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1、分子生物学笔记第一章 基因的结构第一节 基因和基因组一、基因(gene)是合成一种功能蛋白或RNA分子所必须的全部DNA序列.一个典型的真核基因包括1编码序列外显子(exon)2插入外显子之间的非编码序列内合子(intron)35-端和3-端非翻译区(UTR) 调控序列(可位于上述三种序列中)绝大多数真核基因是断裂基因(split-gene)，外显子不连续。二、基因组(genome)一特定生物体的整套(单倍体)遗传物质的总和，基因组的大小用全部DNA的碱基对总数表示。人基因组3X1 09(30亿bp)，共编码约10万个基因。每种真核生物的单倍体基因组中的全部DNA量称为C值，与进化的复杂性并不
2、一致(C-value Paradox)。人类基因组计划（human genome project, HGP）基因组学（genomics）,结构基因组学（structural genomics）和功能基因组学（functional genomics）。蛋白质组（proteome）和蛋白质组学（proteomics）第二节 真核生物基因组一、真核生物基因组的特点: ，1真核基因组DNA在细胞核内处于以核小体为基本单位的染色体结构中.2真核基因组中，编码序列只占整个基因组的很小部分(23)，二、真核基因组中DNA序列的分类 ?(一)高度重复序列(重复次数lO5)卫星DNA(Satellite DNA
3、)(二)中度重复序列1.中度重复序列的特点1重复单位序列相似，但不完全一样，2散在分布于基因组中.3序列的长度和拷贝数非常不均一，中度重复序列一般具有种属特异性，可作为DNA标记.中度重复序列可能是转座元件(返座子)，2.中度重复序列的分类1长散在重复序列(long interspersed repeated segments.) LINES2短散在重复序列(Short interspersed repeated segments) SINESSINES:长度105.如人Alu序列LINEs:长度1000bp(可达7Kb),拷贝数104-105，如人LINEl(三)单拷贝序列(Unique S
4、equence)包括大多数编码蛋白质的结构基因和基因间间隔序列，三、基因家族(gene family)一组功能相似且核苷酸序列具有同源性的基因.可能由某一共同祖先基因(ancestral gene)经重复(duplication)和突变产生。基因家族的特点:1基因家族的成员可以串联排列在一起，形成基因簇(gene cluster)或串联重复基因(tandemly repeated genes)，如rRNA、tRNA和组蛋白的基因；2有些基因家族的成员也可位于不同的染色体上，如珠蛋白基因；3有些成员不产生有功能的基因产物，这种基因称为假基因 (Pseudogene).a1表示与a1相似的假基因.
5、假基因分类。加工过的假基因(processed pseudogene)。典型的基因家族1.tRNA基因 单倍体人基因组中1300个tRNA基因，tRNA基因簇.2.rRNA基因l00copy.rRNA基因簇(重复单元28S、18S、5.8s-rRNA)3.组蛋白基因30-40copy.定位:7q32-q36组蛋白基因簇(重复单位:H1，H2A，H2B，H3、H4)特点:无intron，Poly(A)- RNA. 4.珠蛋白基因类:16p13，基因簇(24Kb):51213类:11p15，基因簇(60Kb):5 GrAr3四、超基因家族(Supergene family ，Superfamily
6、)由基因家族和单基因组成的大基因家族，结构上有程度不等的同源性，但功能不同.五、人类基因组中的重复序列标记1、A1u序列单倍体人基因组50万-100万拷贝，平均每隔3-6Kb就有一个Alu序列，人A1u序列长300bp:2X130bp重复序列； +31bp间隔序列(中间)；两侧7-21bp正向重复(direct repeats)，返座子?Alu序列广泛散布于人基因组，约90%巳克隆的人基因合有Alu序列Alu序列标志。2、可变数串联重复 ? ， ?Variable number tamdem repeat， VNTR.又称小卫星DNA(minisatellite DNA)由短重复单位(6-40
7、bp)串联重复(6-100次以上)而成，多位于基因的非编码区，广泛分布。VNTR多态性分子标记DNA指纹图（fingerprint）.小卫星DNA突变与肿瘤，H-Ras。3、短串联重复（short tandem repeat,STR）又称微卫星DNA（microstallite DNA）2-6个核苷酸组成的重复单位串联重复(10-60次),两侧为特异的单拷贝序列，人基因组中每l0kb DNA序列至少一个STR序列。CA)n，50，000-100，000拷贝.新一代遗传标记，人类基因组研究，肿瘤，遗传病.第三节 线粒体基因组人线粒体基因组的特点:1、人线粒体基因组为16，569bp的双链闭环分子
8、，一条链为重链(H链)，一条链为轻链(L链)，两条链均有编码功能，每个mtDNA分于编码13种蛋白质和24种结构RNA(22rRNA，2tRNA).2、线粒体DNA为母系遗传.3、结构基因不含内含子，部分区域有基因重叠，因此病理性mtDNA突变更易发生.4、mtDNA突变频率更高.5、线粒体DNA突变的表型表达与核DNA不同。第四节 细菌和病毒基因组一、细菌基因组的特点。1.功能相关的几个结构基因往往串联在起，受它们上游的共同调控区控制，形成操纵子结构，2.结构基因中没有内含子，也无重叠现象。3.细菌DNA大部分为编码序列。二、病毒基因组的特点1.每种病毒只有一种核酸，或者DNA，或者RNA；
9、2.病毒核酸大小差别很大，3X103一3X106bp；3.除逆病毒外，所有病毒基因都是单拷贝的。4.大部份病毒核酸是由一条双链或单链分子(RNA或DNA)，仅少数RNA病毒由几个核酸片段组成. 5.真核病毒基因有内含子，而噬菌体（感染细菌的病毒）基因中无内含子.6.有重叠基因.第五节 染色质和染色体细胞分裂间期染色质(chromatin)分裂期染色体(chromosome)一、染色质的基本单位核小体(一)核小体(nucleosome)结构DNA绕在组蛋白八聚体(H2A、H2B、H3、H4各一对)核心外1.8周(146bp),形成核小体核心颗粒。两个核小体核心颗粒之间有Linker DNA(0-
10、80bp)，核小体核心颗粒+Linker=核小体(长180-210bp)核小 体DNA Ladder.(二)组蛋白(histone):一类小的带有丰富正电荷富含Lys，Arg)的核蛋白，与DNA有高亲和力.组蛋白分类:1.核小体核心组蛋白，H2A，H2B，H3，H4。分子量较小(102-135aa)作用:盘绕DNA形成核小体 。2.H1组蛋白:较大(220aa)，作用:与Linker DNA结合后利于核小体稳定和更高级结构的形成? 。二、染色质的高级结构1、30nm染色质纤丝 ，2、袢环结构(looped domain) 。3、细胞分裂期染色体分裂期染色体=一对姐妹染色单体（Chromatid
11、)有丝分裂中期46条染色体按大小和形状排列的的光学显微镜图像称为人的染色体核型(Karyotype)三、染色体的结构要素 。(一).着丝粒（centromere):细胞分裂时染色体与仿锤丝相连结的部位，为染色体的正常分离所必需。 (二).端粒(telomere):真核生物线状染色体分子末端的DNA区域端粒DNA的特点:1、由富含G的简单串联重复序列组成(长达数kb).人的端粒DNA重复序列:TTAGGC。2、端粒的末端都有一条12-16碱基的单链3端突出。端粒的作用:防止DNA末端降解，保证染色体的稳定性和功能（三）、复制原点 第二章 DNA的复制、修复和重组第一节 DNA的复制(DNA Re
12、plication)一、DNA复制的基本特性1. 半保留性(Semi-Conservative)Meselson-Stahl实验2. 双向复制(一般)复制起始点(origin)+两侧复制叉=复制单位(复制子, Replicon)3.半不连续性(Semi-discontinuous)前导链(leading strand)-连续合成随从链(Lagging Strand)-不连续,由岗崎片段(okazaki fragment)连接而成.二、DNA复制必需的成份(真核生物)1.染色体DNA复制必需三种核苷酸序列1复制起点2着丝粒3端粒.2. RNA引物(RNA Primer)一般8-14nt.带游离3
13、-OH末端.3.参加DNA复制的主要酶和蛋白质1 DNA聚合酶(DNA Polymerase)真核DNA复制的主要酶DNA Pol a/.功能:从5-3方向延伸与模板互补的子代链.2引发酶(Primase)与其他多种蛋白组成多蛋白复合体-引发体(Primosome).催化RNA引物合成和复制起始.3DNA连接酶(DNA Ligase)催化一个双链DNA的5磷酸与另一双链DNA的3-OH形成磷酸二酯键.DNA解链酶(DNA Helicase),打开DNA双链.增殖细胞核抗原(Proliferating cell nuclear antigen.PCNA)辅助催化前导链合成.端粒酶(Telomer
14、ase)末端复制问题。 端粒酶负责染色体末端(端粒)复制,是由RNA和蛋白质组成的核糖核蛋白.其中的RNA成分是端粒复制的模板.(因此端粒是逆转录酶)作用:维持端粒长度.端粒酶活性可用基于PCR的“TRAP”（Telomerase repeat amplification protocol）法测定（Kim,N et al.,science,266,2011-2014(1994)端粒与细胞寿命。端粒、端粒酶与肿瘤的关系:绝大多数恶性肿瘤具有端粒酶活性但端粒缩短，但也有约5%的肿瘤无端粒酶活性且端粒较长。端粒酶作为新的肿瘤标志和肿瘤治疗靶点.第二节 DNA修复（DNA repair）DNA修复是维
15、持基因组完整性的重要机制，在保护基因组避免发生可能导致肿瘤或遗传疾病的突变中起关键的作用。引起DNA损伤的因素:1、 细胞内源性损伤因素:DNA复制错误；自发损伤包括碱基互变异构、碱基脱氨（CU、AI）和碱基丢失等；氧化代谢副产物如活性氧物质（Reactive oxygen species，ROS）的攻击等。2、 环境中的损伤因素:辐射（含紫外线、X射线）产生胸腺嘧啶二聚体；化学致癌物（氧化脱氨，烷化剂或代谢活化物如苯并芘、黄曲霉素等产生碱基加合物）一、碱基切除修复(Base excision repair、BER)该途径中最关键的是必须通过一种糖苷酶(glycosylase)先除去变异碱基(如被氧化、烷基化或脱氨的碱基)，该糖苷酶催化连接损伤碱基与脱氧核糖之间的糖苷键水解，释放游离碱基并在DNA中产生一个去碱基位点，然后由去嘌呤/去嘧啶(AP)核酸内切酶、D
