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1、NCAF主主 要要 内内 容容 立立项背景背景 技技术方案与方案与实施施 项目主要目主要研究成果研究成果NCAF 项 目目 简 介介NCAF 简 介介农业部部农牧牧渔业种种质资源保存利用源保存利用项目目样品采集涉及全国品采集涉及全国21个省（市、自治区）个省（市、自治区）80多个多个乡、镇的保种的保种场和保和保护区，参加品种区，参加品种资料收集、料收集、调查工作的工作的单位达位达25个，参加人个，参加人员近近200人人NCAF立立 项 背背 景景NCAF 立立 项 背背 景景生物多生物多样性的保性的保护和利用是当今人和利用是当今人类环境与境与发展展领域的域的中心中心议题，而，而遗传多多样性又是
2、生物多性又是生物多样性中与人性中与人类关关系最密切的系最密切的组成部分成部分 我国我国拥有丰富的地方猪种有丰富的地方猪种遗传资源，但与源，但与发达国家相比达国家相比对地方猪种的地方猪种的遗传特性研究得不特性研究得不够深入，而且近年来深入，而且近年来地方猪种地方猪种遗传多多样性呈性呈现出日益出日益贫乏的不良迹象乏的不良迹象 我国地方猪品种我国地方猪品种间普遍存在着同种异名、同名异种等普遍存在着同种异名、同名异种等问题，造成保种效率低，保种，造成保种效率低，保种进程程缓慢慢NCAF 立立 项 目目 的的保种工作的保种工作的发展，主要依靠展，主要依靠对品种品种遗传特性的深入研特性的深入研究。没有研究
3、，就不能究。没有研究，就不能发掘潜在的宝掘潜在的宝贵遗传特性，保特性，保种工作就是消极的，没有意种工作就是消极的，没有意义的的借助借助现代分子生物学技代分子生物学技术，研究地方猪品种的，研究地方猪品种的遗传特特性和彼此性和彼此间的的亲缘关系，从保关系，从保护遗传多多样性的角度来性的角度来保保护和利用地方品种，和利用地方品种，为国家制国家制订有效的种有效的种质资源保源保护利用策略提供科学依据利用策略提供科学依据 NCAF技技术方案与方案与实施施NCAF 技技 术 方方 案案遗传距离用基因用基因频率的函数表示的群体率的函数表示的群体间遗传差异差异分析群体之分析群体之间的的遗传结构、确定品种（群体）
4、构、确定品种（群体）间亲缘关系关系远近近所用基因座位通常都是不受自然和人工所用基因座位通常都是不受自然和人工选择压力的座位力的座位(May, 1990)为畜禽品种畜禽品种资源的保存利用提供了客源的保存利用提供了客观标准准NCAF 技技 术 方方 案案研究群体以以中国猪品种志中国猪品种志(1986)中收中收录的地方猪种作的地方猪种作为研究的主要研究的主要对象，象，这些品种具些品种具备中国猪种的典型特中国猪种的典型特征，可征，可较全面地包含中国地方猪种的全面地包含中国地方猪种的遗传特性特性NCAF 技技 术 方方 案案品种品种选择依据依据中国猪品种志中国猪品种志所列品种，部分名称已所列品种，部分名
5、称已经合并的品种按照合并前的名称采集，同合并的品种按照合并前的名称采集，同时收收集集3个外源品种作个外源品种作为对照照采采样原原则随机抽随机抽样与典型群抽与典型群抽样相相结合，每品种数量合，每品种数量60头，公猪不少于，公猪不少于10%NCAF全国全国21个省（市、自治区、直个省（市、自治区、直辖市）市）样品采集地点分布示意品采集地点分布示意图表示地方猪种的采表示地方猪种的采样地点地点表示外源猪种的采表示外源猪种的采样地点地点NCAF 技技 术 方方 案案微微卫星和血液蛋白多星和血液蛋白多态性研究在探性研究在探讨品种品种遗传变异异及及亲缘关系等方面具有重要的关系等方面具有重要的应用价用价值微微
6、卫星星标记研究，采用研究，采用FAO-ISAG推荐的推荐的27对微微卫星星DNA引物，使研究引物，使研究结果具有全球通用性和可比性果具有全球通用性和可比性选用多用多态性性较为丰富的丰富的8个血液蛋白基因座位，作个血液蛋白基因座位，作为微微卫星星DNA多多态性研究的性研究的补充充NCAF 技技 术 方方 案案 微卫星简介也叫做也叫做简单重复序列重复序列呈共呈共显性性遗传由核心序列和由核心序列和侧翼序列构成翼序列构成FAO-ISAG将其推荐将其推荐为评估畜禽估畜禽遗传多多样性的性的首首选分子分子标记NCAF 技技 术 方方 案案微卫星等位基因分型 片段片段A： GAGAT (AC)n TCTAG
7、片段片段B： GAGAT (AC)m TCTAG 片段片段C： GAGAT (AC)k TCTAG . .NCAF27个猪微个猪微卫星座位名称星座位名称(FAO-ISAG)及所在染色体位置及所在染色体位置NCAF蛋白蛋白质多多态性性检测座位座位NCAF 数据数据统计分析分析等位基因等位基因频率率 (GenePop，Version3.1)遗传杂合度、多合度、多态信息含量信息含量遗传距离（距离（Dispan, 1993, DA和和DS）聚聚类分析（分析（UPGMA和和NJ法）法） 技技 术 方方 案案NCAF主要研究成果主要研究成果NCAF 主要研究成果主要研究成果完成完成26个微个微卫星和星和8
8、个血液蛋白基因座位的多个血液蛋白基因座位的多态性性研究，建立了一套完善的分子研究，建立了一套完善的分子标记检测技技术通通过对品种内和品种品种内和品种间遗传变异的分析，初步建异的分析，初步建立了立了60个猪品种的微个猪品种的微卫星星DNA标记和血液蛋白多和血液蛋白多态性的性的资料数据料数据库NCAF 主要研究成果主要研究成果血清蛋白多血清蛋白多态性的性的遗传变异异中国地方猪种的中国地方猪种的 8个血清蛋白座位均具有多个血清蛋白座位均具有多态性，分性，分别受受27个等位基因个等位基因调控，并且具控，并且具有一定的品种特征有一定的品种特征NCAF 部分血液蛋白基因座的部分血液蛋白基因座的电泳模泳模拟
9、图NCAF 主要研究成果主要研究成果微微卫星多星多态性的性的遗传变异异 地方猪种的等位基因数量非常丰富地方猪种的等位基因数量非常丰富 3个引个引进猪种与地方猪种的猪种与地方猪种的遗传距离很大距离很大 海海南南猪猪和和五五指指山山猪猪有有着着最最小小的的遗传距距离离。最最大大的的遗传距距离离出出现于于滨湖湖猪猪与与小小梅梅山山猪猪之之间。江江苏的的7个个猪猪种种之之间和和湖湖南南的的5个个猪猪种种之之间的的遗传距离距离较小小NCAF部分微部分微卫星座位的星座位的电泳分型泳分型图谱IGF1 玉山黑猪玉山黑猪NCAF金金华猪猪部分微部分微卫星座位的星座位的电泳分型泳分型图谱NCAF部分微部分微卫星座
10、位的星座位的电泳分型泳分型图谱NCAF部分微部分微卫星座位的星座位的电泳分型泳分型图谱NCAF部分微部分微卫星座位的星座位的电泳分型泳分型图谱NCAF微微卫星星标记的的DA/NJ聚聚类图NCAF 主要研究成果主要研究成果57个地方猪种在所研究的微个地方猪种在所研究的微卫星座位上具有星座位上具有61个个特有等位基因和特有等位基因和258个个优势等位基因以及一部分血等位基因以及一部分血液蛋白座位的液蛋白座位的优势等位基因，根据等位基因，根据这些等位基因些等位基因及其及其组合，合，结合生物合生物统计学方法可以开展地方猪学方法可以开展地方猪种的种种的种质鉴别工作工作NCAF 主要研究成果主要研究成果具
11、有特有等位基因和具有特有等位基因和/或或优势等位基因的典型品种是等位基因的典型品种是(括号里的数字分括号里的数字分别是等位基因及是等位基因及频率率)：民猪的民猪的SW24(91:0.08)、SW240(110:0.81)、SW72(100:0.54)东山猪的山猪的S0228(276:0.06)、SW951(125:0.97)、S0002(198:0.50)莱莱芜猪的猪的S0227(272:0.14)、Hpx3(0.5508)河套大耳猪的河套大耳猪的SW632(187:0.06)、Hpx1(0.8113)、 Hpx4(0.1038)阳新猪的阳新猪的Hpx2(0.9677)马身猪的身猪的Hpx1F
12、(0.6949)、Hpx2(0.2373)金金华猪的猪的Hpx2F(0.0648)等品种等品种NCAF 主要研究成果主要研究成果本研究本研究结果与其他研究果与其他研究结果的相同点：果的相同点：中梅山猪、小梅山猪之中梅山猪、小梅山猪之间，米猪与二花，米猪与二花脸猪、猪、沙沙乌头猪之猪之间的的亲缘关系很近，关系很近，这与与历史史记载相吻合相吻合江西省的地方猪种江西省的地方猪种间差差别很大，本研究支持很大，本研究支持2001年年江西畜禽品种志江西畜禽品种志的的观点，点，认为东乡猪与猪与乐平猪的平猪的亲缘关系关系较远NCAF 主要研究成果主要研究成果本研究本研究结果与其他研究果与其他研究结果的相同点果
13、的相同点通城猪、清平猪之通城猪、清平猪之间的的亲缘关系关系较近，同近，同为江海型江海型的阳新猪和二花的阳新猪和二花脸猪相距甚猪相距甚远，这与樊彬等与樊彬等（1999）的）的结论基本一致基本一致在猪品种志中，云南的富源大河猪和在猪品种志中，云南的富源大河猪和贵州的柯州的柯乐猪猪被划被划为一个品种一个品种乌金猪，在本研究中，二者的金猪，在本研究中，二者的亲缘关系也非常近关系也非常近湖南省的湖南省的5个猪品种之个猪品种之间的的亲缘关系关系较近，近，这与陶与陶钧（1992）等研究）等研究结果基本相同果基本相同NCAF 主主 要要 建建 议对比品种志的比品种志的结论，本，本项目提出了存在同名异种、同目提
14、出了存在同名异种、同种异名的品种，确定的依据是种异名的品种，确定的依据是Bootstrap抽抽样检验的可的可靠程度以及品种表靠程度以及品种表现特性的差异特性的差异 这些猪品种是：些猪品种是：嘉嘉兴黑猪黑猪应从太湖猪中划分出来从太湖猪中划分出来东乡猪与猪与乐平猪是不同品种平猪是不同品种鄂西黑猪与盆周山地猪是不同品种鄂西黑猪与盆周山地猪是不同品种东山猪从山猪从华中两中两头乌中分离出来中分离出来河套大耳猪、淮南猪、莱河套大耳猪、淮南猪、莱芜猪和猪和马身猪合称身猪合称为黄淮海黑黄淮海黑猪不妥，它猪不妥，它们是不同的品种是不同的品种富源大河猪和柯富源大河猪和柯乐猪可以合称猪可以合称为一个品种一个品种乌金猪金猪二花二花脸猪、中梅山猪、小梅山猪、米猪、沙猪、中梅山猪、小梅山猪、米猪、沙乌头猪可以猪可以合称合称为太湖猪太湖猪NCAF谢谢!
