PDB数据库中查找蛋白质结构数据(参考资料)

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1、一、 PDB数据库中查找蛋白质结构数据1.http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.do输入内容:比如2DC32. 查找蛋白质结构,在检索框输入关键字或名称。二. 在线观看三维数据结构 4. 选择 3D view,可视化蛋白三维结构视图呈现。由于是远程计算机服务器进行图型构建,且数据量较大,需要较长的时间才能在窗口显示。5.蛋白结构显示的参数设定:自定义设定脚本选项:二、 下载三维数据文件1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。如图:选择Download Files。2确定下载的文件类型,一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。选择PDB File(Text).3. 用写字

2、板打开PDB文件,可以看到蛋白质数据库文件实质也是文本文件。4. 下载Pymol,并安装。点DOWNLOAD进入下载,选择windows版本,并安装(需要pay money)。或到此网站下载:http:/www.lfd.uci.edu/gohlke/pythonlibs/#pymol选择win32,1.7.1.1版本。并安装,需要python编程软件的支持,可从360软件管件直接安装。安装如图:使用详情参见教程,注意打开程序需要找到 python的安装目录:C:Python27PyMOL,找到PyMOL.exe文件,双击启动程序。打开2DC3.pdb或使用RasMol软件进行三维视图分析,步骤同上。1仅供借鉴

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