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1、微生物基因分型判定系统背景：分子生物学技术在近几年的快速发展和普及，使得微生物学判定得以挣脱传统生化鉴定方法的限制，跨入新的历史进度。较上世纪已经出现的生化判定法，鉴于分子生物学技术的微生物判定系统的优胜性主要表现为：可判定的种属范围均大大扩展；靠谱性和敏捷度明显提高；整体检测时间降低。ThermoFisher企业的MicroSEQ?自动微生物基因分型鉴定系统分型系统是当前技术最为成熟、应用最为宽泛的基因剖析判定系统，现已宽泛应用在药品、食品及工业微生物的判定剖析上，以下内容将对这一系统做更加全面的介绍。2015版药典中指出，测序是微生物判定的最后解说方法1. 在药品微生物判定领域的应用200
2、8年度全世界排名前25位的制药企业中，有22家企业已经将ThermoFisher企业的MicmSEQ?自动微生物基因剖析判定系统用于其平时微生物检测中。美国FDA在对生产无菌制剂和生物药品的指导性大纲工业指南用无菌工艺生产的无菌产品一现行GMP中更是明确提出“快速遗传种类测定方法被建议用于鉴识目的，由于这类方法已经证明比生物化学方法和表型技术更精准和正确。”除美国以外，澳大利亚、日本及欧盟的药典中也已明确介绍使用基因剖析的方法用于微生物的判定。2. 微生物判定基根源理:16SrRNA基因是伯杰氏手册(BergeyManual)细菌菌种分类的客观基础，也是DNA测序判定分型的基础。MicroSE
3、Q?微生物判定系统是特意为微生物测序分型所设计，联合最新的DNA测序技术、强盛的剖析软件，经过对细菌共有的16SrRNA基因进行自动化测序获取细菌判定结果；而关于真菌判定章经过对真菌26SrRNA基因上的D2基因片段进行测序。3. 检测平台：AppliedBiosystems?基因剖析仪以靠谱性和值得信任的结果为立足点。作为AppliedBiosystems?毛细管电泳(CE)基因剖析仪产品系列的最新成员，SeqStudio基因剖析仪相同基于这一理念，但同时又追求易用、易保护，易于存取和便于分享数据。其先进特征在于将Sanger测序和片段剖析的靠谱性，与远程监控和云应用便利性联合在一同。多功能
4、卡夹在最大程度上提高了平台的高效和便利。SeqStudio基因剖析仪采纳一种含有毛细管阵列、POP胶以及阳极缓冲液的多功能卡夹。该卡夹可插拔，并可在仪器上寄存达四个月之久。每个卡夹上均含有SeqStudio系统所特有的新式聚合物，无需从头配置即可进行Sanger测序和片段剖析。装备4道毛细管能够办理来自标准96孔板或8联管的样品。卡夹和阴极缓冲液容器均带有射频辨别(RFID)标签，可追踪两者各自在仪器上加样(卡夹)和寄存的时长(阴极缓冲液)。这一特征使科研人员能够利用同一台仪器，依据需要管理并使用自己的卡夹，进一步提高灵巧性。最后，SeqStudio基因剖析仪的保护工作也得到简化。仪器校准工作
5、经过成像和算法工具的先进功能自动化达成。SeqStudio仪器采纳紧凑的外观设计，同时配有机载计算机和一体触摸屏，能够快速、直观、灵巧的进行运转设置。运转软件经过特意配置，可在运转不中止的状况下，在同一块板上设置测序和片段剖析反响并在仪器上运转。比如，在同一次CE运转中，可将鉴于测序的位点突变挑选检测与鉴于片段剖析的CNV检测联合在一同。同时仪用具备无线连结功能。能够经过联机触摸屏，远程计算机和挪动设施APP操作仪器。只需能上网，就能随时随处地接见运转设置、反响板图、运转条件和剖析设置。加样条件、从头加样和从头调整加样序次可在运转时期调整，进而最大限度提高从每块板收集优良数据的能力。收集数据后
6、，鉴于网页阅读器的应用程序组合包(SangerQualityCheck、SangerVariantAnalysis和NextGenerationConfirmation(NGC)可轻松、方便地剖析数据。4. 产品性能：强盛的细菌和真菌判定功能：现有的配套数据库已成立2100种细菌和1114种真菌的的序列信息，此中已经包含非发酵性革兰阴性菌、杆状菌、棒状杆菌、分枝杆菌、葡萄球菌、放线菌等。全部录入的序列都经过考证以保证正确的判定结果。在现有数据库中，已经包含了制药生产环境和药品成品中已知的绝大多数细菌和真菌。用户还可以够将检测获取的数据与NCBI公共数据平台上的已知数据剖析比对。与此同时，用户也
7、能够将自己特有的菌种序列加入?数据库或许加入其余新的MicroSEQ序列，进而成立自己个性化的菌株序列文库。别的，由于该判定方法是鉴于核酸序列的剖析，不一样的微生物拥有不一样的核酸序列，所以跟着愈来愈多微生物物种的核酸序列被破解，判定范围能够无穷延长。判定成功率大大提高：传统的生化判定系统，判定成功的很重要前提之一是要保证微生物处于优秀的生长状态，由于只有生长状况优秀的微生物才能表现出典型的生化特色。所以，传统生化法常常需要很长的时间用于目的细菌的分别、修复，且生化法对难培育的细菌经常一筹莫展。但是，ThermoFisher企业的微生物判定系统是鉴于16srRNA核酸序列的剖析，关于每种细菌而
8、言，其高度守旧的16srRNA核酸序列不受生长条件和外在环境的限制，即便是难培养的细菌，也能保证获取优秀的判定结果。统计数据显示，使用ThermoFisher企业的MicroSEQ?微生物判定系统，判定失败率能够从传统生化判定方法的20%以上降落到2%以下。快速获取结果：获取细菌/真菌的单菌落伍，可在5小时内达成判定，这是传统的检测方法常常需要多日甚至更长时间才能达成的工作。别的，由于对微生物生长状态没有要求，在细菌培育时间上也比传统生化方法大大缩短。优秀的操作性：不需要任何菌种分类的知识，不需要进行革兰染色和生化检测就可以获取正确、高重复性的实验结果。操作简易，单菌落的挑取、DNA提取、PC
9、R扩增、测序反响、软件剖析几个简单的步骤即可获取微生物判定结果。功能强盛的应用软件：拥有微生物DNA测序和比对软件。MicroSEQ?ID软件自动将测序结果与MicroSEQ?微生物数据库中经过考证的序列进行比较，获取一个比较序列剖析结果最靠近的菌株清单。检测结果依据样本的遗传距离摆列，在显示屏上以种系发生树方式显示,特别方便认识物种间的亲缘关系。（拜见下列图）ThermoFisher微生物基因分型判定系统与Vitek2的对照剖析对照项目MicroSEQ微生物基因分型判定系统bioMerieuxVitek2微生物判定系统技术平台自动基因序列剖析约15种生化、代谢反响的汇总判定范围细菌：包含21
10、00种各样种类的细菌细菌：约600种，没法判定放线菌真菌：包含1114种真菌；霉菌、酵母菌均可真菌：能够判定约50种酵母菌，没法判定霉判定菌延展性：跟着数据库的增补，判定范围还在延展性：生化判定方法已经发展到平台期，不停扩展判定范围基本没有持续扩大的空间对样品的要求对菌的生长状态没有要求，即便是难培育的菌生长状态一定优秀，菌长势不好或难培育菌也能获取结果结果成功率及1.对制药行业常有的18个ATCC标准菌种判定正确度的正确性达到100%（参照文件：Alexander,R,etal.,NewTechnologiesForum6:RapidMethodsinMicrobiologyReport.E
11、uropeanPharmaceuticalReview,2,43-49,2003.）的菌会对检测结果造成影响1.30%-70%（参照文件：Alexander,R,etal.,NewTechnologiesForum6:RapidMethodsinMicrobiologyReport.EuropeanPharmaceuticalReview,2,43-49,2003.）2.只需能获取微生物DNA，就能获取结果2.只好判定活的微生物3.即便很少量样品序列在现有数据库中没法3.可能出现错误检测结果的状况，即可能将A找到般配结果，会提示NoID，不会出现菌判断为B菌WrongID4.杂菌混淆样会在显示
12、屏上显然辨出4.杂菌混淆样会扰乱检测结果，致使错误的结果5.关于水产品的检测，VITEK成效较差，可能由于水产品成分比较复杂，对鉴于酶联免疫的方法有扰乱。6.没法正确判定空肠曲折杆菌，在VITEK上只好判定出曲折杆菌属，要判定空弯，一定要配合其余生化试验系统开放程度支持成立个性化的菌株序列文库没有此功能即便现有数据库中没法找到般配结果，仍可以与NCBI平台上与新进研究进展比较序列信息，且能够在不一样实验室间共享和剖析检测时间培育时间：18-24小时总时间：53-120小时实验操作时间：5小时总时间：小于23-29小时对操作失误的可在实验过程中校订能否存在操作偏差实验半途没法判断实验过程中能否存
13、在操作响应错误实验成本检测成本由检测数目决定综合考虑检测时间、有时没法获取正确检测结果等要素带来的损失，实质高成本其余功能还可用于微生物溯源剖析。对药品污染事件不具备溯源剖析功能的溯源剖析很可能将成为药品看管的下一步没有AFLP，测序和SNP等更深入的微生物剖析工作内容功能能够做植物和微生物基因组的AFLP剖析以及能够做药敏试验，但药敏试验主要在医院，其余测序，片段剖析，SNP剖析等CDC等单位使用，药检部门无需此功能5. 一套完好和高效的微生物判定解决方案：关于实验室来说，怎样成立一套完好高效的微生物判定系统至关重要。这此中，既要考虑惯例检测所波及的简易性、适用性，也要考虑成立卓有成效的能解决困难样本的能力。怎样将这双方面的要求联合在一同，是最为重要的。利用MicroSEQ全自动微生物判定系统，不单能达成到种水平的判定，还可以够达成菌种分型以进前进一步溯源剖析。MLVA，AFLP
