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1、ceRNA的基本特征ceRNA的研究现状ceRNA的方案设计ceRNA的验证实验设计实例解读分享目录(ml)1第1页/共30页第一页，共31页。miRNA作用(zuyng)方式2第2页/共30页第二页，共31页。RNA和miRNA作用(zuyng)方式3RNAmiRNA：1对多；多对1；多对多第3页/共30页第三页，共31页。ceRNA的逻辑关系4ceRNA假说(jishu)（competitiveendogenousRNA，竞争性内源RNA）:共享miRNA结合位点的转录本会竞争性结合相同的miRNA第4页/共30页第四页，共31页。ceRNA机制(jzh)的生物学功能RNA转录本通过与编码
2、RNA竞争性的结合microRNA，从而稀释掉细胞内游离microRNA的浓度，降低microRNA对编码RNA的抑制(yzh)，进而提高目的基因的表达量5第5页/共30页第五页，共31页。ceRNA的种类(zhngli)6第6页/共30页第六页，共31页。ceRNA部分研究(ynji)结果7第7页/共30页第七页，共31页。ceRNA的国自然面上项目申请(shnqng)状况8第8页/共30页第八页，共31页。9ceRNA的课题申请(shnqng)状况第9页/共30页第九页，共31页。ceRNA的方案设计p ceRNA关系对的获取及基本qPCR分析(fnx)；p ceRNA关系对中各成分与疾病
3、相关性验证；p ceRNA关系对中的竞争性关系的验证；10第10页/共30页第十页，共31页。11ceRNA关系(gunx)对的获取第11页/共30页第十一页，共31页。12ceRNA的验证(ynzhng)试验（LncRNA为例）第12页/共30页第十二页，共31页。实例(shl)分享一：p LncRNA pagbc对miRNA的海绵调控(dio kn)作用促进胆囊肿瘤发生Wu X, Wang F, Li H, et al. LncRNAPAGBC acts as a microRNA sponge and promotes gallbladder tumorigenesisJ. Embo R
4、eports, 2017.（IF 8.568）高通量测序+qPCR验证(ynzhng)+LncRNA功能验证(ynzhng)13第13页/共30页第十三页，共31页。文献(wnxin)一技术路线14第14页/共30页第十四页，共31页。目的(md)LncRNA的确定p 高通量测序pLncRNA+miRNA测序：9对胆囊癌与癌旁组织p选取5条LncRNA在26对癌与癌旁组织进行(jnxng)qPCR验证p 构建lncRNA-PAGBC-mRNA的基因共表达模型 15第15页/共30页第十五页，共31页。目的(md)LncRNA的确定验证LncRNA-PAGBC在大样本中的表达在60个癌与癌旁组织
5、中进行(jnxng)lncRNA-PAGBC表达量的统计分析，证明lncRNA-PAGBC与癌症的相关性16第16页/共30页第十六页，共31页。目的(md)LncRNA的确定对77个病例进行关于lncRNA-PAGBC的生存(shngcn)分析对lncRNA-PAGBC进行(jnxng)两个细胞系中进行(jnxng)亚细胞定位17第17页/共30页第十七页，共31页。目的(md)LncRNA的确定p在胆囊癌细胞系（GBC、NOZ）中进行lncRNA PAGBC 沉默，分析(fnx)细胞增殖及裸鼠成瘤18第18页/共30页第十八页，共31页。目的(md)LncRNA的确定p在胆囊癌细胞系中进行
6、(jnxng)lncRNA PAGBC 过表达，分析癌细胞的迁移、侵袭和成瘤能力19第19页/共30页第十九页，共31页。LncRNAPAGBC的与miRNA关系(gun x)对确定p整合LncRNA与miRNA数据，预测出PAGBC的6条靶miRNAp选用双荧光素酶报告系统进行(jnxng)关系对验证（293T细胞、NOZ细胞） 20第20页/共30页第二十页，共31页。LncRNAPAGBC的靶基因(jyn)确定p结合miR-133b、miR-511靶基因预测以及篇首的高通量数据，推测出靶基因SOX4 和PIK3R3p癌细胞中分别转入(zhun r)LncRNAPAGBC的突变体（分别针对
7、miR-133b、miR-511结合位点）后，进行靶基因表达检测 21第21页/共30页第二十一页，共31页。LncRNAPAGBC的目的基因(jyn)确定癌细胞中分别(fnbi)转入LncRNAPAGBC的突变体、过表达+miRNA inhibitor、miRNA mimic，进行靶基因表达检测22第22页/共30页第二十二页，共31页。结论(jiln)1.通过高通量测序发现与胆囊癌相关的特定LncRNA，经过在病例中的检测初步筛选出目的LncRNA；2.沉默、过表达LncRNA在体内及体外的功能试验，验证出LncRNAPAGBC与胆囊癌细胞的增殖(zngzh)有关系；3.通过生信分析从Ln
8、cRNAPAGBC预测出6个靶miRNA中，通过体内、体外试验确定出其靶标miR-133b、miR-511；4.LncRNAPAGBC通过竞争性的与miR-133b、miR-511结合，促进SOX4 和PIK3R3表达升高，进而活化了AKT/mTOR通路；23第23页/共30页第二十三页，共31页。plncRNA HOTAIR在肾癌细胞中通过miR-217调节HIF-1/ Axl信号(xnho)途径p高通量测序+qPCR验证+LncRNA功能验证Quan H, Ou L, Wei Z, et al. LncRNA HOTAIR regulates HIF-1/AXL signaling thr
9、ough inhibition of miR-217 in renal cell carcinomaJ. Cell Death & Disease, 2017, 8(5):e2772.（IF 5.965）24实例(shl)分享二：第24页/共30页第二十四页，共31页。研究(ynji)路线25第25页/共30页第二十五页，共31页。p皮肤黑色素瘤中的竞争性内源RNA调控分子(fnz)机制p高通量测序+qPCR验证+circRNA功能验证pXu S, Jing S, Sheng Y, et al. Integrative analysis of competing endogenous RNA
10、network focusing on long noncoding RNA associated with progression of cutaneous melanomaJ. Cancer Medicine, 2018(8 Suppl). （IF 3.362）26实例(shl)分享三：第26页/共30页第二十六页，共31页。方案设计测序+qPCR：15W；IF：4分左右(zuyu)；功能试验：15-25W；IF：3-5分左右(zuyu)；测序+qPCR+功能试验：35-40W；IF：6-8分27第27页/共30页第二十七页，共31页。1.Salmena L, Poliseno L, Ta
11、y Y, et al. ceRNA hypothesis: The Rosetta Stone of a hidden RNA language?J. Cell, 2011, 146(3):353-8.2.Thomson D W, Dinger M E. Endogenous microRNA sponges: evidence and controversyJ. Nature Reviews Genetics, 2016, 17(5):272.28参考文献第28页/共30页第二十八页，共31页。29第29页/共30页第二十九页，共31页。30感谢您的观赏(gunshng)！第30页/共30页第三十页，共31页。内容(nirng)总结ceRNA的基本特征。多对多。对lncRNA-PAGBC进行两个细胞系中进行亚细胞定位。在胆囊癌细胞系（GBC、NOZ）中进行lncRNA PAGBC 沉默，分析细胞增殖及裸鼠成瘤。在胆囊癌细胞系中进行lncRNA PAGBC 过表达，分析癌细胞的迁移、侵袭和成瘤能力。整合LncRNA与miRNA数据，预测出PAGBC的6条靶miRNA。选用双荧光素酶报告系统进行关系(gun x)对验证（293T细胞、NOZ细胞）第三十一页，共31页。
