免疫浸润：生信分析45肺癌思路分析

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1、免疫浸润：生信分析45肺癌思路分析生信论文的套路1.0NC0MINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；2. 临床标本从蛋白水平确认（或H PA数据库），很重要；3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；4. cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）；5.STRING 互作和 G0/KEGG 分析探讨可能的信号通路（机制 二）；6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征（机制三）。生信分析论文 45。该论文所使用到的生信数据库极为简单，只有 三个cBioportal, TIMER和TISIDB。作者在深入理解突变与肿瘤关系 的基础上，综合运用

2、纯数据库提供的数据，分析免疫浸润和 STK11 突 变对肺腺癌生存免疫治疗的影响，值得借鉴。其分析思路与我们以前 介绍的思路明显不同，但是明显分析得层次更深入。hiteima-hoiifl ImniunopfcimncolQjfy 抽（如20】Containfc lists ikbLe at SdnnfrDiwctInternational ImmunopharmacologyJournal hamepsge: www.bI iinmunc cell infiltration and worse prognosis after inuminoerapy for patients with lu

3、ng adenocarcinoma who harbored STK11 mutationHaiyong Warg Jun Guo1, Xiscling Shang , Zhehni Wang:,a rMportFwnl-hfrrof Mnfirinr Onc-olFST. ShmrfLiTf Crncrron if PvoMt 眉iPidsiH Hrrt MtdirrianiTAnxkn 瘾 AMkl SdnurAJincML滸 STK11特、雷WM( NSCLC) ss - LUSC)召罟牺艰酋關(a_arion frequency )。浣诩、滸fflSTK11为艰疔 (musrrion

4、)昔卅牺艰疔(wi_d (ype )ma-#、丼时fflwHsm、 规斟泊血斶酣麻述。BbKSTKllM ( muErrion )昔卅牺艰疔 (wi-d Type )mas)tt4ttfflwH、规洁 STK11 牺艰疔(muErrion ) ma-#TP53 、刮 kras 昔 keapi WHUmFPD-L1 Score (%)4? SS-Ah45-3-5n w=d typeTMB Score8 iS 35MLdGaflnnl w=d typo5pgQ44.fi%55.2%Smorang HisroryMUaHgEWpe-B Ma s 3 8 8pgEenII 老淨) HH8 STK11

5、0 s盘來醉。 wtfflSTK11 牺艰疔(muErrion )昔卅牺艰疔(wi-d (ype )m a-#、POL-州祥呉嘀，宰询牺焜( TMB ) STK11 牺 焜S盘來醉、斤併滸S血适厠麻郸。吸烟是肺癌的最重要病因。作者对吸烟做出详细的分类，探讨吸 烟与STK11突变之间的关系，发现曾经重度烟民(former heavy ), 目前重度烟民(current heavy )和目前吸烟1( current )患者中， STK11突变具有更高的比例。Be# CW-Vci CD*. TC+l hac叩伪* 阪祐诃gy“切MM 世时 ildtypfl P-0104.1P-iO.OCHL mo

6、s 器 口*7Ppa 0 Tka Nrarnihina iwll HFmnwuxd tunauHii CTTfl 1shrl u-； U ntmd n*rlMira A* rlw Inmmuii Mill tHbwaww luhMBan CTTin T mi irarlinn -&rwt wlftd nma nairlcHiM接下来，作者同时用TIMER和TISIDB两个免疫浸润分析数据路，对比分析STK11突变组(mutation )和未突变组(wild type )患者 的免疫浸润情况。发现突变组患者中免疫浸润减少，B细胞(P 0.01), CD8+细胞 cell (P 0.001), C

7、D4+细胞 cell (P 0.001),单核细 胞(Macrophage, P 0.001),中性粒细胞(Neutrophil, P 0.001 )和 树突状细胞 (Dendritic cell, P 0.001)，而且结果相互印证。A 求 jraMens -raNACIP= 005WIK typ& N-1475kAdnsururvl: 4H mgnlh?-krtMlinipLirutvl: 35 mqnlhfli100 200MenthawoIFig. 4. The surviv-al cuite hetwifen 1X11 mmlatinn nnd wild lypt* pMiurvt

8、去.A: Ihemniinl (liffrrEnce between SIX LI niiiilaliDn Jind wvild lype 卩 ntimlx munlj tripled最后，作者分析突变组和未突变组患者米用不同治疗手段治疗后 生存率的差异。结果显示，无论是手术、化疗和靶向治疗，还是免疫 治疗，STK11突变患者的生存率都更差。这篇生信论文的分析非常精致，值得学习。作者先从肿瘤中基因 突变的角度，深入探讨肺腺癌患者中 STK11 突变的比例，及其与肺癌 中常见基因突变的关系；然后从免疫治疗靶点的角度分析相关性，探 究免疫治疗与 STK11 突变潜在的联系，并从免疫浸润的角度分析可能 的原因；最后从突变与疗效相关性的角度给出表型（生存率）上的结 果。点赞这篇论文！