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当靶序列被转录和延伸到剪接催化物领域的时候，在开始的时间段内剪接复合物都会结合到 内含子和外显子上。整个剪接反应都是共转录，在转录终止和转录物释放前，剪接复合物和 剪接催化物都必须存在。或者，一些或全部剪接因子复合物可以与转录共同地存在，但是剪 接催化物本身要在转炉开始后才能存在。mRNA前体剪接共转录似乎是长的哺乳动物基因 的一般规则。在原核生物，比如酵母，内含子比较短，尚不清楚它的机制是什么，尽管有一 些研究支持这些剪接复合物成分也存在于原核生物中。在大多数情况下去除内含子似乎是转 录后的加工，只有在有相对较长的下游外显子序列的基因中，内含子才有可能在转录产物释 放前优先去除。从这些研究的出的信息来看，剪接因子的共转录复合物大部分是优先形成的，但是完成 共转录内含子的去除不是相应的优先的，它依赖于转录和剪接的特殊动力学。换句话说，选 择性的作用力有利于共转录剪接作用于相关的剪接因子上（这些剪接因子可以看做是“同意 剪接”），而不是作用于剪接催化物本身。这些可能不适用于其他的RNA加工过程，比如加 帽、断裂和聚腺苷化，在这些过程中剪接因子复合物，涉及到的酶以及催化物似乎都是共转 录。尽管剪接共转录是偶联的先决条件，但是并不必然要两个时间同时发生。
