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1、VASP学习教程XX理工大学量子化学课题组2012/5/25第一章Linux命令11.1 常用命令11.1.1 浏览目录11.1.2 浏览文件11.1.3 目录操作11.1.4 文件操作11.1.5 系统信息1第二章SSH软件使用22.1 软件界面22.2 SSHtransfer的应用32.2.1 文件传输32.2.2 简单应用3第三章VASP的四个输入文件33.1 INCAR33.2 KPOINTS53.3 POSCAR53.4 POTCAR7第四章实例74.1 模型的构建74.2 VASP计算104.2.1 参数测试114.2.2 晶胞优化（Cu）184.2.3 Cu（100外表的能量19
2、4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的构造优化214.2.5 CO吸附于Cu100外表H位244.2.6 H吸附于Cu100外表H位264.2.7 CHO吸附于Cu100外表B位284.2.8 CO和H共吸附于Cu100外表294.2.9 过渡态计算31第一章Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd:进入某个目录。如：cd/home/songluzhi/vasp/CH4cd.上一层目录；cd/根目录；ls:显示目录下的文件。注：输入目录名时，可只输入前3个字母，按Tab键补全。1.1.2 浏览文件cat:显示文件内容。如：catINCAR如果文件较大，可用：catINCAR|mo
3、re（可以按上下键查看）合并文件：catABC（A和B的内容合并，A在前，B在后）1.1.3 目录操作mkdir：建立目录；rmdir：删除目录。如：mkdirT-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm：删除文件；vi:编辑文件；cp：拷贝文件mv:移动文件；pwd:显示当前路径。如：rmINCARrma*（删除以a开头的所有文件）rm-rfabc（强制删除文件abc）tar：解压缩文件。压缩文件？rardf:分区占用大小。如：df-hdu:各级目录的大小。top：运行的任务。psax查看详细任务。kill:杀死任务。如：kill12058杀死PID为12058的任务注：PID为top命令
4、的第一列数字。第二章SSH软件使用2.1软件界面SSH界面SSHtransfer2.2SSHtransfe的应用1.1 .1文件传输从本地文件中，把所需的计算文件直接拖到效劳器中。一般就是VASP计算的四个文件INCAR,KPOINTS,POSCAR,POTCAR。1.2 .2简单应用在右侧文件夹中可以直接构建文件夹，删除文件，修改文件。从SSH要cd到某个文件夹下时，可先从SSHtransfer入，直接复制路径栏，可快速进入。第三章VASP的四个输入文件3.1INCARSYSTEM=nameENCUT = 400PREC = MediumEDIFF = 5E-4EDIFFG = -0.1GG
5、A = 91VOSKWN = 1ISYM = 0LREAL = .FALSE.ISPIN = 2ISTART = 0ICHARG = 2ISMEAR = 2SIGMA = 0.1IBRION = 2ISIF = 2NSW = 200POTIM = 0.05NELMIN = 4NELM = 200LWAVE = .FALSE.!磁性计算!对称0无1有!倒空间!2磁性计算1不进展!0初次计算，1再次计算!2构造原子密度!-5半导体；DOS静态计算0;原胞较大，k点小于4，单个原子，小分子；12金属体系。!1DIIS,2CG,5频率，3过渡态!2构造优化，3晶胞优化!离子运动步数!步长!最小迭代次数
6、!最多迭代次数!不输出波函数LCHARG=.FALSE.!不输出密度函数1.3 KPOINTS对于外表surface0M551000对于分子和原子atomormolcular1Rec00011.4 POSCARCH4在Co10O表Top位的吸附！（名称）1.05.01200008390.00000000000.00000000000.00000000005.01200008390.00000000000.00000000000.000000000015.3159999847CoHC164SDirect0.0000000000.0000000000.108070001TTT0.000000000
7、0.0000000000.333149999TTT0.2500000000.2500000000.000000000FFF0.2500100140.2500000000.225119993TTT0.5000000000.0000000000.108060002TTT0.5000000000.0000000000.333149999TTT0.7500000000.2500000000.000000000FFF0.7499899860.2500000000.225119993TTT0.0000000000.5000000000.108070001TTT0.0000000000.5000000000
8、.333139986TTT0.2500000000.7500000000.000000000FFF0.2500100140.7500000000.225130007TTT0.5000000000.5000000000.108070001TTT0.5000000000.5000000000.333149999TTT0.7500000000.7500000000.000000000FFF0.7499899860.7500000000.225119993TTT0.5000799890.5014299750.451510012TTT0.2928200070.5022199750.546630025TT
9、T0.6018900280.6809200050.546850026TTT0.6020900010.3238700030.547209978TTT0.4992400110.5021299720.523060024TTT1.5 POTCAR从鹰势库中找到所需元素的鹰势文件，命名规那么为：POTCAR-C(元素)。把这几个文件放到一个文件夹下，按照前面POSCAR中的元素顺序合并在一起。命令为：catPOTCAR-CoPOTCAR-HPOTCAR-CPOTCAR第四章实例CO+HCHOCu(100)4.1 模型的构建过程：首先通过MS构建好所需模型，导出为*.cif格式；导入到Vesta程序中，输
10、出为*vaspo根据前面所讲的POSCAR格式修改，得到所需文件。图解：1 .创立MS文件：2.导入Cu晶胞3 ： import Demil me nt回同 tp Cu强找南国CD.最后近可丽应点面害能W 二 mEi trcjl.msi j算匚r,mi 国NmH20LD/P/22 872010/9/22 8072010/5/2.2 8i72010/22 8l27.ElIt si2010/*/：2Sl：72O1D/S/2287WQLQ倒葭8邛7?0L0/t/j;R：272010/5/22627Ld.msi2O1O/Q/2287剧|i文件名四：|打开里京小型Ct)|c01mg第Mnmiirtic1
11、FM写作f诂：素art.取者军茹西|口eurwrt;7Mt*hrpomd*0米垢丁也用卬口叩仍旧3 .导出为Cif格式翻开File-export,保存类型为*.cif,保存在指定位置4 .通过Vesta导出为*.vasp直接把Cu.cif拖至Uvest刑序中，翻开File-ExportData.,保存类型为*vasp,保存在指定位置。ExportData爵i，苣机(D：j卜.5.用写字板翻开Cu.vasp根据所需要求修改Cu.vasp这里不需要修改。在吸附外表时那么需要固定,见33CIFfile1.03.61470007900.00000000000.0000000000Cu4Direct0.
12、0000000000.0000000000.5000000000.5000000000.00000000003.61470007900.00000000000.00000000000.00000000003.61470007904.2VASP计算0.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.0000000000.5000000000.5000000000.0000000004.2.1参数测试VASP参数设置这里给出了鹰势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。是都要验证吗？还是只要验证其中一些？一、检验赝势的好坏：赝势的好坏这里是特意举例铜原子
13、的吧？还是算铜的晶胞时只用算一下一个铜原子的就行?一方法：对单个原子进展计算；二要求：1、对称性和自旋极化均采用默认值；2、 ENCUT要足够大；3、 原胞的大小要足够大，一般设置为15?足矣，对某些元素还可以取得更小一些。三以计算单个Cu原子为例：1、INCAR文件：SYSTEM=CuatomENCUT=450.00eVNELMDL=5ISMEAR=0SIGMA=0.12、POSCAR文件：atom10.001.000.000.000.001.000.000.000.001.00Cu1Direct0.50.50.53、 KPOINTS文件：Automatic0Gamma1110004、 POTCAR文件：略四计算任务执行方法：输入：mpirun-np4vasplog&五势好的判断标准：计算得到的OUTCAR文件中的“energywithoutentropy能量值在-0.001-0.01eV之间。命令：grepenergywithoutentropyOUTCAR|tail-1计算结果为：root249FP#grepenergywithoutentropy*OUICARItall-1energywithoutentropy三-0.0045S64Senergy(sigma-0)=-0.02042430rootncd249EPt|二、
