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1、分子生物学一、名词解释1.ORF答:ORF是openreadingframe的缩写，即开放阅读框架。在DNA链上，由蛋白质合成的起始密码开始，到终止密码为止的一个连续编码列，叫做一个开放阅读框架。2. 结构基因答：结构基因(strueturalgenes)可被转录形成mRNA，并翻译成多肽链，构成各种结构蛋白质或催化各种生化反应的酶和激素等。3. 断裂基因答：基因是核酸分子中贮存遗传信息的遗传单位，一个基因不仅仅包括编码蛋白质或RNA的核酸序列，还包括保证转录所必需的调控序列、位于编码区5端与3端的非编码序列和内含子。真核生物的结构基因，由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成，去除
2、非编码区再连接后，可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质，这些基因称为断裂基因(splitgene)。4. 选择性剪接答:选择性剪接(也叫可变剪接)是指从一个mRNA前体中通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点组合)产生不同的mRNA剪接异构体的过程，而最终的蛋白产物会表现出不同或者是相互拮抗的功能和结构特性，或者，在相同的细胞中由于表达水平的不同而导致不同的表型。5. C值答：基因组的大小通常以其DNA的含量来表示，我们把一种生物体单倍体基因组DNA的总量成为C值（Cvalue）。6. 生物大分子答：生物大分子指的是作为生物体内主要活性成分的各种分子量达到上万或更多的有机分子。常见的生物大分子
3、包括蛋白质、核酸、脂类、糖类。7. 酚抽提法答：酚抽提法最初于1976年由Stafford及其同事提出，通过改良，以含EDTA、SDS及无DNA酶的RNA酶裂解缓冲液破碎细胞，经蛋白酶K处理后，用pH8.0的Tris饱和酚抽提DNA，重复抽提至一定纯度后,根据不同需要进行透析或沉淀处理获得所需的DNA样品。8. 凝胶过滤层析答：凝胶过滤层析也称分子排阻层析或分子筛层析，利用凝胶分子筛对大小、形状不同的分子进行层析分离，是根据分子大小分离蛋白质混合物最有效的方法之一。9. 多重PCR答：多重PCR技术是在一个反应体系中加入多对引物，同时扩增出多个核酸片段，由于每对引物扩增的片段长度不同，可用琼脂
4、糖凝胶电泳或毛细管电泳等技术加以鉴别。10. 荧光域值答：荧光阈值是在荧光扩增曲线上人为设定的一个值，它可以设定在荧光信号指数扩增阶段任意位置上，一般荧光阈值的设置是基线荧光信号的标准偏差的10倍。11. 退火答：温度突然降至37-58C时，变性的DNA单链在碱基互补的基础上重新形成氢键开始复性。12. 基因诊断答：基因诊断是通过检测基因的结构异常或其表达异常，对人体的健康状态和疾病做出诊断的方法。13. 实时荧光定量PCR答：实时荧光定量PCR技术是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。二、问答题1. 什么是S
5、NP？试述研究SNP的意义。答：真核生物基因组中存在大量的DNA多态性。DNA多态性是指DNA序列发生变异从而导致的个体间核苷酸序列的差异，主要包括单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)和串联重复序列多态性(tandemrepeatspolymorphism)两类。研究SNP的意义：SNP是由基因组DNA上的单个碱基的变异引起的DNA序列多态性。据估计，人类基因组中每1kp就存在一个SNP位点，共有约300万个之多，远多于其它类型的DNA多态性，是人群中个体差异最具代表性的DNA多态性，相当一部分还直接或间接与个体的表型差异、对疾病的易感性或抵抗能力
6、、对药物的反应性等相关。SNP被认为是一种能稳定遗传的早期突变。2. 简要介绍质粒并举例说明其在分子生物学中的用途。答：质粒(plasmid)是一类染色体外具有自主复制能力的环状双链DNA分子，属染色体外基因组。质粒与致病菌的毒力及耐药性有关，又是基因工程的常用载体，因而具有重要的研究和应用价值。其在分子生物学中的用途有：1.质粒DNA编码多种蛋白质，有的与质粒自身的复制和稳定性有关，有的控制宿主细胞的各种性状，如各种抗性、代谢能力、致病性、接合转移等。根据宿主的表型可识别质粒的存在，这一性质广泛应用于重组菌的筛选和鉴定。2.质粒的不相容性常用于质粒的分类。基因工程中以质粒为载体进行基因克隆也
7、是利用了质粒的不相容性原理。3. 请介绍目前蛋白质组学研究中最常用的基本技术流程并简述其原理。答：蛋白质组学研究需要两条互补的实验工作流程基于凝胶的工作流程(Gel-basedworkflow)和基于液相色谱的工作流程(LC-basedworkflow)。在这两种流程中，基于凝胶的工作流程是目前使用的较为广泛的、发展最为成熟的工作流程，通过样品制备、样品标记、双向电泳分离、图像获取、图像分析，到抠点、酶切、点靶和MALDITOF蛋白鉴定等一整套技术手段下来，如果还加上操作自动化，研究人员可以很方便的获得蛋白质性质数据。而基于液相色谱的工作流程则可以对在双向电泳中难以分离鉴定的高相对分子量、低相
8、对分子量、极酸性、极碱性和疏水性强的蛋白质进行有效的分离鉴定。这两种方法结合起来可以对复杂样品进行预分离、对低丰度蛋白进行富集，还可以完成蛋白酶解后多维液相分离(MDLC)。4. 简述酵母双杂交技术的原理及其用途。答：酵母双杂交系统是在真核模式生物酵母中进行的，研究活细胞内蛋白质相互作用，对蛋白质之间微弱的、瞬间的作用也能够通过报告基因的表达产物敏感地检测得到，它是一种具有很高灵敏度的研究蛋白质之间关系的技术。酵母双杂交系统的建立是基于对真核生物调控转录起始过程的认识。细胞起始基因转录需要有反式转录激活因子的参与。反式转录激活因子，往往由两个或两个以上结构上可以分开，功能上相互独立的结构域(d
9、omain)构成，其中有DNA结合功能域(DNAbindingdomain，DNA-BD)和转录激活结构域(activationdomain，DNA-AD)。这两个结合域将它们分开时仍分别具有功能，但不能激活转录，只有当被分开的两者通过适当的途径在空间上较为接近时，才能重新呈现完整的GAL4转录因子活性，并可激活上游激活序列(upstreamactivatingsequence，UAS)的下游启动子，使启动子下游基因得到转录。基于酵母双杂交技术平台的特点，它已经被应用在许多研究工作当中：1.利用酵母双杂交发现新的蛋白质和蛋白质的新功能。2.利用酵母双杂交在细胞体内研究抗原和抗体的相互作用。3.
10、利用酵母双杂交筛选药物的作用位点以及药物对蛋白质之间相互作用的影响。4.利用酵母双杂交建立基因组蛋白连锁图(GenomeProteinLinkageMap)。第4章/第8章1. 分子克隆技术包括哪些基本步骤？答：分子克隆技术的基本步骤大致包括：目的基因的获取；载体的选择；目的基因与载体连接；重组DNA导入受体细胞；重组体的筛选等；即分、切、接、转、筛等过程。2. 目的基因和载体连接主要有哪些方法？答：目的基因与载体构建成重组体的方法主要有：1).粘性末端DNA分子的连接2).平末端连接法3).通过同聚尾连接。3. 简述分子克隆中常用的工具酶及其作用。答：在分子克隆技术中，常用的工具酶主要有：1
11、.限制性核酸内切酶，它是一类能识别和切割双链DNA特定核苷酸序列的核酸水解酶；2. DNA聚合酶I,它具有3种酶活性：1)5-3聚合酶活性；2)3-5核酸外切酶活性；3)5-3核酸外切酶活性；3.反转录酶，其功能主要有：1)逆转录作用2)核酸酶H的水解作用3)依赖DNA的DNA聚合酶作用；4.DNA连接酶，它在DNA重组中的主要功能是催化两个互补粘性末端或平末端双链DNA分子的5磷酸基团与3羟基形成磷酸二酯键，将具有相同粘性末端或平末端的两条双链DNA片段连接起来，实现DNA的体外重组；5.碱性磷酸酶，它的作用是催化去除DNA、RNA或dNTP上的5-磷酸基团；6.末端脱氧核糖核苷酰转移酶，其
12、功能主要有：1)在载体或目的基因3末端加上互补的同质多聚尾，形成人工粘性末端，便于DNA重组连接。2)用于DNA3末端的同位素探针标记；7.核酸酶S1，其作用是除去双链DNA的粘性末端以产生平末端、除去cDNA合成时形成的发夹结构以及分析RNA的茎环结构和DNA-RNA分子的杂交情况等。4. 举例说明载体应具备的基本要素。答：载体应具备以下特征：1）能自我复制并具有较高的拷贝数，并有适宜的分子量，一般应10kb；2）带有遗传筛选标记；3）有适当的限制酶切位点，便于外源基因的插入和筛选。5. 简述双抗生素筛选和蓝白斑筛选的原理。答：1.双抗生素筛选的原理是：因大多数质粒载体带有抗生素抗性标记的特
13、征（如Ampr、Tetr等），当带有完整抗性基因的载体转化无抗性细菌后，被转化的阳性菌获得抗生素抗性基因而存活并形成噬菌斑，未转化菌不能存活，但应排除未重组的空载体。2.蓝白斑筛选的原理:某些质粒载体带有大肠杆菌乳糖操纵子的lacZ基因，该基因含一段编码B-半乳糖苷酶氨基末端145个氨基酸a-肽的DNA片段，IPTG可诱导此片段合成，此片段能与宿主细胞所编码的缺陷型B-半乳糖苷酶实现基因内a-互补，形成完整的B-半乳糖苷酶。该酶能催化指示剂底物X-gal形成蓝色菌落。当外源基因插入lacZ基因中MCS,laca-肽基因阅读框架被破坏，细菌内将无B-半乳糖苷酶活性，结果重组克隆呈白色菌落。6.
14、有哪些常用的探针标记物？答：常用的探针标记物有：1.放射性同位素标记，常用标记探针的同位素有32P、3H、35S、131I、125I等。2.非放射性标记，常用的非放射标记物有辣根过氧化物酶（HRP）、荧光素、生物素、光敏生物素、地高辛(DIG)等。7. 如何进行探针的标记？答：1.放射性同位素标记探针的的方法有缺口平移法、随机引物法、末端标记法和反转录标记法等。2.非放射性标记核酸探针的方法分为化学修饰标记法和酶促反应标记法两大类：化学修饰标记法是利用标记物分子上的活性基团与探针分子上的某些基团发生化学反应，将标记物直接或间接结合到探针分子上。化学标记法具有方法简单、成本低、标记方法较通用，也
15、是目前较为常用的标记方法；酶促反应标记法是将标记物预先标记在单核苷酸分子上，然后利用酶促反应将标记的核苷酸分子掺人到核酸探针分子中。这种标记法具有灵敏度高的优点，但其标记过程较复杂、成本较高。8. 影响核酸分子杂交的因素有那些？如何进行杂交条件的优化？答：影响核酸分子杂交的因素有:杂交方法的选择、探针的选择、探针的浓度、温度、杂交液的成分、反应时间等。核酸分子杂交实验条件的优化有：1.探针的选择：针对不同的杂交实验，选择不同的核酸探针，在大多数情况下，可以选择克隆的DNA或cDNA双链探针。但在检测靶序列上的单个碱基改变时应选用寡核苷酸探针，在检测单链靶序列时应选用与其互补的DNA单链探针或R
16、NA探针。2.探针的标记方法，选择什么标记方法视灵敏度和显示方法等实验要求和条件而定。3.探针的浓度：随探针浓度增加，杂交率也增加，在较窄的范围内，随探针浓度增加，敏感性增加。4.杂交最适温度，在实验前必须首先确定杂交温度。5.杂交反应时间，一般杂交反应要进行20h左右。6.洗膜温度，杂交后的最终洗膜温度一般应低于Tm值512C进行。7.杂交液的优化，通常用于DNA杂交的标准杂交液为5XSSC,1.0%casein,0.1%十二烷基肌氨酸，0.02%十二烷基硫酸钠。但除了以上成分外，必要的时候可以加一些杂交促进剂。常用的有硫酸葡聚糖，它能促进DNA链之间的缔合。聚合酶链反应1、根据作用原理生物分子的分离纯化有那几类？答：根据作用原理生物分子的分离纯化可分为：（1）根据分子极性大小和溶解度的不同，如溶剂提取技术、盐析法、分
