《小木虫软件的使用》由会员分享，可在线阅读，更多相关《小木虫软件的使用（18页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、成两个文件这两种格式的，然后打开MEGA4.0, File-convertto MEGA format-选择之前clustal生成的这个文件，按照提示点击0K,将转换好的文件格式再次保存，file -save -选择一个保存地点，会在你选定的保存地点生成一个，打开后，按照默认然后关闭生成的文件，再次file-open data-选择之前存的该文件提示选择 pro or nucleotide，然后再次 MEGA 主窗 口中的 phylogeny-bootstrap test of phylogeny-NJ按照默认提示选择compute，系统树就建好了, 如果想对数的外部结构等等进行一系列改造，可
2、以选择不同形状的树谱结构，然后view下面的一系列参数 也是可以改变树谱本身的一些特点的，比如字体大小颜色等等系统发育树的构建及其后期编辑 又到了研究生写毕业论文的时候了，这几天两个师妹相继让我教他们构建系统发育树。索性就做一个图文 的帖子，方便大家。纯技术贴，不涉及建树序列的选择、系统发育树如何看等理论性问题。要问的话，送 一句话，自己多找几篇文章看看人家怎么分析系统发育树的。1) FASTA格式序列文本FASTA是最为常用的序列格式，几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。构树之前先将所选的序 列都粘贴在一个txt文本文件中，然后每条序列以 开头，后面可以接序列描述性语言，比如属名，种
3、名等。 然后换行粘贴序列，序列的最后用空格结束，这就是一个FASTA格式的序列了。需要注意的一点是每条序 列的名字的前10个字符不要完全相同。为了方便起见，最好将此文件放在桌面上。编辑后的序列见下图：-记事本文件(I)編辑 格式(Q)查看(V)帮助(H)Lac2 NC 012914.1 Paenibacillus sp. JDR-2MLDQTAUSQIKATLRKSIDNNEUAGASFMUIKDGEEIFVHEDGLADREAGRPUERNTIFRLVSMTKPUTATAUIILUERGEIDL EAMNKLGEGPLAFQPGTSHTVGTSADULGAUUEUUSGMRFGEFLQKEI
4、FGPLGMKDTGFSLPEEKRGRLUKTVASEQDGMSLFT HTLTGHSVGNLMRUUTDTKTAGILASPGEVGUDGHLGAVFGNFPQEGLTILLMIQKKDAGTTPLTRKLRNIUMSTL Lac1 NZ ACCL02000O28.1 Bryantella formatexigens DSM 14469MPCHREGDAEKMKEITKQRIKNTIAEAIADGTTAGUNLLULKDGAEIFVDEQGVADIEQEMPUKRNTIFRLVSMTKPUTAAAAM RLFTDREUTTMEFANHUGTLPLAFEPDSSURVGLSADULGAUIE
5、QISGMRFGDFLKENLFEPLQMRDTDFHUPAEKQARLASUV LTDAQQAAHRSUUGLEGFTVSHLMRIMEVPQMASGLAREGEVGUDGHLGCVFANFPKENMCLLLMQQKKDAGTITMTRKIRNIL PBP2 NC 813730.1 Spirosoma linguale DSM 74MKLUNITGLMAGFFMAATUQTTUAQIAPPGPULKEAAAETUGMSTTRLQRMDAUINDVIAKGRQAGUGUMUSRNGRIUVHKAVG KREITIRQLLTHTSGISVPGIGSKEAUAMVAKNKIPSGIGTPTGTLA
6、DAMTRLGALPLLHQPGEKUTVGLSUDUUGVLIEULSG TMVDVAIFLQMMLNGGEVGGKRFLSPTTURLITTNQIGDLNQGINKFGLGFSITSEKSAARLPUSEGTVDWGGFFGTTVWUDPK Est8 NC008358.1 Hyphomonas neptunium ATCC 15444MAQFRKFLFGALGUSLTAIUSACGSAPDSARSEAAPAANUUPADAPEAGFSEAGURALEDRMAQVUADGQUKGIATRLUKDGEI PILAPUSRSPTMQELMSHTAGFGVGLRGGDVUNDTFRELQUFAAP
7、DMDAFMERUSSIPLLHEPGTTWDVSISUDIQGVLUEKLS MDDVARFAEMLANEGTLDGUQILKPETURLMATDHLPEGUFIGHDGTSADTATGUGFGLNUAUILEPASGRAVPKGAVMUGGAA Est7 DQ877738.1uncultured bacteriumMNNAAPADIDLHPQRTQNIUHLLQERUAQQHIPGAUULUARRGRIGLVEAIGQQDPAAGTPMRTDSIFRIVSMTKPLUSUAUMM RSNSDFSQTLAGIPLQFQPGSUHAVSRATDULGRLUEUUSGKTLGQFLHSEIFEP
8、LGMPDTGFAUPPAQQHRIAQPFGHDPDGG HGFGLGFAURRAAGESPUPGSUGSVHHSGIGGTSFFUDPAQDLVALLLTQAPNQRDHVRQLFRNLUVAALTPBP1 NC 013757.1 Geodermatophilus obscurus DSM 43160MTALEUDTDPAEUGFDAARLARLDRRLARUUDDGQLPGVLUTUARHGHLUHUSSAGVRDUEAGLPUERDTRURIVSMTKPITSU RAAGHEHGTPAGADSAEUCRQUAUIPLUFQPGSEHNVGUSTDULGRLUEUUSGLPLDEFFEQ
9、RIFRPLGMTDTSFGLREGDDUD IGVMTRNHLPGDQDLETFGRPLFAETPLRGUGFGLGFSMUIDPURVGULSSLGDVSWGGAASTAFVUDPUEDUTUGFVTQLLPS2) Clustal X进行多序列比对下载此软件，解压之后直接用。解压图如下:fa Clustal X2C ol i1tl：=l. p ：=Ltcol or 4. parcolorS. p：=Lt_ c(calcprf1c al cpr f2calc treeClm0.trixse.其它位置文件（I）编辑（1）查看（V）收藏（A）工具（X）帮助S B SgunlZO. bl aint
10、 er facem：kef ile三mali grLmatr i cesshowpairtreesB Br e 宜 d.tr eese quenc eREADME本地磁盘（F:）我的文档共享文档我的电脑网上邻居r e aiiri ：atB 0翻译说明汉化说明详细信息*Clustal 120文件夹点击第一行最后一个图标，然后点击file, load sequence，选择正确路径。加载进来的序列如下图:Clust al-RaindyStftft文件（I）編辑（1）比对（A）树（X）颜色C质量 帮助01）字体犬小：8 V多重比对模式VI E VI I lot F T 3D A A BD N p G
11、 AIV D A E Y V G ruV G 因 n Q s F Q DEG V REMSIH G D B F A V A Y n- G E L E F H RI G 邛 E T p G H A A T I R TdMS R A GDM G V DKG R T E L V V R V H V T V _TV L E N V F L A A L G I N A A V p E V A p V L E G E A Q G A A G G D T L E p D K T V s I D I G p R H VV D G A 0 u MAp s r-JR F I p D A s A A p V L 刹
12、 E I A R R G盎QS3 R A I AGo DV T ycPTA E N T A L R N KT s H 込 N V L D_ VIIR I Q T A N A _sTo A K T A _L TD RIMSRF L E F V o G T KF G p V A M G L H E KK直 A L A I E M G D p Q A L F I D SD G L D TV G T F A D AEIKPV T R N R A E QH V F AIII DC1LC1N 创 L p K A N TLac 2 LaclPBP2Est 8Est 7PBP1点击比对，进行完全比对。这时会弹
13、出一个对话框，如下:这时将路径改为桌面，点击对齐进行全序列比对，序列较多的话可能需要点时间。比对后的结果如下图（注 意区别）：然后注意桌面上多了两个文件，一个是dnd格式的，一个是aln格式的。Aln格式的文件将用来进行后续工 作。关掉clustalX窗口即可。3） aln格式转化为MEG格式打开 MEGA4.0，点击 file， convert to MEGA format，出现如下对话框:选择路径，将aln格式文档加载进来，点击OK,出现下图:#Est7#PBP1IE 14:Tezt File Editor and Forat ConverterFile Edit S e ：=： ch D
14、i splay JJtilit 匚已三S塞虜為齬冒I G cJ處l.alnl.megpMegaTitle:1.aln123456789101112131415161718192021222324252627282930313233#PBP2MKLVNITGLMAGFFMAATVQTTVAQIAPPGPVLKEAAAETVGMSTTRLQRMDA VINDYIAKGRQAGVGVMVSRNGRIVYHKAYGLDNIQTKAPLKRDAIFRIASQTKAITSIG LMMLFEEGKFLLDDPISKYIPAFKNPKVLDKFNEKDSSFTTVPAKREITIRQLLTHTSGI SYP一
15、一GIGS KEAVAMYAKNKIP S GIGT PT GT LADAMTRLGALPLLHQPGEKWTYGLSVDV VGYLIEVLSGQSLDQFLRSRLFDPLGMNDTFFYLPAAK-QNRLTMVFTEDS一一VKSVKPL PSLFGLSGDYPKQPGTYYSGGAGLSSTMYDYAIFLQMMLNGGEYGGKRFLSPTTVRLITT NQI-GDLNQGINKF GLGF SITSEK S AARL PVS E GT YDWGGF F GT T YW VDPKEGIIAQIYTQKVPNSYG一一DLT DKF KVLVYQAIT QMKMblblAAPADIDLHPQRTQNIV
