（续）（二）微生物的命名（续）第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类v菌株名称在种名后面自行加上数字、地名或符号等，如： Bacillus subtilis AS1.389 AS=Academia Sinica Bacillus subtilis BF7658 BF=北纺 Clostridium acetobutylicum ATCC824 丙酮丁醇梭菌ATCC American Type Culture Collection美国模式菌种保藏中心 v当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1
6、3个字母。 如：Escherichia coli 可缩写成 E. coli Staphylococcus aureus可缩写成 S. aureus三名法三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。 如： Bacillus thuringiensis subsp. galleria 苏云金芽孢杆菌腊螟亚种 （二）微生物的命名（续）（二）微生物的命名（续）（二）微生物的命名（续）（二）微生物的命名（续）第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第二节第二节微生物在自然界的地位微生物在自然界的地位v生物的界级分类学说：是在认识发展过程中存在的对生物分
7、类的不同阶段的不同观点。v如：二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统v三原界系统是1978年由R.H.Whittaker和L.Margulis提出的。v所有生物存在一个共同祖先，由它分三条进化路线，就形成了三个原界：古细菌原界（Archaebacter）、真细菌原界、真核生物原界v提出了内共生学说，主要是Margulis的贡献第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类一、三原界系统示意图一、三原界系统示意图第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第三节各大类微生物的分类系统纲要第三节各大类微生物的分类系统纲要v原核生物分类系统纲要伯杰氏系统细菌学手册v真菌界分类系统很多
8、，各国采用不同的系统，比较混乱。近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类第四节第四节微生物的鉴定微生物的鉴定v主要步骤：主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴定手册v鉴定技术的不同水平：鉴定技术的不同水平：z细胞的形态和习性：形态特征、运动、酶反应、营养要求及生长条件等z细胞组分水平：细胞壁成分、氨基酸库、脂类、醌类、光合色素等的分析z蛋白质水平：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学反应等z基因或DNA水平：核酸分子杂交、（G+C）mol%、转化和转导、16SrRNA寡核苷酸族分分析、DNA或RNA核苷酸序列分析等第第十十三三章章 微微
9、生生物物的的分分类类一、数值分类法一、数值分类法v即统计分类法：即统计分类法：在200年前M. Adanson（17271806，法国植物学家）发表的分类原理基础上结合现代计算机技术发展而来的。v主要观点：主要观点：z在一个分类群中，其所含信息量越大，即分类所依据的性状越多，其分类效果也越好；z顺序建立自然分类单元时，每个性状都是等权的；z任何两分类实体间的整体相似性，都是由每一对的相似性计算而来的；能够由类群间相似性的差异识别不同的分类实体；z如果给予有关进化途径和机制的某些假定，可以从组群的分类学结构或从性状相关上作出种系发生的推论；z分类学应作为一门经验科学来看待和实践；z数值分类学是以表象相似性为基础的。第第十十三三章章 微微生生物物的的分分类类数值分类的基本步骤数值分类的基本步骤v计算两菌株间的相似系数Ssm =SJ = v列出相似度矩阵v将矩阵图转换成树状图a+da+b+c+daa+b+c结束语结束语谢谢大家聆听！谢谢大家聆听！19
