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1、1.将clustal排好的序列转成 MEGA格式MEGA4.0,1| o ire1MEGA 4.0.1rnranrn11rA4%VFile Data Distances Phylogeny Pattern Selection Alignment Windows Help刚M4 :Alignment EditoSelect an Option Create a new alignment1iX.E叩邑Tutorial on How to 匚詐 MIfl忙k hie to Mika住 a： dam fiCictnF MEGA tn oubltcatiorGo to the IEGA 窝曲 pa赛D
2、ata FileTitle广 Open a aved alignment( Retrieve sequences from a filey ok20:45:422打开MEGA格式的文件，点 PHYLOGENY要建BOOTSTRA脸验的树，如下图。有四种 建树方法，NJ, MP，ME，and UPGMA。后面以NJ为例。MEGA 4X)1百11 回 II3。点击NJ后如下图。点击绿色方格可以改变BOOTSTRAP中重复的次数（100）,GAP是pairwise还是complete deletion（一般选PAIRWISE）,适合你数据的替换模型（有M ODELTEST可以检验）。（一定要根据自己的数据来设这些值）4。一切就绪后，点击 COMPUTE结果如下，红圈中的数字就是bootstrap值，一般大于70%的枝认为比较有意义.5。如果有外类群，你可以直接点击你的外类群，得到有根树0 M4： TreeExploner (C:UseFile Image Subtree Vie日昌电融莎Original tree Ic9fpilace Root on Branch6。基本过程就是这样， MEGA还有其他一些功能，希望大家继续补充
