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1、第一章蛋白质的元素组成（克氏定氮法的基础）碳、氢、氧、氮、硫（C、H、O、N、S ）以及磷、铁、铜、锌、碘、硒蛋白质平均含氮量（N%）： 16%.蛋白质含量=含氮克数X6.25 （凯氏定氮法）基本组成单位氨基酸熟悉氨基酸的通式与结构特点 1. 20种AA中除Pro外，与羧基相连的a-碳原子上都有一个氨基，因而称a -氨 基酸。 2.不同的a-AA，其R侧链不同。氨基酸R侧链对蛋白质空间结构和理化性质有 重要影响。 3.除Gly的R侧链为H原子外，其他AA的a -碳原子都是不对称碳原子，可形成 不同的构型，因而具有旋光性。氨基酸分类P9按侧链的结构和理化性质可分为：非极性、疏水性氨基酸极性、中性
2、氨基酸酸性氨基酸碱性氨基酸等电点概念在某一溶液中，氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等，呈电中性，此时该溶液的pH值即为该氨基酸的等电点（isoelectric point，pI ）。紫外吸收性质含有共轭双键的芳香族氨基酸丁邛（色氨酸）,Tyr （酪氨酸）的最大吸收峰在280nm波长附 近。氨基酸成肽的连接方式两分子脱水缩合为二肽，肽键由10个以内氨基酸相连而成的肽称为寡肽。而更多的氨基酸相连而成的肽叫做多肽；多肽链有两端，其游离a-氨基的一端称氨基末端 或N-端，游离a-羧基的一端称为羧基末端或C-端。肽链中的氨基酸分子因脱水缩合而基团不全，被称为氨基酸残基。蛋白质就是由许多氨基酸残基
3、组成的多肽链。谷胱甘肽GSHGSH是由谷氨酸、半胱氨酸和甘氨酸组成的三肽。(1) 体内重要的还原剂 保护蛋白质和酶分子中的疏基免遭氧化，使蛋白质处与活性状态。(2) 谷胱甘肽的疏基作用可以与致癌剂或药物等结合，从而阻断这些化合物与DNA、RNA 或蛋白质结合，保护机体免遭毒性损害。蛋白质14级结构的定义及维系这些结构稳定的作用键蛋白质是氨基酸通过肽键相连形成的具有三维结构的生物大分子蛋白质的一级结构就是蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序。主要化学键是肽键，有的 还包含二硫键。蛋白质二级结构是指多肽链的主链骨架中若干肽单元，各自沿一定的轴盘旋或折叠，并以 氢键为主要次级键而形成的有规则或无规则的
4、构象，如a-螺旋、8-折叠、B-转角和无规 卷曲等。蛋白质二级结构一般不涉及氨基酸残基侧链的构象。二级结构的主要结构单位 肽单元(peptide unit)肽键与相邻的两个a -C原子所组成的 残基，称为肽单元、肽单位、肽平面或酰胺平面(amide plane)。它们均位于同一个平面上， 且两个a-C原子呈反式排列。二级结构的主要化学键氢键(hydrogen bond)蛋白质的三级结构是指多肽链在二级结构的基础上,由于氨基酸残基侧链R基的相互作用进 一步盘曲或折迭而形成的特定构象。也就是整条多肽链中所有原子或基团在三维空间的排 布位置。蛋白质三级结构的形成和稳定主要靠次级键，包括氢键、盐键、疏
5、水键以及范德 华力等。此外，某些蛋白质中二硫键也起着重要的作用。由两个或两个以上亚基之间彼此以非共价键相互作用形成的更为复杂的空间构象，称为蛋 白质的四级结构。亚基(subunit):由一条或几条多肽链缠绕形成的具有独立三级结构的蛋 白质。蛋白质二级结构的基本形式？重点掌握-螺旋、&折叠的概念a -螺旋(a -helix)8 -折叠(8 -pleated sheet)8 -转角(8 -turn or 8 -bend)无规卷曲(random coil)a -helix 多个肽平面通过Ca的旋转，相互之间紧密盘曲成稳固的右手螺旋。 主链螺旋上升，每3.6个氨基酸残基上升一圈，螺距0.54nm。肽平
6、面和螺旋长轴平行。 相邻两圈螺旋之间借肽键中羰基氧(C=O)和亚氨基氢(NH)形成许多链内氢键，即每 一个氨基酸残基中的亚氨基氢和前面相隔三个残基的羰基氧之间形成氢键，这是稳定 a -螺旋的主要化学键。 肽链中氨基酸残基侧链R基，分布在螺旋外侧，其形状、大小及电荷均会影响a一螺 旋的形成。B -pleated sheet 是肽链相当伸展的结构，肽平面之间折叠成锯齿状，相邻肽平面间呈110角。 依靠两条肽链或一条肽链内的两段肽链间的羰基氧与亚氨基氢形成氢键，使构象稳定。 也就是说，氢键是稳定B-折叠的主要化学键。 两段肽链可以是平行的，也可以是反平行的。即前者两条链从N端到C端是同方向的， 后者
7、是反方向的。B -折叠结构的形式十分多样，正、反平行还可以相互交替。平行的B - 折叠结构中，两个残基的间距为0.65nm；反平行的B-折叠结构，则间距为07nm。 氨基酸残基的侧链R基分布在片层的上方或下方。了解蛋白质一级结构与功能的关系一级结构师蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础。什么是蛋白质的变性？哪些因素可引起蛋白质的变性？变性蛋白质的性质发生了哪些变化？天然蛋白质在某些物理或化学因素作用下，其特定的空间结构被破坏，从而导致理化性质 改变和生物学活性的丧失，称为蛋白质的变性作用(denaturation)。溶解度降低、溶液的粘 滞度增高、不容易结晶、易被酶消化。变性主要是二硫键及非共
8、价键的断裂，并不涉及一级结构氨基酸序列的改变。第一章1、核酸的分类、元素组成和化学组成以及一些基本名词分类：脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid, DNA)，主要存在于细胞核内，是遗传信息的储存和 携带者，是遗传的物质基础。核糖核酸(ribonucleic acid, RNA)，主要分布在细胞质中，少量分布于细胞核，参与遗传信息表达的各过程。某些病毒RNA也可作为遗传信息的载体。高等生物的线粒体中存在着线粒体DNA和线粒体RNA。化学组成：戊糖核昔和脱氧核昔一一碱基核酸一一核昔酸磷酸碱基分为嘌吟和嘧啶。腺嘌吟A鸟嘌吟G 尿嘧啶U 胸腺嘧啶T 胞嘧啶C构成DNA的碱基有A G
9、 C T构成RNA的碱基有A G C U戊糖DNA中戊糖的为B-D-2-脱氧核糖RNA中的戊糖的为B -D-核糖2、核酸的一级结构和书写方式、连接方式定义核酸中核昔酸的排列顺序。由于核昔酸间的差异主要是碱基不同，所以也称为碱基序列。由于核酸分子具有方向性，规定它们的核昔酸或脱氧核昔酸的排列顺序和书写规则必须是 从5-末端到3-末端。3、Watson -Crick DNA双螺旋结构模型要点(1) 两条反向平行(走向相反，一条5一3，另一条3一5)的多核苷酸链围绕同一个中心轴 相互缠绕构成右手双螺旋结构。两条链均为右手螺旋。(2) 嘧啶与嘌吟碱位于双螺旋的内侧，磷酸与核糖在外侧，彼此通过3,5-磷
10、酸二酯键相连 接，形成DNA分子的骨架。碱基平面与纵轴垂直，糖环的平面与纵轴平行。(3) 双螺旋的直径为2nm。顺轴方向，每隔0.34nm有一个核苷酸，相邻两个核苷酸之间的 夹角为36。每一圈双螺旋有10对核昔酸，每圈高度为34nm。(4) 、两条链由碱基间的氢键相连。A与T配对，形成两个氢键。G与C配对，形成三个 氢键。所以GC之间的配对较为稳定。这种碱基之间相互配对称为碱基互补。根据碱基互补原则，当一条多核昔酸链的序列被确定以后，即可推知另一条互补链的序列。 由于碱基对排列的方向性，使得碱基对占据的空间是不对称的，所以双螺旋结构上有两 条螺形凹沟，一条较深，称为大沟(major groov
11、e)； 一条较浅，称为小沟(minor groove)。目 前认为沟状结构与蛋白质和DNA只见的相互识别有关。(6)维持DNA结构稳定的作用力主要是碱基堆积力和氢键。碱基有规律的堆积可以使碱基 之间发生缔合，这种作用力称为碱基堆积力。由于碱基的层层堆积，在DNA分子内部形成 一个疏水核心区，有助于氢键的形成。碱基堆积力维持DNA纵向稳定，而氢键维持DNA的 横向稳定。DNA构象有多态性：在不同的湿度和离子强度时，还可形成A、C、D、Z等各种构象。A-DNA：右手螺旋，螺距28nm，含11个碱基对。 Z-DNA:左手螺旋螺距4.5nm，含12个碱基对。因磷酸核糖骨架呈锯齿状排列，故称Z-DNA。
12、4、RNA的种类.结构特点及功能M (信使)RNA的结构与功能-细胞内含量较低、半衰期较短的一类RNA，但种类很多。- 真核生物在细胞核内最先合成的为hnRNA，经过剪接成为成熟的mRNA，并依靠某种特殊的机制转移到胞液中。- 功能：转录核内遗传信息DNA的碱基排列顺序，并携带到胞质，指导所合成的蛋白 质的氨基酸排列顺序。三联体密码（triplet code），密码子（coden）： mRNA分子上从5段AUG开始，每三个核昔酸为一组，决定肽链上的一个氨基酸。真核生物mRNA的特点5-末端的帽结构：m7G-5ppp5-Np，可以与CBPs结合3-末端的polyA结构:100-200个腺昔酸，每
13、10-20个碱基结合一个PABP功能：共同负责mRNA从核内向胞质的转位，mRNA的稳定性的维系以及翻译起始的 调控（包括与核蛋白体、翻译起始因子的结合）CBPs:帽结合蛋白；PABP:polyA结合蛋白。t （转运）RNA转运氨基酸到核糖体上，参与解译mRNA的遗传密码，合成蛋白质。特点：细胞内分子量最小的一类核酸种类很多含稀有碱基二级结构为“三叶草”的结构。三级结构呈倒L形。rRNA-细胞内含量最多的RNA，占细胞内RNA总量的80%以上。rRNA不能单独行使功能，必须与蛋白质结合后形成核糖体，作为蛋白质合成的场 所。DNA的变性、夏性在某些理化因素（温度、pH值、有机溶剂和尿素等）的作用
14、下，维持DNA双螺旋结 构的作用力氢键和碱基堆积力被破坏，形成无规线团状分子，从而引起核酸理化性质和 生物学功能的改变。变性并不涉及核昔酸间共价键的断裂，因此变性作用并不引起核酸 分子量的降低。变性的DNA在适当的条件下，两条彼此分开的DNA单链重新缔合成为双螺旋结构的 过程。它是变性的逆过程。第三章1、酶的概念及酶促反应的特点酶由活细胞合成的一类具有生物活化性的有机物包括蛋白质和核酸。特点：（1）极高的催化效率活化能就是底物分子从初态转变到活化态所需的能量。酶能大大降低反应的活化能，使更 多的底物转变为活化分子，反应速度加快。（2）高度的特异性1. 绝对特异性：作用于一种底物。（如脲酶等）。
15、2. 相对特异性：作用于一类底物或一种化学键（如酯酶、胰蛋白酶等）。3. 立体异构特异性（如乳酸脱氢酶、延胡索酸酶等）。（3）酶活性的可调节性酶活性的调节分为酶的变构调节和酶的化学修饰调节酶含量调节一一改变酶蛋白合成与降解速度缓慢调节（4）酶的高度不稳定性能使蛋白质变性的理化因素如强酸、强碱、重金属盐、高温、紫外线、X射线等均可影响 酶活性，甚至使酶完全失活。酶催化作用一般需要比较温和的条件，如常温、常压、接近 中性的pH值等。酶的活性中心、必需基团的概念。酶的活性中心就是酶分子在三维结构上比较靠近的少数几个氨基酸残基或残基上某些基团 构成的特定的空间构象，是酶与底物结合并发挥其催化作用的部位，所以一般处于酶分子表 面或缝隙中。酶活性中心及活性中心以外对于维持酶的活性有重要作用的一些化学基团称为酶的必需基 团。有些基团虽然不参加酶的活性中心的组成，但为维持酶活性中心应有的空间构象所必 需，这些基团是酶的活性中心以外的必需基团。常见的必需基团有组氨酸的咪唑基、丝氨 酸的羟基、半胱氨酸的巯基等
