《一步一步教你使用NCBI查找DNAmRNAcDNAProteinpromoter引物设计BLAST序列比对等》由会员分享，可在线阅读，更多相关《一步一步教你使用NCBI查找DNAmRNAcDNAProteinpromoter引物设计BLAST序列比对等（21页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、亠步一步教你使用 NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Proteinpromoter物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对，这些问题在 NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我 自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI的使用。希望大家都能发表自己 的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI的使用：Part one 如何查找基因序列、 mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS查找已经公布的
2、引物序列Part four如何运用 BLAST进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。第一部分利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter ）下面以人的IL6 （白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1 .打开 Map viewer 页面，网址为：http:/
3、www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示：2 NCB!NCBI Map ViewerGnamlc BiologyG a n omjfi!Tan. onomyE ntrBLASTHlp53rctifapiens (huzn) Bmld 36v 血.点击GO”出现如下页面:S*rh riaki fvr Qwp- LI.6|L： 24 hrtilefemfc ip iLk uM Tfal JldhrtShrknrSTSGmr、ktbdT1UXSCRIPT U 职詁TRANSCRIPT
4、TRANSCRIPT 薯陨识TRANSCRIPT WtRA gTmuuM 口 RffSeq口 STS3 .在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框,前面的小方框里打勾，然后点击Filter.出现下图：在 GeneStarch rs1rs for querr IL6 AND5 hitsChr AssetubhMatchrrfrriKtafl matches1L6 raierleukm 6 (auerferon- beta 2) 1L6IL6: EXSG00000B6244CRA TCAGchrvl 囲 mMchcs116GeneGENErnsGcnrgCel
5、era1LIL6 intfTkukin 6 (mterfeton, beta 2) 虫ILti Bttertikin 6 (interfefon, beta 2) JL6GA0166TC AGGi也说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。尽管 你分别点击后，序列代码、序列代码等有所差异，但碱基基本一致， 不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。4 .点击上述三条序列第一条序列（即refe
6、renee ）对应的Genes seq，出现新的页面，页面下方为：Summary of Maps:Map 1; Genes On SequenceTaMe ViewRegion Displayed 22,729,700-22,741,700 bp DownloadSuqu亡nc亡 Evidmc亡 Total Genes On Chromosome： 14521 口ot lgaHzfdr . / / 广Genes Labeled. 1 Total Genes in Region 15.点击上图出现的Download/View Sequence/Evidenee”，即下载查看序列等功能,结果如图所
7、示：(Build 36 2)Region to retriex e (in chromosome coordinates):Chromosome: 了 _| Strand plus 凶from: 227297J8 adjust by: *0Kto： 22741738 adjust +CK Chzngm R它gen.S閒d Sequence Format FASTA vThis chromosome region corresponds to the contig region（$）:Contigstart stop strandNT 007819.16 22252181 22264171+ D
8、intav SmtoDidc ViewEAtee XfcaMJoer先对上面这张图做点简要的说明，在Seque nee Format （序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA格式，还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。6 .在 Sequenee Format 后选择 GenBank，然后点击下面的 Display，目的基因的相关 信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示（网页较大，只抓取一小部分以作示范）：LOCUSDEFIHITIOH CC3S：CM *ERSIOM KEYWORD
9、S SOURCEORGANISMREFERENCEAUTHORSfTfr u JQUTlilLP03MED REFTRECE AUTHORS TITLEFUBHED REfTRENCE AUTHORS TITLE CCuRMALPUSHED CCMMCNT 1： KL JjQS!9. Reporss Homo sapiens diro &S9024S90啊2CQnyn 倉 fl!HT_007ai911991 top DNA linear CON 29-AOG-200Hcna sapiens chrcrscsoiDe geoaie *onxg rtferencft Ajaertbly. 也_型萬
10、】9 REfilOtli 22252181 .222$专】*71SO二0316 31: 3905590V-Home spxeris (huiun)Ekryota; Hczizaa; Chordae; Cramaca; VerLebracd；匸亡丄亡os匸uh;MamziLalld; Etitneria; EL；archantoijlires; Pzunaea; HalDrrhiaJLr CaT.arrhini; Hcmniae; Hemo 1 (sites)GrifflthB-JaAftA St Grocack RJ, van Danoen 5 B&ceman A &nd E&cxghc wn
11、U ieiFzaae: raicrcRNAtarezs and gene ncrenaZaL-reNuclexc Add3 R希.34 (DATABASE I55UI) r D140D144 (2006)応託丄冃322 (bAaes 1 to 11991InerEarcnai Hhai: GenciLe Sequencing ConsorLin；*Finishin? Ph書 Quchz-ciaacic n阜烂韋 of the hu4n genoroeMature 431 (7011)f 531-915 (200154969133 二r亡事Griffits-Coes SThe mircRNA R
12、egistryNucleic Acids Rea. 32 (DATABASE ISSUER, D109-D111 2004)GENOME ANNOTATION ftEFSEQ: Features on th九* sequence have been produced far buxld 36 version 2 of the MCBI1 s genprrbeicnsee H二亡5已黑二占匚二亡孟*On or before Mar lf 200 thi3 neucnce version replaced在上述打开的网页中，你可以看到基因长度，基因序列，以及这个基因是如何被报道出 来的等各种信息。
13、你会看到：mRNA join(3598.3678,3841.4031,5090.5203,5911.6057, 7803.8394)这代表了从基因的3598位开始就是转录区了，即我们常说的 mRNA片断，由于内含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了几段。CDS join(3660.3678,3841.4031,5090.5203,5911.6057, 7803.7970)CDS代表编码序列，即蛋白编码区是从3660开始的(ATG)，由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。说到这里，可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句：转录起始位点前面是基因的调控
14、区，启动子区没有明显的位置定义， 大家也只是猜测它的大体位置，如果你要研究 promoter区的话，建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究，一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话，也可以只研究-1000到0这一千个碱基，因为一般情况下，启动子区的变异都在这个区域内。希望大这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了，这种方法可能使用的人不是很 多，但我个人比较喜欢，因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。 家可以发帖交流，让我们把 NCBI用的更好！第二部分如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人类的IL6为例）1 .进入 NCBI 主页：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/JV NCBI在search后面选择 Gene,在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示：National Center for Biotechnology InformationXiixrtil I jhrarv 山 kkdMiY坤uiz 河Entrez GeneLmnCurrefHcx*n*2 NCBISv輛l博点击To”出现以卜界薪I *Offkul S Mbol Cribpb MdCCAA
