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1、怎样用 seqman 看测序结果1打开seqman软件，点file,点New，点2弹出新的对话框，点.sembleAdd Sequences Set EndsOTrim Endm 口匚 ipti 口占 口|找到测序文件所在文件夹，在文件类型中选中，选中四个测序结果Achl：_8_ (0503-93 )FP_F04105001ET8G AchE_8_ (0503-94 )RP_D04105CI01ET8G I AchE._9_ (0503-93 )FF_G04105001ET9G，点“打开”，再点 done。3再点Assemble。软件就会自动拼装序列。4，加入我们已知的参考序列（就是NCBI下
2、下来的那个）。点菜单栏的sequence 中的Add One,找到参考序列所在文件夹，单击它（这里我命名的叫Amplification product）。打开。就谈加了一个参考序列。5，双击，弹出框框。102030405060Tr；iiislate ConsensusHlC1iE_8_ i： 0 503-94 ：i RP_D 0 4_11050 0167 8 G. 11： 1 261) kcliEI i：0503-94：i RPE口匸丄 105001679G.吐丄(15266)tuiplif icat.ion produet. s已q i： 1293：ilcliE_8_ i：0503-93)
3、FP_F04_l 1050016780.吐丄(1259) * rAcliEsI i：0503-93) Fpgi匸丄丄l5llMG吐丄(15266：l *丁TH CTGGTjkjkTikTGGGTCTGTGGGATCikGGCTCTGGCTCTi： jkGikTGGCTCjkGGG卫J：已丄 C GC GGC GGC 1TTCCTGGTAATATGGGTCTGTGGGATCAGGCTCTGGCTCTCAGATGGCTCAGGGACAACGCGGCGGC I TTCCTGGTAATATGGGTCTGTGGGATCAGGCTCTGGCTCTCAGATGGCTCAGGGACAACGCGGCGGC IT
4、CCTGGTAATATGGGTCTGTGGGATCAGGCTCTGGCTCTCAGATGGCTCAGGGACAACGCGGCGGC 1CTG-CT-T-AGATGGCTCAGGGAC-ACGCGGCGGC 1GATGGCTCAGGGAC-ACGCGGCGGC看到小灰色箭头了吗，每个都单击一下。就会出现以下详细资料。10：306i：i反向测序 的后端P TtSOJUltg P CDJU亡HJUhrACHE_8_ 10503-9) RP_DO4_LLO5DD16 73&u ab2 (L261 J LAeJiE_9_ |05D3-Eifl)RP_E口lLLDGISCU EihJL ( L屈己E E
5、)参考序列xj41j.C3.tLc2E9 J ITTCT 關加TATC 唱 GTCTFTGGGA兀正向测序 的前端r-AchE_9_ 10503-93) F_GOLLOiDOi b 旧G abi d：L&-26 b j TI CT&- CT- - -iJGrGGCTCALHj&LC-ACGCGGC &KCTTCGG.lGGCGI 站TGGrr跟GKAG-MHGMG&Ci；丁TCGGiSGE红色峰代表T,蓝色代表C，绿色代表A,黑色代表G。大部分的峰是清晰比如这样的峰。但是有小部分的峰是不清楚的，比如这样的 峰。清晰的峰可以判断这个碱基，但是不清晰的峰我们一般不判断，就省略过去， 因为不清晰的峰
6、不大可信。这里要提一点的是，华大小规模测序用的是 SANGER 法，这种方法有个弊端就 是靠近引物一端的大约 20-50个碱基的峰图是可能不清楚，之后的才很清晰。 我说这个话，其实可以通过图里就能反映出来。注意看上面两个，第一个是 8 号PCR产物的反向测序，第二个是9号PCR产物的反向测序（就是由后引物那 边测过来的）。第三、第四个分别是8号、9号个体的正向测序。那我们来看看反向测序的情况是否看到，反向测序的开头和之前正向测序的开头也一样呢？也是开始的地方不 清楚。这是必然的。那个参考序列在中间。我们可以看到凡是能判断的序列，和参考序列是 99.99%一致的。说明，我们扩增出来的PCR产物是可信的，就是预期的片段位置。
