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重组质粒进行鉴定时，可以采用两种方法进行鉴定。PCR1通过per方法鉴定：以重组质粒为模板，per产物的特异性引物或载体的通用引物进行 扩增后电泳鉴定。2.就是酶切鉴定：双酶切鉴定时只要出现质粒条带和你的插入片段的目的条带就行了。至于出现质粒条带很亮， 而目的条带暗的现象，其实很正常。 因为一般情况下，质粒的碱基 数比你的目的条带的碱基数多的多（一般质粒碱基都有好几千bp,而目的条带通常就几百到一千多bp）。当我们用EB进行染色时，EB是掺入到到dna链中，碱基数越多则掺入的 eb就越多，在紫外光下显示的条带就越亮，也就是说条带亮度与你的片段的长度成正比。最后，如果两种方法都鉴定正确了，你就可以送到公司进行测序，做最后的鉴定了。如果你非要看到你的目的条带很明显的话，也可以采取如下方法：10微升或更多。1电泳时吸取的产物量加大，加入到大孔梳子的胶当中，如可以加产物 2凝胶成像拍照时，可以适当把曝光时间提高一点。3如果还是不清楚，就把你的酶切产物浓缩一下。
