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1、一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具1 在线信息数据库部分ChemSpider小分子信息整合数据库：http:/简介：是当前众多的在线分子数据库的信息整合，便于用户搜索，数据来自200种数据库。根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索，会列出分子平面结构、实验测定和实时估算的理化性质（含LogP等）、毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等，某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。 SDBS光谱数据库：http:/riodb
2、01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi简介：很好的有机化合物光谱数据库，包含六类光谱：EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物，其中以商业化学试剂为主，约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的，并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。生物核磁共振数据库：http:/bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基组数据库：http:/www.tcm.ph
3、y.cam.ac.uk/mdt26/crystal.htmlTURBOMOLE程序基组数据库：http:/bases.turbo- 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB)：http:/cccbdb.nist.gov简介：此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果，也包含实验数据。可用来对比不同方法计算结果优劣，此数据库内容在不断增加。 量化频率计算校正因子：http:/cccbdb.nist.gov/vibscale.asp简介：实际上就是CCCBDB的一个子页面，比较重要故单独列出。IUPAC金属络合物稳定常数数据库：http:/www.acadsoft.co.
4、uk注：需要付费，可免费下载试用版。 NIST化学数据库：http:/webbook.nist.gov/chemistry简介：是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件，可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息，部分分子包含3D结构。RESP ESP charge DDataBase(REDDB)：http:/q4md-forcefieldtools.org/REDDB/index.php简介：分子的RESP电荷的数据库Uppsala Electron Density Server：http:/eds.bmc.uu.se/eds简介：用于评价蛋
5、白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID（比如1cbs）进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图，注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。 上海有机所化学专业数据库：http:/202.127.145.134/scdb/default.htm简介：十分有用的数据库，免费注册。可获得分子的红外、质谱谱图、结构、物化性质、毒性、生物活性以及相关反应等。还包括中英互译、药品名称检索等功能。 EMSL基组数据库：https:/bse.pnl.gov/bse/portalClarkson大学相对论有效势数据库：http
6、:/people.clarkson.edu/pac/reps.html含重原子全电子STO基组数据库：http:/ Raman、FT-NMR字样，就可以进入察看，没有则说明此化合物无光谱数据。也可以获得化合物的一些物性数据，但不全面。基本物理常数数据库：http:/physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html简介；可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系，如hartree-eV百奥知识数据库：http:/ protein resource)：http:/www.uniprot.org简介：整合了Swiss-Prot、TrEMBL、PIR三个数据库，
7、可以得到蛋白质序列、相关文献、人工（有黄色五角星标识）或机器自动生成的注释、所属分类、蛋白质序列特征等丰富信息。还可以进行序列对比、BLAST搜索。BioPath.Explore：http:/www.molecular- Wiki：http:/pdbwiki.org/index.php/Main_Page简介：基于PDB数据库，对蛋白质进行了简单分类，访问者可以给每个蛋白添加注释。=2 结构数据库部分Yoshida的富勒烯结构库：http:/www.cochem2.tutkie.tut.ac.jp/Fuller/Fuller.html简介：提供很多富勒烯、碳纳米管等结构的图片，可在线观看三维结
8、构。可以下载到C60C100的富勒烯结构文件。这些cc1后缀的结构可以直接在Nanotube Modeler里打开。纳米管、纳米锥、富勒烯的VRML库：http:/ ICSD无机晶体数据库：http:/icsd.ill.fr/icsd/index.php简介：免费在线提供部分晶体结构信息及cif文件。 NDB核酸数据库：http:/ndbserver.rutgers.edu简介：根据NDB ID，获得核酸坐标文件、出处等信息，类似RCSB蛋白质数据库。PDBbind-CN：http:/ ID等信息，可以下载其Mini-PDB文件，也就是PDB结构文件中只包含金属与配体的那一小段结构，可以直接在
9、线浏览其3D结构。sc-PDB：http:/bioinfo-pharma.u-strasbg.fr/scPDB简介：收集了PDB数据库中含有可以为药物结合的位点的蛋白。可根据配体、蛋白、结合方式为特征进行搜索。 RCSB PDB数据库：http:/www.rcsb.org/pdb/home/home.doHPDB蛋白质数据库：http:/简介：河北大学的蛋白质数据库，可通过此库间接下载到RCSB蛋白质数据库的文件。有中文PDB文件格式的介绍，比较有用，还有另外一介绍蛋白质的些文章。 ZINC化合物虚拟筛选数据库：http:/zinc.docking.org/index.shtml简介：根据自定
10、义的化合物的性质，在800万种以上可买到的产品中进行筛选。可以下载到结构文件。 PubChem：http:/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov简介：NCBI下属的小分子数据库，包括化合物、物质、生物活性三大数据库，含上千万条目并不断增加。可通过分子结构、名称、分子式、分子量、XLogP、氢键信息方式查询。可以得到分子的简介、化学结构、XLogP（自动计算）、同义词、生物活性、毒性、药理学信息及分类、SMILE和InChI/key字符串、相似化合物、2D的SDF文件。一些结构还有3D SDF结构文件，进入条目后可在页面最下面点SDF按钮保存，可被一些软件直接读取，如ChemBio3
11、D。是一个很有用的获得小分子三维结构的方法。SuperNature天然产物数据库：http:/bioinformatics.charite.de/supernatural简介：几万种天然产物数据库，可通过名称、结构、相似度、LogP、分子量、分子式等信息搜索，也可以绘制结构或根据结构模版搜索，可在线观看结构，并获得净电荷、偶极矩、手形中心数目、可旋转键数目、氢键受/配体等信息。蛋白质pKa数据库(PPD)：http:/www.jenner.ac.uk/PPD蛋白质分类数据库(CATH)：http:/www.cathdb.info简介：其中结构来自PDB数据库，半自动地对每个结构根据二级结构、形状、拓扑、同源性进行了分类，可以根据这些特点进行分类查询。蛋白质结构分类数据库(SCOP)：http:/scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop简介：和CATH的功能类似，包含几万个蛋白质结构。但是是人工对每个蛋白结构进行分类，比CATH的分类更为合理。结构分类基于四个层次：class、fold、superfamily、family。结构相似蛋白质家族数据库(FSSP)：http:/srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-page+LibInfo+-id+5Ti2u1RffMj+-lib+FSSP简介：
