MS中各种操作.doc

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1、XY平面内平移选定的对象 SHIFT + 鼠标中间拖动XY平面内平移选定的对象 SHIFT + ALT + 鼠标右键拖动相对屏幕水平移动选定对象 SHIFT + X +鼠标中间拖动相对屏幕竖直移动选定对象 SHIFT + Y +鼠标中间拖动相对屏幕垂直移动选定对象 SHIFT + Z +鼠标中间拖动相对屏幕水平移动选定对象 SHIFT + ALT- 鼠标水平移动相对屏幕竖直移动选定对象 SHIFT + ALT- 鼠标竖直移动相对屏幕垂直移动选定对象 SHIFT + ALT- Z鼠标移动沿着XY轴旋转选定对象 SHIFT + 鼠标右键在靠近窗口中央拖动沿着Z轴旋转选定对象 SHIFT + 鼠标右

2、键窗口边缘拖动绕X轴旋转选定对象 SHIFT + X +鼠标右键拖动Rotate selected objects about Y SHIFT + Y +鼠标右键拖动Rotate selected objects about Z SHIFT + Z +鼠标右键拖动开始添加原子 空白处单击鼠标在已有原子上再加原子 在原子上单击创建化学键 先后单击这两个原子XY 方向平移原子 单击原子并拖动。合并两个原子 把一个拖到另一个上移动已画原子 鼠标拖动它前后移动已画的原子 ALT + 鼠标左键拖动改变已画化学键的长度 SHIFT + ALT +鼠标左键拖动添加原子并停止草画 左键双击停止草画 ESC停止

3、草画 单击活动窗口以外地方改变化学键的数目 单击化学键在化学键中插入原子 ALT + 单击化学键替换元素 ALT +单击原子画原子团片断功能 按键建立独立原子团 空白处单击向原子上添加原子团 单击头上的原子添加原子团并旋转 在头上原子单击并拖动结合两个原子团片断 ALT +分别单击两个原子团头上的原子改变原子团结合点 双击原子团头上的原子建模时加入杂原子的方法方法一:用鼠标点上将要被取代得原子(点上后原子颜色将变成黄色),在窗口的右边属性栏中,将会显示这个原子的相关属性,并告诉你这个原子的元素种类(比方是Al 吧),然后点这个元素种类Al,将出现一个元素周期表,选择你要掺杂得原子,确定就可以了

4、!方法二:建立完没有掺杂的晶胞后,选supercell,然后再选择要替换的原子,进行掺杂.如果不把晶胞的对称性改为supercell就不能改变其中的一个原子,而是由于对称性把同一元素的所以原子改变了采用DMOL3建模的基本步骤第一种情况: 从程序自带的各种晶体及有机模型中导入体系的晶胞打开MS,由fileimportstructuresmetalspure-metalsFe导入Fe的晶胞。由build Surfaces cleave Surfaces打开对话框。在对话框中输入要建立的晶面(hkl),选择 position,其中depth 控制晶面层数。进入buildSupercell,输入A

5、、B 、C的值,得到想要的超晶胞。到该步骤,我们已经建立了一个周期性的超晶胞。如果要做周期性计算,则应选择buildCrystalsbuild vaccum slab,其中真空层通常选择10 埃以上。如果建立团簇模型则选择buildSymmetryNon-periodicStructure,去掉模型的周期性,并跟据自己的实际需要删除部分原子,得到想要的团簇模型。在表面插入分子时通过菜单栏上的几个小图标添加即可。第二种情况: 手动建模,优点是可控制晶格常数。首先从文献中查到晶体的晶格常数的实验值。打开buildCrystalsbuildcrystals,可见到对话框。在对话框中选择空间群与点群,

6、然后在Lattice Parameter中设置晶胞基矢的长度及夹角。然后打开buildAdd atom,从对话框中输入坐标。这里只需输入几个有代表性的原子的坐标,不必全部输入。在坐标输入前首先在option页面中选择coordinate system,或者分数坐标或者卡迪尔坐标。以下步骤重复2-5步。需要注意的是,采取什么样的团簇并不是任意的。原因是很多模型构造出来后在优化过程中往往不收敛。要避免这个问题的办法是查阅文献,参考文献上模型进行选取,因为它们的模型通常是经过试验证实收敛的。关于计算参数设置1. 主要有几个参数需要注意,对于Electronic 页面,需要注意的是Coretreatment,对于过渡金属原子通常需要考虑相对论效应,因此一般不使用AllElectron方法。其他几种方法任选。Basis set 应为DNP,Setup下的Quality一般选fine。为了提高计算速度,一个较好的办法是先用粗糙的Basis set 和Quality进行优化,然后再提高精度。2. 还有一个非常重要的选项是ElectronicMoreSCF里的Use smearing。这个关键字有助于加快收敛,但是设的多大往往会产生错误的结果,它也相当于允许的误差范围。具体设置办法可参考help。

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