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1、精选优质文档-倾情为你奉上常用生物软件大汇总序列综合分析Vector NTI Suite 8.0不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据-分析-结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。Vector NT
2、I Suite 还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定-分析-结果三步调用。l 3DMol-显示PDB格式分子的三维结构l Align X-序列相似性比较l Align Xblocks-序列局部完全相同比较l ContigExpress-将小片段拼装成长序列l GCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式l PubMed/Entrez Search-搜索PubMed、PDB、GenBankl Back Translation-核酸-蛋白-核酸反向翻译的工具l Matrix Editor-矩阵数据编辑l Tools Manager-连接其他程序和网络连接
3、的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。DNAStar5.03即著名的Lasergene Suite,由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protean SeqMan II七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。Omiga 2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga 2.0中都能找到;而且界面非常友
4、好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(Proteolytic Sites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键,用户可以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅
5、读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。DS gene :Omiga 2.0的换代产品,accelrys公司Discovery studio系列,accelrys 公司的insight II,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DS gene 是GCG的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器
6、相连。由于受到vector NTI 的界面影响,DS gene 与Omiga 2.0相比界面有了很大的改变。DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能,足可满足一般实验室的要求。在DOS时代,DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件,因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。DNASIS MAX
7、1.0 DNASIS 2.5的更新换代产品。综合序列分析软件,体积比上一个版本一下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。DNATools 5.1 与Omiga, DNAsis, PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。DNATools设计的用户友好、强壮,以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好,能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时(通过寻找常用序列格式的特征,会显示这个文件的文本形式,以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列,编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNATools格式时(DNA或寡核苷酸序
8、列,程序不加注解的载入序列,程序模式调整成可以接受载入的数据类型(蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列。在一个项目中可以加入几千个序列或引物,并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列,而不必通过它们的文件名。Bioedit一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。该软件有一个简单亲切的界面,集成其他已经很有效果的序列比对软件。另外该软件还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单,但却又很强的可充性,可以自由整合许多软件,例如viewtree.Jellyfish 2.1 只水母不简单,可以用来进行DNA翻译,序列排
9、队比较,限制酶消化,提交序列进行BLAST,研究项目管理等。操作十分简单,只需拖动与点击便可。Genetools Genebio公司的核酸序列分析软件,虽然不及vect NTI 和DS gene 强大,它具有repeat /vect find 使其他分析软件所不具有的,值得一提的是该软件具有的CpG island分析。DNAMAN 限制酶分析,引物设计,对排(aligment,翻译,数据库操作,Blast,序列装配(Sequence assembly.易学易用,操作方便。十一、数据统计类软件SAS世界排名第一,专业性极强,能做各种统计,是FDA唯一批准有效的统计软件。但人机对话不方便,主要是类
10、似DOS下的命令操作,最新的8.0版本,稍有改进,鼠标操作性较好,若今后能进一步改进操作的话,其应用将大大广泛。是专业统计人员的首选软件。SPSS,世界排名第二,最新版本11.01,其特点:功能强大,易于操作,简单明了,人机对话方便,数据库接口丰富,最新SPSS可以读出SAS数据,是业余人员的首选。最新版本纠正以往的不稳定、运行速度慢的缺点。11.0运行速度是 10.0的十倍以上,主要原因是SPSS公司将原有的内核全部更换了。但SPSS分为不同版本,如basic 版、standard版和advance版。许多复杂的统计功能只在advance版中才出现,如复杂多元相关、神经网络统计,而前两版中许
11、多复杂统计并没有(可能为了便于安装使用吧,11.0的basic版约60M,standard约110M-150M,而高级版本则几百M。象SAS完成安装则达6张CD!因而绝大多数人不可能使用它全部功能。因而常规建议是SPSS+origin6.0一个统计,一个作图,而且二者数据可以通用,效果很好!statisitic:最新10.0,运行速度最快,模块化操作,不同统计数据有不同界面风格,使用方便,目前国内有很多用户。但其知名度在前二者之下,对一般用户可以考虑选用。Origin 7.0 是一个非常有名并且易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件,各种期刊上的统计图,几乎都是出自他的手笔。以上的软
12、件过于强大,下面是一些小巧易用的数据统计作图,更适合生物学的数据分析:GraphPad Prism著名的数据处理软件,用来进行生物学统计、曲线拟合以及作图。短小而功能齐全。SigmaPlot 2002 著名的绘图和数据分析软件包可以根据各种数据,绘制精确的两维或三维曲线,可以自由定制各数据轴的特性,并能进行数据的各种统计分析。进行一般的生物类数据处理作图,功能足以。Simstat 一个易于使用的智能统计软件尤其适合对统计知识了解不多的人使用,它具有一个“专家系统”,引导你对数据进行统计分析。可与SigmaPlot结合生成高质量数据图。CurveExpert ELISA标准曲线拟合、及其它各种有
13、关的实验数据分析,都可以应用CurveExpert进行数据分析。它使用非常方便,可以说是实验数据处理的圣手,并且可以生成漂亮的曲线应用到论文之中。十二、文献管理reference Manager 10.0可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。资料内容和记录分上下两个屏幕,如有全文或想连接网络时敲键盘就可以到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料,并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化,引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能,可以符合各种杂志对引用格式的要求,引用时不用多窗口切换. Endnote6.0专业
14、参考文献查询软件,可在线查找Ineternet上的各种文献数据库,将查找到的资料保存入本地数据库,并自动生成格式化的参考文献清单插入各种文字处理软件。十三、进化树分析Phylip最为通用的进化树分析软件。主要包括五个方面的功能软件:i,DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii,序列数据转变成距离数据后,对距离数据分析的软件。 iii,对基因频率和连续的元素分析的软件。iv,把序列的每个碱基/氨基酸独立看待(碱基/氨基酸只有0和1的状态时,对序列进行分析的软件。v,按照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件。vi,绘制和修改进化树的软件。PUZZLE核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。根据序列数据的最大相似性构建进化树,一个软件,并且对树进行bootstrap评估。可对大量数据进行快速分析构建,程序还包含数个统计测试。Paup一种功能强大的商业版系统进化分析软件,据称价值一万大洋。专心-专注-专业
