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1、乙醇能够消除核酸的水化层，使带负电荷的磷酸基团暴露出来。Na之类的平衡离子能够与这些带电基团结合，在沉淀形成部位降低多核苷酸链之间的排斥作用。因此只有在阳离子的量足以中和暴露的磷酸残基的电荷时才会发生乙醇沉淀。最常用的阳离子：（1）醋酸铵 ：贮存液 10。0mol/L 终浓度 2。02。5mol/L常用于减少多余的杂质（如DNTP及多糖）与核酸的共沉淀。例如在2mol/L醋酸铵存在的情况下连续两次DNA沉淀可从DNA制品中除去99的dNTP。在通过琼脂糖酶消化琼脂糖之后沉淀核酸时，使用醋酸铵也是最佳选择，这种阳离子可以减少寡糖消化产物共沉淀的可能性。然而若用沉淀的核酸进行磷酸化时，就不要用醋酸
2、铵沉淀核酸，因为铵离子能够抑制T4噬菌体多核苷酸激酶。（2）氯化锂：贮存液 8。0mol/L 终浓度 0。8mol/L常用于需高浓度乙醇进行的沉淀（如沉淀RNA）。LiCl在乙醇溶液中的溶解度很高而且不随核酸共沉淀。小分子RNA（如tRNA及5S RNA）在高离子强度下（没有乙醇时）是可溶的，而大分子RNA则不溶。可以利用这个差异在高浓度LiCl（0。8mol/L)中纯化大分子RNA。（3）氯化钠：贮存液 5。0mol/L 终浓度 0。2 mol/L（0。2 mol/L）用于DNA样品中存在SDS时。这种去污剂在70乙醇中仍为可溶。（4）醋酸钠：贮存液 3。0mol/L（ph5。2） 终浓度 0。3 mol/L（0。3mol/L，ph5。2）在DNA和RNA的常规沉淀中最为常用。
