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1、附录:准备一种DB文献作为同源性建模模板同源建模的基本原理是,你映射的一种未知的蛋白质序列一种已知蛋白质的构造。因此,如果你没有已知的蛋白质，或模板,你将无法建立模型。模板的共同来源是蛋白质在构造生物信息学研究的实验室数据银行(目的）。该网站RCSB是HTTP：/。or 。蛋白质数据库(PDB）也许是世界上领先的公共源三维生物分子数据（1)。截至七月,超过3700项可在PD。每月均有更多的人加入。射线衍射仪和其他固态技术占大多数的构造。然而,超过550的核磁共振构造还可用。这些沉积的构造涉及蛋白质,肽，核酸，碳水化合物，这些分子的配合物。在发现工作室环境中工作的这些分子是一种核心的过程给你的建
2、模工作。这个练习如何准备一种PDB文献作为一种模板同源建模项目。你将在课程中学习如何：加载文献直接从蛋白质数据银行，生产和检查蛋白质报告，清除晶体单元电池,分裂分子，删除不需要的组件，和保存已完毕的文献。1、开始发现工作室我们必须有发现工作室开始行使。推出发现工作室客户端,如果它没有运营。如果发现工作室已经在运营,从窗口菜单，选择关闭所有命令如果提示保存任何分子或数据,请选择“不”。、加载DB文献 目前,我们将直接从目的通过iscoerStdo界面加载DB文献。 注意：文献|打开网址命令只会获得文献通过网络连接一种数据库服务器。如果连接不也许返回错误。检查你的导师或系统管理员,如果一种连接是可
3、从您的车间位置。从文献下拉菜单，选择命令打开网址。在对话框中,网址应当是指目的网站。更换与1t64U的最后四个字。点击打开按钮。 如果一种PB不能连接,所需的文献中的数据文献是可用的目录1t4_rginlpdb。在D窗口中显示的构造是两人HC蛋白的晶体构造在复杂的克制剂,68个晶体的水，和几种离子。克制剂是曲古抑菌素A,一种较好的研究组蛋白去乙酰化酶克制剂（2）。从“视图”菜单中选择“层次”命令。注意层次视图中组件的分布。我们将重新安排组件为了以便工作的构造。3、检查蛋白质报告在进一步理解蛋白质,我们应当花一点时间来看看有什么。一种迅速的措施完毕这项任务是使用蛋白质报告。 在蛋白质报告和公用事
4、业工具面板,去蛋白质信息部分,然后点击蛋白质报告命令。 这将一种文本文档总结核心信息的HTML窗口打开64蛋白构造。正如我们有多种分子在视图中,该报告从一种分子列表。 滚动下来的报告,你会注意到,一方面有2条链，一种和B。 此外，尚有其她的构象和缺失的残基，这两个链。尚有更多链中的问题的残留量比在乙链。进一步向下滚动，你会看到有几种配体和离子涉及在构造和晶体的水。 根据数据的报告,我们可以得出结论,乙链是一种更好的模板比连锁。但我们要清晰我们几种非原子以及。4、删除单元电池晶体单元单元在分子力学计算中的意义不大。有时它只是更容易删除单元电池。从构造的菜单，选择水晶细胞pllright菜单。选择
5、删除单元格命令。请注意，在层次视图中的更改为单元单元格信息被删除。扩大对象t6验证蛋白质和水分子仍然存在。5、拆分分子系统的构成部分这个文献是由多种部分构成的。我们可以通过层次构造查看组件其她练习窗口。然而，我们事实上可以分开的组件的PDB文献更快的分割命令。访问工具浏览器。然后访问蛋白质报告和公用事业工具。找分裂工具组。列出了三个选项,并将在一种瞬间描述。单击所有命令。注旨在层次视图中的更改。PDB文献的四个构成部分已隔离到单独的对象四的成分是蛋白质（1t64_a和1t4_b）,配体(1t4_nonpein），和结晶水（1t6ate)。拆分命令的三个选项容许在如何解决对象的操作中有一定的灵活
6、性。所有打出的层次构造视图中所有链和非蛋白构造为独立的对象，并列出每个氨基酸序列为序列单独序列。蛋白打出所有的蛋白链构造为独立的对象层次构造中的每个视图和列表的氨基酸序列为序列单独序列。非蛋白打出配体，如为单独的对象的水域在层次视图其她非蛋白构造和列表的任何非蛋白多肽序列在序列视图分离的序列。6、除去水对于这次演习，我们将删除晶体的水分子。有几种措施水可以被移除。在这种状况下,当我们拆分系统和开发新的层次，我们将使用层次视图。在层次视图中，选择进入1t4_wate。输入应选择在两个层次视图和三维窗口。点击键盘上的删除键。从两个层次视图和三维窗口中的水分子被删除。7、除去配位体和离子无论是配位体
7、，也没有离子所需的我们的同源性建模实验。因此我们可以删除它们。在层次视图中,选择进入1t64_nonprotei。点击键盘上的删除键。从两个层次视图和三维窗口中除去的配位体和离子分子。、删除一种蛋白质单位双蛋白链在本单位细胞中显示。然而，只有一种将需要作为模板。一种人的意志,将取决于个体链的质量。在这种状况下,我们在蛋白质报告中看到,有更多的残留物与问题（缺少的原子和替代的构象)，因此，我们将保存只有乙链。在层次视图中，选择进入1t4_a。点击键盘上的删除键。只有乙链仍然可见。、清洁蛋白质发现工作室可以自动完毕所需的任务,以合适的准备一种蛋白质能量计算。在进行清洁操作之前,我们可以指定操作通过
8、偏好对话框进行。从“编辑”菜单中选择“首选项”命令。在“首选项”对话框中,展开“蛋白质公用事业”页。选择干净的蛋白质页面。在这一点上,我们有几种可供选择的选项。这些选项将共同解决也许在D文献存在的问题。例如,X射线晶体构造一般会没有氢原子，因此必须添加。此外,链端必须设立对的的化学物质和残留的残留的原子必须放置。描述的选项下面。对的问题非原则名称检查原子名称与否符合原则如果需要的话，她们的名字和改正。障碍（保存一种设立)检查无序原子和保存第一套。不完整的残基 增长了缺失的侧链原子的氨基酸。这操作不会填充缺少的循环区域。所需的PH值容许的可离子化的氨基的质子化状态酸和末端被控制使用原则的Ka值。
9、质子化状态之后的任何修改的氢调通过下列选项总站。氢如果修改氢选检查，氢会增长按需要。所有的氢原子：添加所有氢原子。只有那些极性氢:氢原子也许会参与氢键将加入。无氢：没有添加氢原子。总站如果修改总站选项被选中,然后总站将被添加或删除,如。固定连接和键订单保证氨基酸有对的的键秩序。此选项将不会影响非原则氨基酸或配体。目前我们将设立干净的蛋白质偏好。打开喜好如图1所示（在下一页）。单击“拟定”按钮偏好对话框并返回到三维窗口。 目前，我们事实上可以把蛋白质清洗干净。在层次视图中，选择进入t6_A图：清洁蛋白偏好板访问工具浏览器。然后访问蛋白质报告和公用事业工具。单击“干净”命令。 几分钟后,蛋白质构造
10、，是目前在三维窗口的变化。最值得注意的是氢原子目前加入到构造中。其她操作也已执行也如完毕一种缺失的残基和校正原子名。10、拯救新的复杂我们将保存这种蛋白质用于后来的使用。保证三维窗口是活动的。点击“适合屏幕”按钮。从文献下拉菜单,选择“另存为”命令。对象名称输入名称1t64。保证类型的文献：参数设立为查看（。MSV)。单击“保存”按钮。11、完毕课程关上发现工作室的所有窗口。从“窗口”菜单中选择“关闭”命令。或者，你可以简朴地退出发现工作室。如果规定保存任何数据，请选择No。 有了这个教训,我们采用了由多种分子实体PDB文献。我们有打破这些分子构成和重组她们的需要。然后我们保存构造。使用发现工
11、作室的同源建模,我们需要尽我们的严格进行能量计算时。因此，它是没有必要的类型的分子，以只要我们不做一种能量计算。同源建模只需要一种有效的蛋白质构造为模板,这就是我们在这里所做的。Referenes: 1 mn HM，Wtbroo J, ng , Gilliln G， BhtTN, etal T Proten DtaBank. ucleic AsRes ： 2. Yoshida M,Kija M, it ， Bpp T.190. Pent anpic inibitionof amalan itoe dectyla boh in viv ad n vtro by trchsttin A Biol
12、Che 65: 174 5：174手在练习:序列搜索课程1：爆炸搜索在-组蛋白赖氨酸的氨基乙酰化具体发挥核心作转录和基因调控(11)。乙酰基的清除是通过，组蛋白去乙酰化酶（HDAC），deactyt核小体组蛋白。近来，克制剂组蛋白去乙酰化酶已拟定诱导生长克制、分化和凋亡癌细胞死亡(9），因此具有一定的药物潜力。然而,有HDACs的几类;和，在每个基因的体既有明显作用(7)。开发类HA克制剂是一种方略被用于抗癌的发展药物。为了设计这些特异性克制剂,对不同的目的酶的构造将所需。然而,而不是等待晶体构造,工作已经开始发明HDs同源模型()。在王和同事的研究中,同源模型建立了四个I类组蛋白去乙酰化酶克
13、制剂的结合模式探讨。我们在这个工作坊中使用这项工作作为练习的基本。在开始任何同源建模实验之前,你必须要有一种同源蛋白建立您的模型。发现工作室提供访问爆炸和PSI-BLAT搜索蛋白质序列数据库。爆炸搜索被用来辨认目的序列的近同源序列(1）。反复LAST搜索用于辨认更遥远的同系物（2)。在本教程中,您将运营一种序列的BT搜索人类组蛋白去乙酰化酶（HDAC1)在PDB数据库中找到同源序列。我们会用点击来协助拟定一种合适的模板建立HDA同源模型。完毕这门课之后,你会很熟悉: 从外部来源阅读到发现工作室的序列, 使用爆炸合同进行搜索,并 加载和分析所获得的点击量。1、获得目的序列注意：如果你的互联网连接
14、和浏览器可在您的指引,请检查训练场地。如果没有,一种准备好的文献可供行使。我们将开始获得我们的目的或未知构造的序列。在你的电脑上启动您的互联网浏览器。输入网址htp:/www.ncbinih.gov/ataba去NCBI数据库。在搜索框中，变化Entre蛋白质。然后输入enank登录号q1357。点击去进行搜索。 你会看到人类组蛋白去乙酰化酶HDAC1的入口(4)。该项的格式为无法装入发现工作室。我们必须变化格式。更改显示设立TA。HDAC的序列是目前显示在FASTA格式或皮尔森（12),可阅读发现工作室。ATA格式是一种常用的简朴的SCII文本文献转移序列。但是，我们需要把这个序列插入一种文献中。接下来的显示设立下拉菜单标记发送到。更改发送到参数文献。下一步是依赖于特定的浏览器和设立。因此,指令是相称普遍。一种对话框应当问你想做的文献。选择保存。如果提示一种文献名,输入sequencs.asta。如果提示一种位置,选择桌面。保存文献。该文献将保存在您的桌面上。如果您有麻烦定位或下载该文献，不关怀。序列在车间的数据文献是可用的,一般在数据文献桌面上的文献夹。此外，尚有无数的地方，我们可以得到的序列。例如，我们可以使用Aclrs GG（俗称威斯康星州包)和搜索数据库。或者我们可以去其她的数据库，如互联网上可用SWIS-PROT(HTTP:/
