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1、DNAMAN 使用方法使用方法 1将待分析序列装入将待分析序列装入Channel 2以不同形式显示序列以不同形式显示序列3DNA序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析4DNA序列比对分析序列比对分析5序列同源性分析序列同源性分析6. PCR引物设计引物设计7 7质粒模式图绘制质粒模式图绘制1DNAMAN 使用方法使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：2第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜
2、单，第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有九个常用主菜单，第二栏为工具栏：第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏：第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作区左侧，可见在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，工具条，DNAMAN提供提供20个个Channel，点击，点击Channel工具条上相应的数工具条上相应的数字，即可击活相应的字，即可击活相应的Channel。每个。每个Channel可以装入一个序可以装入一个序列。将要分析的序列（列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入序列或氨基酸序列）放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。此版本中可以节约存取序列时间，
3、加快分析速度。此版本DNAMAN提提供自动载入功能，用户只需激活某个供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。中。 3以具体使用以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如的过程为例来说明如何使用何使用DNAMAN分析序列。分析序列。 1将待分析序列装入将待分析序列装入Channel （）通过（）通过File/Open命令打开待分析序列文命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认件，则打开的序列自动装入默认Channel。（）通过（）通过Sequence/Load S
4、equence菜单的菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。通过。通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination命令打开一命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（性质（DNA 或蛋白质），名称，和要分析或蛋白质），名称，和要分析的片段等参数。的片段等参数。 2 以不同形式显示序列以不同形式显示序列 通过通过Sequence/Display Sequence命令打开命令打开对话框，如图所示：对话框，如图所示： 4根据不同的需要，可以选择显示不同的序
5、列转换形式。对根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。对话框选项说明如下：话框选项说明如下： Sequence & Composition： 显示序列和成分显示序列和成分 Reverse Complement Sequence ：显示待分析序列的反：显示待分析序列的反向互补序列向互补序列 Reverse Sequence ：显示待分析序列的反向序列：显示待分析序列的反向序列 Complement Sequence ：显示待分析序列的互补序列：显示待分析序列的互补序列 Double Stranded Sequence ：显示待分析序列的双链序：显示待分析序列的双链序列列 RNA Sequ
6、ence ：显示待分析序列的对应：显示待分析序列的对应RNA序列序列 53DNA序列的限制性酶切位点分析序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入将待分析的序列装入Channel，点击要分析的，点击要分析的Channel，然后通，然后通过过Restriction/Analysis命令打开对话框，如下所示命令打开对话框，如下所示： 按扭，出现下列对话框：6参数说明如下参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary：显示概要， Show sites on sequence：在结果中显示酶切位点 Draw restriction map：显示限制性酶切图，Draw
7、 restriction pattern：显示限制性酶切模式图 Ignore enzymes with more than：忽略大于某设定值的酶切位点 Ignore enzymes with less than：忽略小于某设定值的酶切位点Target DNA ：目标DNA特性 Circular：环型DNA，dam/dcm methylation：dam/dcm甲基化 all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel中共有两条DNA时，
8、则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA时，则只能用一个酶分析。 7选择所需的项目，然后按提示操作点击选择所需的项目，然后按提示操作点击 按扭，出现按扭，出现下列对话框：下列对话框：Enzyme ：代表代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz和和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含数据文件包含180种限制酶，种限制酶，dnamane.enz数据数据文件包含文
9、件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击鼠标选择多种酶（例如种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击），然后点击 按钮出现下列按钮出现下列对话框：对话框： 按钮出现下列对话框：8输入要保存酶列表的文件名，点击输入要保存酶列表的
10、文件名，点击 按钮即可保存。按钮即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。 Cutter 酶切识别序列长度；酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中酶切产生的末端，其中包括，包括，Blunt（平头末端），（平头末端），5Overhang（5突出粘性末突出粘性末端）端）,3Overhang(3突出粘性末端突出粘性末端)，系统根据，系统根据cutter和和end的设定情况的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后，点击点击 按钮执行操作。按钮执行操作。 94DNA序列比对分析（序列比对分析（Dot Mat
11、rix Comparision） 要比较两个序列，可以使用比较两个序列，可以使用DNAMAN提供的序列比对工具提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision（点矩阵比较）通过（点矩阵比较）通过Sequense/Dot matrix comparision命令打命令打开比对界面，如下图：开比对界面，如下图：点击对比界面左上角的点击对比界面左上角的 按钮，出现下列对话框按钮，出现下列对话框： 104DNA序列比对分析（Dot Matrix Comparision）参数说明如下：参数说明如下： Sequence type 序列类型序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择
12、框，框内选项说明如下：参加比对的第一序列选择框，框内选项说明如下：如果要比对的序列在如果要比对的序列在Channel中，点击下拉箭头，选择相应的中，点击下拉箭头，选择相应的Channel，则被选中的，则被选中的Channel中的序列作为参加比对的第一中的序列作为参加比对的第一序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在序列；也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File选择框选择框上点击即可。通过上点击即可。通过Length选择参加比对的序列片段。选择参加比对的序列片段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明同上参加比对的第二序列选择框；选项说明同上 Show Sequen
13、ce 选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同选择此项，当同源性大于设定值时，将显示同源性；源性；Annotations 是否显示注释是否显示注释 114DNA序列比对分析（序列比对分析（Dot Matrix Comparision）Comparision 比对参数，其中比对参数，其中Window代表代表Window size（单位（单位比对长度），比对长度），Mismatch代表代表Mismatch size（单位比对长度中（单位比对长度中许可的错配值），要快速比对，需将此项设为许可的错配值），要快速比对，需将此项设为0。Both stran代代表双链比对，选择此项，是指用表双链比对，选择此
14、项，是指用Sequence 2中的的正链和负链中的的正链和负链分别和分别和Sequence 1 比较，比较，Sequence 2链与链与Sequence 1 正链比较正链比较结果用黑色点表示，与结果用黑色点表示，与 负链比对结果用红色点表示。负链比对结果用红色点表示。 Plot box： 点阵图表显示参数点阵图表显示参数 Position：起点坐标，：起点坐标，Width：宽度值，：宽度值，Height：高度值，：高度值，Frame size：边框线粗度值，：边框线粗度值，Dot size：点粗度值，：点粗度值，Gridline：虚线框数。虚线框数。 参数设定好后，点击按钮参数设定好后，点击按
15、钮 执行操作执行操作。 125序列同源性分析序列同源性分析 （1）两序列同源性分析）两序列同源性分析 通过通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如命令打开对话框，如下所示：下所示： 参数说明如下： Alignment method ：比对方法，通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对)，当选择快速比对时，设置较小的k-tuple值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple值（DNA序列：序列：k-tuple值可选范值可选范围围2-6；蛋白质序列：；蛋白质序列：k-tuple值可选范围值可选范围1-3）
16、135序列同源性分析序列同源性分析（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析 通过打开通过打开Sequence/Multiple Sequence Alignment命令打开对话框，命令打开对话框，如下所示：如下所示： 参数说明如下：参数说明如下： File： 从文件中选择参加比对的序列从文件中选择参加比对的序列 Folder： 从文件夹中选择参加比对的序列从文件夹中选择参加比对的序列 Channel： 从从channel中选择参加比对的序列中选择参加比对的序列 Dbase ：从数据库中选择参加比对的序列从数据库中选择参加比对的序列 Remove： 清除选择的序列清除选择的序列Clear： 清除
17、全部序列清除全部序列 点击点击 按钮，出现对话框：按钮，出现对话框： 14（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析如果在前一对话框选择的是如果在前一对话框选择的是Fast alignment,则在此对话框中选择则在此对话框中选择Quick alignment,否则选择否则选择 Dynamic alignment 即可。其它参数不必改变，点击即可。其它参数不必改变，点击对话框中间的对话框中间的 使其它参数取原始默认值使其它参数取原始默认值。点击点击 按按钮，出现下列对话框：钮，出现下列对话框： 15（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析点击对话框中间的点击对话框中间的 ，然后点击，然后点击 执
18、行操执行操作。结果如下所示：作。结果如下所示： 16（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析点击左上角点击左上角 按按钮，可以从弹出的钮，可以从弹出的对话框中选择不同对话框中选择不同的结果显示特性选的结果显示特性选项。点击项。点击 按钮按钮下的下的 按钮，出按钮，出现下列选择项现下列选择项：17（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析可以通过这些选项，绘制同源关系图（例如Tree/homology tree命令）。显示蛋白质二级结构：（Protein Secondary Structure命令），绘制限制性酶切图：（Restriction Analysis命令）等。 同源关系图举例如下：（Tr
19、ee/Homology Tree命令） 18（2）多序列同源性分析）多序列同源性分析196.PCR引物设计 首先，将目标DNA片段装入Channel,并激活Channel。点击主菜单栏中的Primer主菜单，出现下拉菜单，如下所示：点击点击Design PCR Primers for DNA命令，出现下列对话框：命令，出现下列对话框： 206.PCR引物设计引物设计Primer locations on target:引物定位引物定位 Product size:扩增目的片段大小扩增目的片段大小 Sense primer:正向引物选择区正向引物选择区 Antisense primer:反向引物选
20、择区反向引物选择区 Primer :引物特性引物特性 包括包括Length:引物长引物长度，度，Tm值值, GC含量等参数；含量等参数； Reject primer:引物过滤（将符合引物引物过滤（将符合引物过滤条件的引物过滤掉）过滤条件的引物过滤掉） 3dimer:可形成可形成3端自我互补的碱基数端自我互补的碱基数 Hairpin stem:可形成发卡颈环结构的可形成发卡颈环结构的碱基数碱基数 PolyN:多聚碱基多聚碱基 3Uique:3端严格配对碱基数端严格配对碱基数 Primer-Primer:含义未知含义未知 All matches:引物互补配对百分数引物互补配对百分数 Consent
21、rations :浓度设定浓度设定 Product for hybridyzat: PCR产物用产物用于于Southern Blot 探针杂交探针杂交 216.PCR引物设计引物设计点击点击 按钮，出现下列对话框：按钮，出现下列对话框： 选择选项，点击选择选项，点击 按钮，出现按钮，出现: 227画质粒模式图画质粒模式图 我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。通过图功能，能满足我们的需要。通过Restriction
22、/Draw map 命令打开质粒绘图界面命令打开质粒绘图界面： 237 7画质粒模式图画质粒模式图将鼠标移动到圆圈上，等鼠将鼠标移动到圆圈上，等鼠标变形成标变形成“I”时，单击鼠标左时，单击鼠标左键，出现如下菜单：键，出现如下菜单： Position: 当前位置 Add Site: 添加酶切位点 Add Element: 添加要素 Add Text :添加文字 Insert Fragment: 插入片断 Copy Fragment: 复制片断 Cut Fragment:剪切片断 Remove Fragment:清除片断 Frame Thickness :边框线粗细调节点击 Add Site 选
23、项，出现如下对话框： 247 7画质粒模式图画质粒模式图Type :要素类型（共有三种类型，要素类型（共有三种类型，鼠标点击即可切换）鼠标点击即可切换） （c）olor/Pattern: 填充色（共有填充色（共有16种颜色供选择）种颜色供选择） Name: 要素名称要素名称 Start /End/Size:要素起点要素起点/终点终点/粗粗细度细度 点击点击Add Text选项，出现如下对选项，出现如下对话框：话框： 参数说明如下：参数说明如下： Name : 要添加的酶切位点要添加的酶切位点的名称的名称(例如例如HindIII) Position:位置（以碱基数表位置（以碱基数表示）示）点击点
24、击 Add Element选项，出选项，出现如下对话框现如下对话框： 257 7画质粒模式图画质粒模式图输入要添加的文字，点击输入要添加的文字，点击Font 按钮设置字体按钮设置字体和格式，选择和格式，选择Horizontal(水平显示水平显示)或或Vertical(垂直显示垂直显示)，点击，点击 按钮即可。按钮即可。 在绘图界面空白处，双击鼠标，出现：在绘图界面空白处，双击鼠标，出现： 通过此对话框，你可以完成各种添加项通过此对话框，你可以完成各种添加项目的操作，也可以修改已添加的项目。目的操作，也可以修改已添加的项目。 注意：注意： 你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来你可以通过鼠标双击质粒图上的项目来修改已添加的任何项目，可以通过鼠标修改已添加的任何项目，可以通过鼠标移动任何项目。你可以通过帮助文件获移动任何项目。你可以通过帮助文件获取更多信息。取更多信息。 267 7画质粒模式图画质粒模式图示例：示例：27
